西太平洋深海沉积物古菌多样性分析     

王峰  萨仁高娃  王峰  马学恩 《地质学报》2010,84(8):1105-1111

以提取并纯化的西太平洋深海沉积物DNA为模板,利用古菌PCR特异性引物扩增出样品中古菌的16S rDNA片段,构建其克隆文库,建立阳性克隆子RFLP(Restriction Fragment Length Polymor-phism)酶切图谱。据酶切图谱对所获得的90个克隆进行测序,并与数据库中的序列进行比对,从而进行古菌的多样性和系统发育分析。结果表明,沉积物中扩增的16S rDNA古菌序列分别来自泉古生菌(Crenarchaeota)和广古生菌(Euryarchaeota),以Marine Benthic Group B (11.8%)、Marine Benthic Group D (13.6%)、Marine Crenarchaeotic Group (68.69%)为主。少量序列为South African Gold Mine Euryarchaeotic Group (1.07%)、Deep-Sea Hydrothermal Vent Euryarchaeotic Group (1.61%)、UIIB（1.25%）、VALIII（1.79%）、Marine Benthic Group E (0.18%)。以上结果表明西太平洋深海沉积物中有丰富多样的古菌群落。  相似文献   

Molecular Phylogeny ofParapenaeopsis Alcock, 1901（Decapoda： Penaeidae） Based on Chinese Materialsand 16S rDNA and COI Sequence     

《青岛海洋大学学报(英文版)》2014,(1):104-114

The phylogenetic relationship among Chinese Parapenaeopsis species was studied by comparing 16S rDNA and CO1gene sequence. The results showed that Parapenaeopsis hardwickii （Miers, 1878） and P cultrirostris Alcock, 1906 identified fromChinese samples were the same species. Parapenaeopsis cornuta （Kishinouye, 1900）, P. incisa Liu and Wang, 1987, and P. sinicaLiu and Wang, 1987 were different species. However, their systematic relationship were closer than those of other species, and theyformed an advanced branch in the phylogenetic trees. Additionally, the systematic position of P. hardwickii （Miers, 1878）, P. hun-gerfordi Alcock, 1905, and P. tenella （Bate, 1888） were not stable in the phylogenetic trees. More genetic markers such as 18S rDNAand 28S rDNA were supposed to be used to confirm the phylogenic relationship of Parapenaeopsis species.  相似文献   

基于线粒体16S rDNA和COΙ基因探讨中国近海黄姑鱼类的分子系统进化关系   总被引：1，自引：1，他引：0  

辛俭  张玉荣  徐冬冬  楼宝  詹炜  毛国民 《海洋与湖沼》2014,45(2):307-313

为探讨中国近海黄姑鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增了黄姑鱼(Nibea albifora)、浅色黄姑鱼(N.coibor)、日本黄姑鱼(N.japonica)和状黄姑鱼(N.miichthioides)等4种黄姑鱼类的16S rDNA和COΙ基因片段并进行了序列测定,计算其种间及种内遗传距离并结合来自GenBank的13种石首鱼科鱼类的相应基因片段序列构建分子系统树。结果表明:(1)利用16S rDNA片段可以对4种黄姑鱼类进行分子鉴定;但是基于COΙ基因片段计算的日本黄姑鱼和状黄姑鱼的种间遗传距离为0.002—0.005,尚未达到种间分化水平,应用该基因片段进行这两种鱼的分子鉴定值得商榷;(2)分子系统树显示日本黄姑鱼和状黄姑鱼与黄姑鱼和浅色黄姑鱼处于不同的系统发育阶元,日本黄姑鱼和状黄姑鱼与白姑鱼属鱼类聚为同一类群,支持形态学上将日本黄姑鱼和状黄姑鱼划归为白姑鱼属的分类学观点。  相似文献   

川纹笛鲷消化道优势菌群PCR-DGGE指纹图谱比较分析   总被引：2，自引：0，他引：2       下载免费PDF全文

周志刚  石鹏君  姚斌  何夙旭  苏永全 《海洋科学》2008,32(11):9-12

采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术（DGGE）对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷（Lutjanus sebae）的消化道胃壁、胃内容物、肠壁、肠内容物优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示，川纹笛鲷消化道存在着丰富多样的细菌群落，对DGGE指纹图谱聚类分析表明菌群组成相似度高于55％，其中胃内容物及胃壁细菌组成相似度最高（90％），这可能与摄食饵料在消化道推移有关；而胃壁与肠壁相似度相对最差，可能反应了由于生理环境不同引起的宿主差异性。通过建立川纹笛鲷消化道16S rDNA-DGGE指纹图谱及比较分析，为澄清川纹笛鲷消化道微生物区系奠定了基础。  相似文献   

