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东海原甲藻cDNA文库构建及尝试性EST分析 总被引：2，自引：0，他引：2
东海原甲藻(Prorocentrumdonghaiense)是中国沿海频繁发生的大规模赤潮的原因种之一,大规模分离鉴定东海原甲藻功能基因是理解东海原甲藻赤潮形成过程和机理的重要基础。取对数生长期藻体,经微量总RNA抽提、cDNA合成、cDNA扩增和克隆等步骤,构建了东海原甲藻cDNA文库并进行了尝试性表达序列标签分析。从含有约5000个转化子的文库中随机取150个测序,获得126条EST序列。经网上BlastN及BlastX分析,共发现11个是已知功能的基因的标签。这些基因与东海原甲藻生长发育、物质转换和能量代谢相关。 相似文献
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龙须菜四分孢子体cDNA文库的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究不同世代和性别基因表达谱的差异 ,本文构建了龙须菜 (Gracilarialemaneiformis)四分孢子体的 c DNA文库。总 RNA提取使用 RNeasy Plant Mini Kit(Qiagen) ,c DNA文库构建使用 SMART c DNA Library Construction Kit(Clontech) ,包装蛋白购自 Promega公司。该c DNA文库含有 1 .2 8× 1 0 6个克隆 ,扩增文库的滴度是 1 .98× 1 0 9pfu/ m L,重组频率是 85.0 % ,插入片段几乎全部集中在 50 0～ 1 50 0 bp之间 相似文献
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筛选 X染色体 Xp11.2区域的酵母人工染色体 ( YAC)克隆 OAT1所包含的表达序列 ,为该区域疾病相关基因的克隆探索方法。以 YAC克隆 OAT1为探针 ,与胎脑 c DNA文库的噬菌体原位裂解膜进行两轮杂交。所得的阳性克隆经过杂交鉴定剔除假阳性克隆和重复序列 ,并进行测序分析。获得了一个 YAC OAT1编码的表达顺序克隆。该克隆与鸟氨酸转氨酶 ( Ornithine Amino-transferase,OAT)基因同源 相似文献
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海湾扇贝(Argopecten irradians)金属硫蛋白基因的克隆与分析 总被引：1，自引：1，他引：1
金属硫蛋白是一种普遍存在于生物体内的低分子量、半胱氨酸含量丰富、易于被外界刺激诱导的金属结合蛋白。采用表达序列标签法,结合cDNA末端快速扩增技术,首次获得了海湾扇贝金属硫蛋白(AiMT)的全长cDNA序列。该序列全长787bp,5′UTR(UntranslatedRegion)为79bp,3′UTR为270bp,开放阅读框(OpenReadingFrame,ORF)长度为438bp,可编码145个氨基酸。在其编码的氨基酸序列中半胱氨酸含量丰富,甘氨酸含量也较高,芳香族氨基酸含量低,不含组氨酸,存在有无脊椎动物和软体动物金属硫蛋白的特征序列CKCXXX-CXCX,C-末端的氨基酸序列也符合软体动物金属硫蛋白标签序列C-x-C-x(3)-C-T-G-x(3)-C-x-C-x(3)-C-x-C-K。序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族的成员。 相似文献
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在鳗弧菌侵染下,利用SMART方法构建了青蛤的cDNA文库,并采用高通量测序方法和BLASTX比对筛选出ESTs及免疫相关因子的基因.结果表明,所构建的cDNA文库的库容量为1.12×106,插入片段均在500bp以上;大于100bp的有效ESTs序列1113条,平均长度725bp,拼接后获得一致性序列420条,其中包括126个叠联群和294个单拷贝EST,BLASTX比对后获得注释序列271条,进一步筛选获得青蛤免疫相关因子基因序列45条,为克隆其免疫防御相关因子的基因提供了重要的基础. 相似文献
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副溶血弧菌感染的九孔鲍血细胞均一化全长cDNA文库的构建 总被引：4，自引：0，他引：4
采用Trizol试剂提取副溶血弧菌感染的九孔鲍血细胞的总RNA,经Oligotex纯化得到mRNA.根据SMART技术原理合成双链cDNA.双链cDNA采用双链特异核酸酶进行cDNA的均一化,构建成九孔鲍血细胞的均一化全长cDNA文库.原始文库的库容为3.4×106 cfu/cm3,重组率为92.3%,扩增后文库的滴度为2.6×1011 cfu/cm3以上.从文库中随机挑取897个克隆,测序获得高质量ESTs814条,其中有23条Contigs; 762条Singlets,Unigenes共785条,冗余率只有3.56%.以上结果说明所构建的文库质量好,完全可以满足后续基因克隆和表达序列标签测序工作的需要. 相似文献
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高通量测序技术广泛应用于环境真核微生物多样性的研究,可检获较之传统形态学方法更高的多样性。然而,检获的高分子多样性与基于形态的物种多样性在构成上的差异仍然不明。本研究首次对比分析了基于形态学的南黄海沉积物中的纤毛虫物种多样性与基于核糖体18S DNA和c DNA高通量测序的多样性异同。结果表明:形态鉴定获得8纲、20目、30科、36属共97种纤毛虫;DNA测序检获10纲、28目、55科、76属共174个OTUs;而通过c DNA测序获取的纤毛虫多样性最高,获10纲、31目、68科、99属共284个OTUs。研究发现,形态学方法检获的纤毛虫均为底栖生纤毛虫;两种分子手段检获的多样性更高,群落结构更为近似,覆盖了形态鉴定所获的绝大部分类群。但DNA测序还检获了序列比例高达90%的浮游类群,可能源于包囊或死亡沉降的物种;而c DNA测序检获了约7%的浮游纤毛虫序列。较之DNA测序,c DNA法检获的底栖纤毛虫在群落结构上与形态学结果更为接近。本研究表明,分子手段有助于更全面地揭示沉积物中的纤毛虫多样性,DNA测序可同时揭示休眠包囊、胞外DNA及过去群落的信息,而c DNA测序在研究活动纤毛虫多样性上更有优势。 相似文献
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用于紫菜无性系种质鉴定的计算机化DNA指纹的建立 总被引：6，自引：1，他引：6
