倒立水母Cassiopea andromeda 的POU、Hox基因家族的多样性及系统发育分析          下载免费PDF全文

陈依婧  郑森林  彭胜蓝  林茂  付腾苇 《应用海洋学学报》2021,40(4):587-596

与其他钵水母相比,倒立水母具有独特行为：在生命周期的大部分时间里,它都在海底呈倒立附着、“睡眠”的状态。为探索与这一独特行为相关的遗传信息,本研究对安朵仙水母(Cassiopea andromeda)和同属于钵水母纲的海蜇(Rhopilema esculentum)、巴布亚硝水母(Mastigias papua)进行首次全基因组测序、拼接和注释,并重点分析了这3种钵水母与感觉功能、神经系统发育相关的重要转录调节因子Hox和POU基因家族的多样性与系统发育关系。遗传分析显示,刺胞动物门中Hox和POU基因家族具有明显的物种间差异性。对Hox基因的分析首次发现钵水母及水螅(Hydra vulgaris)的“前段Hox基因”产生了部分缺失,并进一步印证了刺胞动物不存在“中段Hox基因”的假说。安朵仙水母和海蜇具有相对全面的ParaHox基因种类,即GSX和XLOX/CDX基因,而巴布亚硝水母只有GSX基因。在POU基因多样性方面,安朵仙水母、海蜇、星状海葵(Nematostella vectensis)的基因组具有全部4类POU,而巴布亚硝水母、海月水母(Aurelia aurita)、水螅只有2类POU。在本研究分析的刺胞动物中,安朵仙水母的POU-1,-6亚型的核苷酸多态性最高;安朵仙水母与指形鹿角珊瑚(Acropora digitifera)、星状海葵的POU-2/3/5亚型的序列多样性较其他钵水母更高。另外,3种钵水母与水螅粘附蛋白的比较结果表明,安朵仙水母具有巴布亚硝水母和海蜇所不具有的粘附相关鼠李糖结合凝集素和一类抗氧化活性物质铁螯合物还原酶。综上所述,安朵仙水母具有更多POU编码基因和复杂POU亚型,以及具有粘附相关凝集素和还原酶的编码基因,可能是与安朵仙水母倒立附着生活方式相关的关键遗传信息。  相似文献   

湖南省传统聚落景观基因组图谱的空间形态与结构特征   总被引：4，自引：2，他引：2  

胡最  郑文武  刘沛林  刘晓燕 《地理学报》2018,73(2):317-332

传统聚落保有显著的价值,深入开展相关研究有利于促进经济社会的可持续发展和新型城镇化战略的实施。结合传统聚落景观基因组图谱,本文探讨了湖南省传统聚落景观的空间形态与结构特征。首先,根据传统聚落景观基因组的空间排列特征将湖南省传统聚落的空间形态归结为向心圆环式、扇形扩张式、多向扩张式、条带式、离散式和组团式等5种基本类型,并进一步归纳了各种形态类型的特征。其次,运用空间句法理论,通过构建传统聚落景观基因组的空间轴线模型,系统地剖析了湖南省传统聚落景观的空间结构特征,发现湖南省传统聚落的空间结构具有对称和平行等鲜明的几何特征,存在着“界域”和“街—巷—码头”等典型结构,还具有典型的风水意象特征。因此,结合传统聚落景观基因组图谱从地理学的视角揭示传统聚落的地学特征,有利于完善传统聚落景观基因理论,深化对传统聚落的认识,促进相关保护工作。  相似文献   

狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组测定及结构特征分析          下载免费PDF全文

马颜雯  李继姬  叶莹莹 《海洋与湖沼》2023,54(1):246-258

为解析狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组结构特征以及进化地位,采用二代高通量测序技术获得狄氏斧蛤线粒体基因组全序列,对线粒体基因进行注释并对其序列结构进行分析。结果表明,狄氏斧蛤的线粒体全基因组序列全长为16 908 bp,碱基组成为A (26.81%)、T (41.13%)、G(21.21%)和C (10.85%),A+T含量为67.94%,表现出明显的AT偏向。与其他双壳贝类相似,狄氏斧蛤共编码13个蛋白质编码基因,包含22个t RNA和2个r RNA,且所有基因均位于H链;蛋白质编码基因拥有3种起始密码子(ATG、ATT、ATA),而除了ND3、ND4以及ATP6使用TAG作为终止密码子外,其余所有蛋白质编码基因都使用TAA作为终止密码子。除t RNASer不能折叠成典型的三叶草结构,没有明显的DHU茎环,其余t RNA都能折叠成典型的三叶草结构。狄氏斧蛤与斧蛤科(Donacidae)其他物种具有相同的基因排列,未发现基因重排现象。基于线粒体12个蛋白质编码基因构建62种贝类的进化树,结果显示:Donax semiestriatus和Donax vittatus聚...  相似文献   

