O1型霍乱弧菌Fosmid文库的构建及分析     

倪鑫  麻丽丹  雷质文  梁成珠  王殿夫  吕秀芳 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2013,(2):36-39

为构建O1型霍乱弧菌Fosmid文库并对文库进行分析,采用低熔点琼脂糖包埋法提取O1群霍乱弧菌N16961完整基因组,用随机剪切法将基因组进行片段化处理,脉冲电泳分离片段化DNA并切胶回收33～48kb之间的DNA片段,然后对DNA片段进行末端平滑化和磷酸化处理,与pCC1FOS载体连接,经包装、转染后构建霍乱弧菌Fosmid文库。平均插入片段为37kb,共保存9 600个克隆,空载率小于2%。本文库符合文库的构建要求,文库的建立为O1霍乱弧菌重要基因及其功能的研究奠定了基础。  相似文献   

基于线粒体COI基因序列探讨鸭嘴舌形贝地理分布     

吴恋娟  盛桂莲  赖旭龙  侯新东  袁俊霞 《地质科技情报》2010,29(1)

从河北秦皇岛采集的用无水乙醇保存的鸭嘴舌形贝(Lingula anatina)样品中提取了DNA,经PCR扩增后进行克隆,得到了2条长度为682 bp的线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(COI)基因片段。调用GenBank中日本有明海和中国香港的鸭嘴舌形贝同源序列,用邻接法和贝叶斯法构建了系统发育树,结果表明:秦皇岛地区的鸭嘴舌形贝与日本有明海的鸭嘴舌形贝形成姊妹群,具有较近的亲缘关系,与香港的鸭嘴舌形贝亲缘关系较远。初步分析认为西太平洋地区鸭嘴舌形贝现有的地理分布并不是由浮游幼虫的扩散引起的,不同地区鸭嘴舌形贝的差异可能跟地理隔离有关。  相似文献   

Complete genome sequence and proteomic analysis of a thermophilic bacteriophage BV1     

LIU Bin  WU Suijie  XIE Lianhui 《海洋学报(英文版)》2010,29(3):84-89

Viruses of thermophiles are of great interest due to their roles in gene transfer, global geochemical cycle and evolution of life on earth. However, the thermophilic bacteriophages have not been studied extensively. In this investigation, a typical bacteriophage BV1 was obtained from a thermophilic bacterium Geobacillus sp. 6k512, which was isolated from an inshore hot spring in Xiamen of China. The BV1 contained a double-stranded linear DNA of 35 055 bp, which encodes 54 open reading frames (ORFs). Interestingly, eight of the 54 BV1 ORFs shared sequence similarities to genes from human disease-relevant bacteria. Seven proteins of the purified BV1 virions were identified by proteomic analysis. Determination of BV1 functional genomics would facilitate the better understanding of the mechanism for virus-thermophile interaction.  相似文献   

海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组测序与结构特征分析          下载免费PDF全文

蒙雨  宋一清  谢青颖  蔡杏伟  张清凤  董杨  李芳远  谢松光  申志新 《海洋科学》2023,47(11):66-78

为了解海南尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis)线粒体基因组结构特征及其与鲤科(Cyprinidae)鱼类的进化关系, 本文通过二代测序获得海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组全序列, 并对结构特征进行分析, 结果显示具有典型的环状闭环双链分子, 全长16 581 bp, 碱基组成为A (31.96%)、G(15.69%)、C(27.53%)和T(24.82%), 包含13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个可变控制区D环。对碱基含量分析发现尖鳍鲤的碱基组成中具有较高AT含量的偏向性, 13个PCGs中有不少的偏好性密码子, 如CGA(RSCU>3.506)、CCA(RSCU>2.208)等。除tRNA^Gln、tRNA^Ala、tRNA^Asn、tRNA^Cys、tRNA^Leu(CUN)、tRNA^Tyr、tRNA^Ser(UCN)、tRNA^Pro和ND6外, 其余基因的排列于H链上。比较海南与广西海域尖鳍鲤线粒体基因组发现, 两者PCGs相似性在96%~100%, ND4、CO II、Cytb基因在起始位置、长度以及起始密码子存在不同程度的差异。另外, 将与尖鳍鲤同属的的鲤(C.carpio)、鲫(C.auratus)的13个PCGs进行两两比较表明, 3种鲤属鱼类的PCGs相似性在85%~99%。通过与其他鲤科鱼类的线粒体基因组序列构建系统发育树, 发现尖鳍鲤和鲤亲缘关系最近。本研究结果有助于理解不同鲤科鱼类的亲缘关系, 为尖鳍鲤线粒体进化分析和种质资源研究提供参考依据。  相似文献   

东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因的定量检测   总被引：3，自引：0，他引：3  

赵丽媛  于志刚  甄毓  米铁柱 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2009,39(3)