宁波北仑港冬季浮游细菌多样性研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

刘兵  李太武  苏秀榕  史西志  李登峰  杜莉利 《台湾海峡》2009,28(2):217-222

采用分子生物学方法对宁波北仑港冬季水体中的浮游细菌多样性进行了研究.提取水样中细菌基因组总DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,扩增产物经分子克隆、测序与序列分析,对水样中的细菌建立了16S rDNA克隆文库和系统发生树.结果表明,浮游细菌群落具有较高的多样性,34个克隆子分属2个不同的细菌类群,6个克隆子属于未知类群,优势细菌类群为Pro-teobacteria类群（变形菌类群）,占80%;细菌优势类群顺序为β-Proteobacteria类群（32.5%）、γ-Proteobacteria类群（25%）、α-Proteobacteria类群（15%）、ε-proteobacteria类群（7.5%）、Firmicutes类群（厚壁菌类群）（5%）.这一结果与近年来国内外有关港口微生物多样性的报道较为一致.用DNAStar中Clustalw程序从测序的40个克隆子中选出17个OTU进行系统发育分析,同样表明浮游细菌多样性较强.  相似文献   

山东半岛南北两侧海域真核浮游生物群落特征及与环境因子的相关性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘朋超  王卫军  骆启豪  李彬  孙国华  赵强  张金浩  杨建敏 《海洋与湖沼》2019,50(4):876-885

为了解山东半岛南北两侧的烟台崆峒岛(KTD)海域和日照东港(DG)海域真核浮游生物群落特征,采用高通量测序技术,以18S rDNA V4区为目标基因,对2017年10月至2018年7月两海域的真核浮游生物多样性进行了检测;同期测定两海域的环境因子(溶解氧、氨氮含量等10个理化指标),并与真核浮游生物丰富度做相关性分析。实验结果表明:通过高通量测序技术共鉴定出浮游生物455种,其中,KTD海域共检测出真核浮游生物36个门类424种;DG海域共检测出真核浮游生物34个门类365种。绿藻门(Chlorophyta)、硅藻门(Diatomea)是两海域浮游植物中整体丰度最高的门类。KTD海域,绿藻门各月丰度在3.0%—21.3%之间,其中2018年7月(K1807)最高,达到了21.3%;硅藻门各月丰度在2.0%—16.59%之间,其中2018年2月(K1802)最高,达到了16.59%。DG海域,绿藻门各月丰度在2.0%—12.3%之间,其中2017年11月份(D1711)最高,达到了12.3%;硅藻门各月丰度在2.0%—47.0%之间,其中1月(D1801)最高,达到了47.0%。占优势地位的浮游动物主要是节肢动物门类的物种,其每月丰度分别在6.0%—38.9%和7.6%—48.6%之间。环境因子相关性分析表明水温、DO、pH、硅酸盐、硝酸盐氮等环境因子为影响该海域浮游生物群落结构的主要因子。研究结果对了解双壳经济贝类养殖区饵料组成及其在时空的变化,对海岸带食物网、生态基础管理和海洋经济贝类养殖生产等方面提供数据支撑。  相似文献   

三种裸腹溞的16S rDNA序列分析与系统分类探讨     

徐敏  邓道贵  张海军  王文平  晁秋杰 《湖泊科学》2015,27(2):305-310

为了检验已记录的3种裸腹溞(发头裸腹溞(Moina irrasa)、短型裸腹溞(Moina brachiata)、微型裸腹溞(Moina micrura))的系统分类,用试剂盒法分别提取3种裸腹溞的基因组DNA.利用特异性引物,通过PCR扩增了3种裸腹溞的16S r DNA部分序列,并与来自Gen Bank中每个种类相似度较高的裸腹溞属序列进行分析.结果表明,3种裸腹溞的平均种间相似度为88.7%,碱基中A+T含量均明显高于G+C含量.本研究的发头裸腹溞的16S r DNA序列与Gen Bank所下载的多刺裸腹溞(Moina macrocopa)的16S r DNA序列相似度为99%,遗传距离(K2P双参考模型)为0.5%,属种内范围;两个地区的短型裸腹溞测得的16S r DNA序列与Gen Bank下载的欧洲短型裸腹溞的16S r DNA序列序列相似度相对较低(88%~90%),遗传距离较大(13.2%~13.5%左右),已达到属内种间分化水平.基于16S r DNA构建的NJ树和贝叶斯树也支持以上结论.结果表明,本研究的发头裸腹溞可能为多刺裸腹溞,本研究用的短型裸腹溞与Gen Bank下载的欧洲短型裸腹溞已经达到种间分化的标准.由于缺乏物种形态资料和其他分子标记的对比,3种裸腹溞的分类地位还需进行更深入的探讨.  相似文献   