基于基因组survey的横带髭鲷(Hapalogenys analis)微卫星位点筛选与特征分析     

刘焘  陈冰洁  史会来  平洪领  张涛  瞿印权  高天翔 《海洋与湖沼》2023,3(3):848-855

探究横带髭鲷(Hapalogenysanalis)的种质资源情况以及群体的遗传多样性和遗传结构,对于其增养殖实践尤为重要。微卫星分子标记在研究物种种质情况及遗传信息方面有很大优势。采用基因组survey测序方法开发横带髭鲷微卫星位点,结果表明,横带髭鲷基因组大小为543Mb;微卫星位点丰富,共检测到280 378个完美型微卫星位点,相对丰度为415.17个/Mb。二核苷酸重复是最丰富的微卫星类型(56.05%),其次为单核苷酸(29.20%)、三核苷酸(10.28%)、四核苷酸(2.99%)、五核苷酸(1.03%)、六核苷酸(0.45%)重复,短序列重复类型占95.53%。重复单元中A/T, TG/CA为优势重复单元,分别占总微卫星位点数的22.37%和21.98%;10次重复和6次重复的微卫星位点数量最多,占横带髭鲷基因组微卫星总数的14.60%和12.46%。利用筛选出的20对多态性微卫星位点扩增一个供试群体进行群体遗传学检测。结果表明,各位点等位基因数从5到13不等,均值为8.75个;平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.808和0.863;多态信息含量(PIC)均...  相似文献   

真海鞘根索和被囊乙醇提取物抑癌活性成分的分离及其作用机制研究     

韩善浩  李建辉  祝玉婷  高宏伟  董波 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2023,(6):85-94

为了获得高效、毒副作用小的抗肿瘤生物活性成分,本研究以真海鞘(Halocynthia roretzi)根索及被囊为原材料,通过乙醇提取方法筛选具有抗肿瘤活性的天然产物。真海鞘根索被囊乙醇提取物采用硅胶柱层析分离后得到具有癌细胞毒性的有效组分ST-Ⅱ。随后采用制备级硅胶层析板继续分离得到9个组分,细胞增殖实验表明其中的ST-Ⅱ-Ⅱ组分能高效抑制多种人源癌细胞的增殖,而对正常细胞(L929)无明显细胞毒性。采用制备液相分离ST-Ⅱ-Ⅱ得到9个组分,其中ST-Ⅱ-Ⅱ-Ⅸ组分具有显著癌细胞毒性。¹H NMR谱,¹H-¹H COSY谱初步推测ST-Ⅱ-Ⅱ-Ⅸ为结构新颖的酯类化合物。为了阐释真海鞘根索被囊乙醇提取物的作用机制,本研究中发现ST-Ⅱ-Ⅱ处理后的HepG2细胞的凋亡比例较对照组显著升高,同时其活性氧水平显著提高,而线粒体膜电位则显著降低,促细胞凋亡蛋白Bax和抑癌蛋白p53表达水平显著增加,抑制细胞凋亡蛋白Bcl-2的表达水平显著降低,表明ST-Ⅱ-Ⅱ通过线粒体凋亡通路抑制HepG2细胞增殖。本研究结果表明真海鞘根索和被...  相似文献   

Comparative Analysis of Mitochondrial Control Region Sequence from Three Flatfish Species （Pleuronectidae）     

YUJianzhong KONGXiaoyu YUZiniu ZHOULishi 《中国海洋大学学报(英文版)》2005,4(1):80-84

The 5‘-end of the mitochondrial control region sequences of three flatfishes (Pleuronectiformes: Pleuronectidae) were amplified and sequenced. These sequences were compared with those of other three Pleuronectids species retrieved from GenBank. A phylogenetic tree was constructed based on the partial control region sequences. The results of phylogenetic analysis are consistent with those of conventional systematics. Compared to previous studies, the structure of the 5‘-end of mitochondrial control region was analyzed. The terminal associated sequence motif and its complementary motif were identified at the 5‘-end of the sequences. A conserved sequence block, named as CM5‘ d, was identified in the 5‘-end of control region sequences in all Pleuronectids. Another central conserved sequence block, named as CSB-F, was detected in the central conserved blocks.  相似文献   