研究用RAPD技术对条斑紫菜(Porphyra yezoensis)、坛紫菜(P.Haitanensis)、半叶紫菜(P.Katadai var.Hemiphylla)和少精紫菜(P.Oligospermatangia)的15个无性系丝状体进行了遗传多样分析,用120个Operon引物进行了筛选,从中选用来自OPJ-18和OPN-02扩增出的8条多态性条带构建了这15个紫菜无性系的DNA指纹图谱,在该图谱中每个紫菜无性系均有各自特异的DNA指纹.用1和0分别表示DNA带的出现和缺失,将各个无性系的DNA指纹用计算机语言表示,建立了15个紫菜无性系的计算机化DNA指纹;在此基础上设计了紫菜无性系种质鉴定的计算机软件PhGI. 相似文献
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栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析 总被引：2，自引：0，他引：2
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍.栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排.所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间.由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究.2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646 条序列.序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰.共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条.共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%.查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA 转座子、LTR 反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多.BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E＜e-5),占测序总数的37.93%.BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条.BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%. 相似文献
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用RNA提取试剂--TRIZOL Reagent提取刺参(Apostichopus japonicus)肌肉组织总RNA,用SMART cDNA Library Construction Kit构建cDNA文库.经测定原始文库滴度达到 3.2×10~6,扩增后文库滴度达到 5.1×10~9,重组率达到96.7%,从扩增文库随机挑取12 个克隆进行PCR 扩增鉴定,结果显示,插入片段大小为0.5～2.5 kb.通过各项指标验证成功构建了刺参肌肉组织cDNA 文库. 相似文献
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mRNA was isolated from the hepatopancrease of shrimp Penaeus monodon with a PolyAT-tract System 1000 Kit. By using mRNA as template, double - strand cDNA with EcoR I/Xho I ends was synthesized by using a ZAP Express cDNA Synthesis Kit. The cDNA was inserted into the lambda ZAP Express vector predigested with EcoR I/Xho I, and the recombinant DNA was in vitro packaged into lambda phage with GigapackIII Gold packaging extracts. These recombinant phages were then used to transfect E. coli XL1 - Blue MRF', and finally a cDNA expression library was constructed. The library is 7.2 × 10~5 pfu in capacity and its recombination ratio is higher than 99 % . The size of the inserted cDNAs was determined by EcoR I/Xho I digestion of 9 phagemids prepared by in vivo excision of plaques selected randomly from amplified cDNA library . The longest inserted cDNA is about 1.6 kb in length. The complete sequence (about 1.2 kb) of actin cDNA was amplified from the library by PCR reveals that this library contains full-length 相似文献
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大黄鱼肌肉组织cDNA全长文库的构建及EST分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以大黄鱼肌肉组织为材料,利用Creator Smart cDNA Library Construction Kit构建了大黄鱼肌肉组织的全长cDNA文库.文库质量分析表明：cDNA文库容量不低于1.68×106cfu/mm3,重组率达96%,插入片断的平均长度大于1 000bp.随机挑取512个cDNA克隆进行5’端测序,其中430条ESTs的长度大于100bp;并初步拼接得到了230个单基因簇（unigene）,其中包括58个重叠群（contigs）,172个单拷贝ESTs（singletons）,冗余度为46.51%.经检索,35个ESTs在BLASTx上无明显的同源性（E值≤1.00×10-10）,为新基因.195个ESTs与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的20.00%.蛋白质合成、细胞骨架和信号传导次之,比例分别为13.48%、12.17%、10.00%,其中包括高迁移率族蛋白B1、瘦素受体、β1-热激蛋白等.这些EST数据为进一步筛选和克隆大黄鱼肌肉特异性表达基因提供了平台. 相似文献