池塘养殖和海上吊笼养殖仿刺参肠道菌群结构对比分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

陆振  杨求华  黄瑞芳  林琪  何丽斌  葛辉  周宸  杜虹 《应用海洋学学报》2017,36(2):187-194

实验采用平板分离及16S r DNA序列分析法研究池塘养殖和海上吊笼养殖仿刺参(Apostichopus japonicus)的前肠、中肠和后肠菌群结构并进行对比分析.结果显示,从海上吊笼养殖的仿刺参的肠道内分离鉴定的240株菌株分属于3个门、11个属和34个种.从池塘养殖仿刺参的肠道内分离鉴定的211株菌株分属于3个门、11个属和49个种.两种养殖模式仿刺参肠道菌群结构存在较大差异,且同一仿刺参肠道各部分之间的菌群结构也存在较大的差异.海上养殖仿刺参的肠道优势菌群为弧菌属(Vibrio)、Formosa属、希瓦氏菌属(Shewanella),池塘养殖仿刺参的肠道内优势菌群为弧菌属(Vibrio)、芽孢杆菌属(Bacillus)、喜盐芽孢杆菌属(Halobacillus).两个菌群共有菌株有7个种,存在于在不同的肠道部位.两种养殖模式比较发现池塘养殖仿刺参的肠道菌群的丰富度大于海上吊笼养殖的仿刺参,且池塘养殖仿刺参肠道内芽孢杆菌(Bacillus)等益生菌的占比较高,海上吊笼养殖仿刺参分离得到较多的弧菌属(Vibrio)细菌.本研究可为南方仿刺参人工养殖中潜在益生菌的筛选提供基础资料.  相似文献   

脱壳病和吻肿病东风螺体内致病菌及条件致病菌菌相研究   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

李淑芳  邱德全  张继东  杨世平  贾春红  邱明生 《海洋科学进展》2013,31(2)

为探讨东风螺脱壳病和吻肿病与体内外致病菌及条件致病菌的相关性,测定了东风螺养殖水体环境中异养菌菌落总数,并对病螺及健康螺体内致病菌及条件致病菌进行了分离鉴定.经兔血培养基、TCBS培养基和弧菌显色培养基分离培养,用生化试验和细菌16S rDNA序列分析鉴定,结果显示:发生脱壳病的方斑东风螺螺池水体中的异养菌菌落总数为1.34×106 cfu/mL,病螺体内分离的致病菌及条件致病菌有副溶血弧菌、哈氏弧菌、河流弧菌、Vibrio hepatarius、腐败希瓦氏菌、海藻希瓦氏菌和芽孢杆菌,其中优势菌株为副溶血性弧菌溶血菌株和哈氏弧菌;脱壳病与吻肿病共患的泥螺螺池水体中异养菌的菌落总数为1.46×107 cfu/mL,病螺体内分离的致病菌及条件致病菌有副溶血弧菌、哈氏弧菌、鲍鱼希瓦氏菌、海藻希瓦氏菌和芽胞杆菌,优势菌株为海藻希瓦氏菌、鲍鱼希瓦氏菌和哈氏弧菌;健康东风螺螺池水体异养菌菌落总数为7.6×104 cfu/mL,健康东风螺螺体内的优势菌株为副溶血性弧菌非溶血菌株和Vibrio hepatarius.试验结果表明,东风螺脱壳病和吻肿病与养殖水体环境中异养菌的总数及螺体内部致病菌及条件致病菌分布具有一定相关性.  相似文献   

3 株深海细菌的生理及分子生物学鉴定     

侯兆君  张明  蒋富清  张宝玉 《海洋科学》2013,37(3):11-16

从西菲律宾海底4954 m深的沉积物中分离到一批深海细菌,对其中编号为B2、B5、B6的3株细菌进行了生理、光学显微镜和扫描电镜观察,并且进行了分子水平鉴定。菌落呈圆球形,光滑,3株菌均带有颜色, B6菌呈乳白色, B2和 B5菌分别呈现鲜艳的橙色和红色。扫描电镜观察表明 B2和B6呈杆状,但B6菌外面覆有鞘膜, B5菌呈球状。生理实验表明,3株菌温度生长范围在37℃以下,最适生长温度分别为20、28、28℃,属于耐冷菌范畴。pH耐受范围为6~14,最适pH分别为8、8、12。3株细菌16S rRNA基因序列同源性分析表明,它们分属于芽孢杆菌(Bacillus)、节杆菌(Arthrobacter)、蛋白菌(Acinetobacter)3个不同的菌属。  相似文献