建立了检测东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因mRNA含量的实时荧光定量PCR方法.以甲藻Cytb基因的简并引物扩增得到984 bp长的东海原甲藻Cytb基因片段,经克隆、测序,制备并纯化质粒.以光度法测定质粒浓度并作为标准品.对上述基因片段,利用PRIMER EXPRESS 3.0 设计引物,以梯度稀释的质粒标准品进行定量PCR反应,以SYBR Green I为荧光染料,制作标准曲线,得到基因拷贝数X与Ct值的关系为:Ct=-3.50 lg X+39.35(相关系数r为0.999).通过对不同生长时期的东海原甲藻样品的Cytb基因mRNA含量检测,发现该基因的表达量较稳定,平均值为(45.4±4.7)拷贝/细胞,受生长状态影响不大,可作为实时荧光定量PCR的内参基因.  相似文献   

海胆和人类有共同祖先？     

杨娟 《海洋世界》2007,(1):66-67

海胆基因竟然与人类相似,这有可能对治疗人类疾病带来关键性的突破。  相似文献   

基因组研究的关键平台———大片段文库          下载免费PDF全文

张洋  张晓军  刘斌  李富花  相建海 《海洋科学》2008,32(4):74-81

大片段基因组文库由于其较大的容量、遗传的稳定性和易操作性等特点而被广泛应用于人类、动植物和微生物的基因组研究中,在物理图谱构建、全基因组测序、基因图位克隆、基因结构功能和进化等研究中起到了重要作用.近年来新技术、新设备的发明和应用使得克隆载体的结构不断优化,稳定性和转化效率显著提高,大片段文库逐渐成为基因组研究的关键平台.  相似文献   

巨蛎属牡蛎DNA序列的比较及鉴定     

彭敏  罗邦  朱威霖  杨春玲  赵永贞  李强勇  刘青云  曾地刚  李旻  陈秀荔 《广东海洋大学学报》2020,(1):29-37

【目的】了解巨砺属牡蛎的系统关系和种类区分。【方法】对我国沿海分布的7种巨砺属牡蛎(香港牡蛎、有明牡蛎、熊本牡蛎、岩牡蛎、艾氏牡蛎、太平洋牡蛎、葡萄牙牡蛎)的线粒体DNA片段(COI、12S、16S和tRNAs),以及核糖体RNA基因转录间隔子序列(ITS-1、ITS-2和ITS)进行分子系统学研究。【结果】无论种间或种内,tRNAs序列差异最大,亚种内TS1序列差异最大;tRNAs和COI序列较其它序列变异更快,种间变异与种内变异之间有明显的条形码间隙;12S、16S、ITS和ITS2的种间变异与种内变异无重叠及条形码间隙;ITS1的种间变异与种内变异出现重叠。在亚种层面,12S、ITS、ITS1和ITS2的亚种间变异与亚种内变异出现重叠;16S的亚种间变异与亚种内变异无重叠及条形码间隙;tRNAs与COI序列亚种间变异与亚种内变异之间有明显的条形码间隙,有利于区分亚种。【结论】tRNAs和COI序列可用于种及亚种的鉴定。  相似文献   

热液和冷泉10种无脊椎动物基因组大小测定及比较          下载免费PDF全文

郑平  王敏晓  李超伦  孙松 《海洋学报》2016,38(6):41-50

基因组大小(或称C值)作为生物单倍体细胞中全套染色体的DNA总量,在一定程度上是恒定的,因而C值可以作为生物物种的一个特定参数。深海热液和冷泉为更好地理解C值与不同环境之间的关系提供了一个特征性的模型。本文采用流式细胞术,测定了来自热液和冷泉环境中的10种深海无脊椎动物的C值,其分布范围从0.87 pg到12.28 pg,其中,相比于软体动物和多毛类,甲壳生物基因组大小及变异均较大。对比热液和冷泉两个群落中共有种(深海偏顶蛤Bathymodiolus platifrons、柯氏潜铠虾Shinkaia crosnieri以及长角阿尔文虾Alvinocaris longirostris)的基因组大小,发现C值差异并不显著。同时,综合已有的数据,对深海化能极端环境与其他环境条件下的物种C值进行对比分析,结果显示深海化能极端环境下生物的基因组大小并没有发现明确的变化趋势。  相似文献   

应用流式细胞术测定中国四种经济蟹类的基因组大小     

刘磊  崔朝霞  宋呈文  刘媛  惠敏  王春琳 《海洋学报(英文版)》2016,35(6):7-11

The genome size(C-value) of an organism is referring to the DNA content of its non-replicated haploid chromosome complement,generally deduced from measuring somatic diploid nuclei.We presented genome size(C-value) data obtained by flow cytometry for four commercially important crabs(Portunus trituberculatus,Charybdis japonica,Scylla paramamosain,and Eriocheir sinensis) common in the coast of China.Gallus domesticus(2C=2.5 pg) was used as the internal standard.The results showed that the C-value for P.trituberculatus,C.japonica,S.paramamosain,and E.sinensis were(2.31±0.01) pg,(2.33±0.03) pg,(1.64±0.02) pg,and(2.29±0.03) pg,respectively.The C-value of P.trituberculatus,C.japonica and S.paramamosain were reported for the first time.The data represented by the four species indicated that they had lower DNA contents than average DNA values in crustaceans((4.99±0.48) pg),and three of the four values were very similar if not identical.The results provide useful data for future studies in the fields of biodiversity,species conservation,and phylogeny of these commercial crabs.They will also be helpful in instructing the hybridization breeding program and estimating the cost of the whole genome sequencing project.  相似文献