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以曼氏无针乌贼（Sepiellamaindroni）肌肉组织为研究材料,利用Clontech公司的cDNA文库构建试剂盒构建了曼氏无针乌贼肌肉cDNA文库．对文库质量的分析结果表明：cDNA文库的库容量约为1．2×10。克隆（cfu／dm^3）,重组率达96％,插入片段平均长度大于l000bp．挑取568个阳性克隆进行5’末端测序,其中475条ESTs长度大于100bp,初步拼接后得到200个单基因簇,包括41个重叠群和159个单拷贝EST,冗余度为57．89％．经检索,53条ESTs（占比为26．5％）在BLASTx上无明显的同源性（E值≥1．00×10^-10）,为新基因．147条ESTs（占比为73．5％）与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的23．0％．细胞信号传导、细胞骨架和蛋白质代谢的次之,比例分别为17．5％、12．5％、9．5％,其中包括热激蛋白70、转铁蛋白等．这些EST数据有助于进一步筛选和克隆曼氏无针乌贼和其他头足动物的肌肉特异性表达基因． 相似文献
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The contaminant-induced cytochrome P450 (CYP) members in minke whale (Balaenoptera acutorostrata) can be potential biomarkers of the contaminant exposure and toxic effects. In this study, we constructed a cDNA library from the liver of minke whale from the North Pacific, and further screened a total of 6930 clones randomly selected in the library for the isolation of cDNA clones encoding novel members of CYP superfamily. The screening revealed the isolation of six novel CYP cDNA clones that are classified into CYP1A, CYP2C, CYP2E, CYP3A, CYP4, and CYP4A subfamilies. The BLAST homology search using the partial cDNA fragments of four CYP subfamilies (CYP1A, CYP2C, CYP2E and CYP4A) demonstrated that the minke whale CYPs were most closely related to pig CYPs (81-91%). Identification of multiple CYP genes in marine mammal species such as minke whale will provide new insights into the metabolic or toxicological functions of individual CYP members. 相似文献
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XUAN Jinsong FENG Yanbin WENG Manli ZHAO Ge SHI Jinfeng YAO Jianting WANG Xiuliang GUO Baotai QIAO Lixian DUAN Delin WANG Bin 《海洋学报(英文版)》2012,31(6):139-148
A high quality cDNA library was constructed from the brown alga Laminaria japonica,with the titer of 1.2×10 5 pfu/ml.The average insert size of the cDNA library is about 1.6 kb.From the cDNA library,591 cDNA clones were randomly selected and sequenced.As a result,574 EST(expressed sequence tag) sequences were generated.All of the 574 ESTs were submitted to the dbEST database section of GenBank with the accession numbers from CX942625 to CX943198.The cDNA library was screened with a α-32 p labeled 453 bp T P S gene probe,which is a partial sequence yielded from Porphyra yezoensis.Four positive cDNA clones were screened and the sequencing data showed that these four cDNA clones covered majority of L.japonica TPS cDNA sequence.After PCR amplification,sequencing and assembling,the entire ORF(open reading frame) sequence of the T P S gene was obtained,which was named LjTPS.LjTPS encodes a protein containing 908 amino acids with a calculated molecular mass of 101 674 Daltons.The LjTPS gene was successfully expressed in E.coli and rice.The LjTPS gene has potential application both in plant breeding to stress tolerance and in deciphering the T P S gene function and mechanism to stress tolerance. 相似文献