军曹鱼的分子遗传特性研究   总被引：9，自引：1，他引：8  

刘楚吾  刘丽  王中铎  黎雨轩 《热带海洋学报》2005,24(1):77-85

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)和线粒体DNA(mtDNA)的限制性片段长度多态性(RFLP)分析方法对广东湛江近海军曹鱼Rachycentron canadum的分子遗传学特征进行了研究。RAPD研究结果显示17个引物共检测到119个位点,其中多态位点比例P为80．85％,遗传相似系数S为0．7400,遗传距离D为0．2600,Nei基因多样性指数H为0．3009,Shannon信息指数I为0．4498。结果表明,军曹鱼的遗传多样性比较丰富。用19种识别5、6碱基的限制性内切酶对军曹鱼的mtDNA RFLP进行了分析研究,构建其mtDNA物理图谱;用引物5’-GTG ATC TGA AAA ACC ACC GTT G-3’和5’-AAT AGG AAG TAT CAT TGC GGT TTG ATG-3’扩增线粒体细胞色素b区段,得到稳定的850bp大小的特异性条带,用18种识别4-6碱基的限制性内切酶对扩增片段的限制性长度多态性进行分析,并测定其序列。  相似文献   

8种石首鱼类线粒体基因组特征及分子系统进化分析     

孙利元  杨天燕  孟玮  杨宝清  张涛 《海洋科学》2017,41(3):48-54

为探讨石首鱼科(Sciaenidae)鱼类分子系统进化关系,采用生物信息学方法分析了黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)、棘头梅童鱼(C.lucidus)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、小黄鱼(L.polyactis)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、白姑鱼(Pennahia argentata)、黄姑鱼(Nibea albiflora)和皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)共8种石首鱼类线粒体基因组全序列的基本特征。结果显示,除皮氏叫姑鱼外,其余7种石首鱼类编码的37个基因排列顺序与脊椎动物线粒体基因组相同。基因组碱基分布存在不均衡现象,A+T含量高于G+C含量。线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,ND4和ND5基因可作为COI基因的辅助分子标记,应用于石首鱼类群体遗传学的研究中。黄鱼亚科5种鱼类13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值远低于1,显示出较强的纯化选择。皮氏叫姑鱼与其他石首鱼间的遗传距离均较大且亲缘关系较远,暗示叫姑鱼属或为石首鱼类中较为原始的类群。基于线粒体基因组全序列构建NJ系统树支持黄鱼亚科和白姑鱼亚科亲缘关系较近的形态学结论。而基于去除控制区后序列和13个蛋白质编码基因序列构建的系统树则表明两亚科鱼类间的差别在非编码区更为明显。  相似文献   

大竹蛏和长竹蛏线粒体基因组的比较研究     

远洋  李琪  孔令锋 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2013,(9):33-38

大竹蛏(Solen grandis)和长竹蛏(Solen strictus)是2种重要的经济贝类。对大竹蛏和长竹蛏的线粒体全基因组进行比较分析。结果表明,2种竹蛏的线粒体基因组具有相似的组成结构、AT含量、基因大小和相同的基因排列顺序,然而两者的蛋白质编码基因的序列以及起始、终止密码子存在较大差异。非同义替换率与同义替换率的比值(Ka/Ks)显示,蛋白质编码基因cox1,cox2和cox3承受较强的选择压力,而nad2,nad3和nad6则承受较小的选择压力。2种竹蛏最长非编码区序列并不保守,但都含有发卡结构和(TA)12微卫星序列。长竹蛏最长非编码区中还存在另外一段串联重复序列。结果显示,2种竹蛏线粒体基因组存在明显差异,线粒体基因组可以做为区分大竹蛏和长竹蛏的重要分子标记。  相似文献   

岱衢族大黄鱼(Pseudosciaena crocea) 线粒体基因组全序列的扩增及其特异鉴别引物的开发     

沈锡权  何萌萌  严小军  薛良义  吴雄飞 《海洋与湖沼》2013,44(3):755-762

采用PCR扩增、克隆获得了岱衢族和闽-粤东族大黄鱼(Pseudosciaena crocea)线粒体基因全长序列,并扩增了各25条样本的高变区域,测序结果可分成3个操作分类单元(Operational Taxonomic Unit,OTU);闽-粤东族含3个类型:D1-N1、D1-N2和D2型;而岱衢族样品均为D1-N1型;设计出能区分不同分型的鉴别引物J1和J2,且优化了鉴别条件。结果表明:根据凝胶电泳的图片,如果样品分型为D1-N2和D2型,则100%为闽-粤东族;如果样品分型为D1-N1型,则该样品为岱衢族的概率为86.2%,为闽-粤东族的概率为13.8%。研究结果为岱衢族大黄鱼的种质资源保护、良种选育和市场销售等方面提供技术支持。  相似文献