南海北部水层间及沉积表层细菌群落的比较分析          下载免费PDF全文

于淑贤  王寅初  李佳霖  庞云龙  秦松 《海洋科学进展》2019,37(1)

细菌群落在海洋生物地球化学过程中起着至关重要的作用。分析判别地理距离和环境条件等因素对细菌群落的影响,有助于理解环境变化如何驱动微生物多样性和功能的机制。通过细菌16SrDNA高通量测序的方法,对南海北部水层及沉积表层细菌群落多样性及空间分布进行比较分析,并检验环境因素、地理限制及海底深度等因素对微生物群落的影响。结果表明,约95%的细菌16SrDNA序列归属于γ-变形菌纲、厚壁菌门、蓝细菌门、α-变形菌纲等优势类群。沉积样本中的优势细菌类群主要与粒度、氮(N)等环境参数相关,而水体样本的优势细菌类群与取样深度密切相关。相关性检验结果显示,沉积样本的α-多样性指数与C有着显著的相关关系,而水体样本的α-多样性指数和β-多样性矩阵则显示与取样深度的显著相关;此外,地理距离和海底深度对β-多样性的影响并不显著,这可能与取样空间尺度有关。  相似文献   

川纹笛鲷消化道优势菌群PCR-DGGE指纹图谱比较分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

周志刚  石鹏君  姚斌  何夙旭  苏永全 《海洋科学》2008,32(11):9-12

采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术（DGGE）对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷（Lutjanus sebae）的消化道胃壁、胃内容物、肠壁、肠内容物优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示,川纹笛鲷消化道存在着丰富多样的细菌群落,对DGGE指纹图谱聚类分析表明菌群组成相似度高于55％,其中胃内容物及胃壁细菌组成相似度最高（90％）,这可能与摄食饵料在消化道推移有关;而胃壁与肠壁相似度相对最差,可能反应了由于生理环境不同引起的宿主差异性。通过建立川纹笛鲷消化道16S rDNA-DGGE指纹图谱及比较分析,为澄清川纹笛鲷消化道微生物区系奠定了基础。  相似文献   

利用ITS-5.8S rDNA序列对2株海洋亚历山大藻进行的分子鉴定   总被引：4，自引：0，他引：4  

黄健  梁姗  秦洁 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2008,38(2):285-290

扩增2株分离自青岛胶州湾、从形态上初步确定为亚历山大藻属(Alexandrium sp. qd2, Alexandrium sp. qd3)的5.8S 核糖体基因(5.8S rDNA), 转录单元内间隔区(Internal Transcribed Spacer, ITS) 序列、部分18S rDNA和28S rDNA序列.通过blastn比对、系统进化树以及遗传距离分析将A.sp.qd2和A.sp.qd3鉴定为A.catenella,且属于A.catenella 的不同株型.  相似文献   

Molecular phylogenetic analysis of attached Ulvaceae species and free-floating Enteromorpha from Qingdao coasts in 2007   总被引：3，自引：1，他引：2  

姜鹏  王金锋  崔玉琳  李友训  林瀚智  秦松 《中国海洋湖沼学报》2008,26(3)

Based on the sequence data of the nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer(ITS) 1,5.8 S,and ITS 2,the molecular phylogeny was analyzed on Ulvaceae species collected from Qingdao coasts in summer of 2007,including 15 attached Ulva and Enteromorpha samples from 10 locations and 10 free-floating Enteromorpha samples from seven locations.The result supported the monophyly of all free-floating Enteromorpha samples,implying the unialgal composition of the free-floating Enteromorpha,and the attached Ulvaceae species from Qingdao coasts were grouped into other five clades,suggesting that they were not the biogeographic origin of the free-floating Enteromorpha in that season.  相似文献   

3种水产病原弧菌(Vibrio)的16S—23S rDNA间区(IGSs)的克隆、测序与分析     

邓先余  王智学  孙成波  何建国 《海洋与湖沼》2006,37(2):162-170

根据细菌16S rDNA3端和23S rDNA5端的高度保守区设计引物,PCR扩增了5株溶藻弧菌、2株河流弧菌和2株创伤弧菌的16S—23S rDNA间区,克隆到pGEM-T载体上,测序;采用BLAST和DNAstar软件对16S—23S rDNA间区序列及其内的tRNA基因进行比较分析研究。结果表明,3种弧菌共测出的16S—23S rDNA间区有33条,类型有6种:IGSGLAV、IGSGLV、IGSIA、IGSG、IGSA和IGS0,其中IGSIA和IGSG最为常见,9株弧菌均包含有此两类IGS;在3种弧菌中,大部分IGS序列tRNA基因两端的非编码区具有较高的种内同源性,可以成为设计种特异性引物和探针的靶区。16S—23S rDNA间区结构的差异为建立一类新的弧菌检测方法奠定了基础。溶藻弧菌的16S—23S rDNA间区序列为首次报道。  相似文献   

一株产褐藻酸多糖的海洋假单胞细菌Pseudomonas sp.QDA的筛选和鉴定   总被引：9，自引：0，他引：9  

韩文君  路新枝  肖琳  于文功 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2004,34(1):60-64

根据已获褐藻酸多糖生物合成基因簇中褐藻胶裂解酶基因(αlgL)的序列设计特异性引物，利用PCR技术从海洋微生物中筛选到1株能够分泌胞外多糖的细菌。采用形态学观察和16S rDNA序列分析鉴定该菌株，结果为假单胞属细菌，命名为Pseudomonas sp.QDA；系统发育树显示该菌株与P.putida亲缘关系最近。菌株产生的胞外多糖可被褐藻胶裂解酶(AlgL)降解，并在紫外234nm处检测到特征性吸收，初步证明含有褐藻酸多糖。  相似文献   

青藏高原纳木错夏季沿岸水体可培养细菌多样性及其与理化因子的相关性北大核心CSCD     

郑艳艳  郭小芳  四郎玉珍  德吉 《冰川冻土》2023,(1):243-253

纳木错位于青藏高原中南部,是该地区独具特色的咸水湖泊。对纳木错夏季沿岸水体可培养细菌物种多样性进行研究,并揭示细菌群落多样性及物种分布与水质理化指标间的相关性。运用直接涂布平板法与稀释涂布平板法来分离湖水中的可培养细菌,细菌菌株的鉴定采用16S rDNA基因序列分析结合经典分类方法,并使用R 4.1.1、SPSS 20.0等软件分析细菌群落多样性。结果显示,从纳木错夏季沿岸水体20个样点中共分离得到681株可培养细菌,鉴定分为16属43种,其中优势种为Acinetobacter johnsonii。Spearman相关系数显示,总磷与总氮均为影响细菌群落多样性的主要理化指标,总磷显著影响细菌总丰度(P<0.05),总氮显著影响Simpson多样性指数(P<0.05)。RDA结果显示,氨氮是影响细菌群落分布的主要理化指标(P<0.05)。本研究初步揭示了纳木错夏季沿岸水体可培养细菌群落多样性,并获得较丰富的细菌菌株资源。  相似文献   

东海陆架表层沉积物细菌群落结构及地理分布研究     

刘明华  王健鑫  俞凯成  蒋然  刘晓辉  王帅兵  刘雪珠 《海洋与湖沼》2015,46(5):1119-1131

本研究通过构建16S r DNA克隆文库,对东海陆架五个站点的沉积物样品进行群落结构及地理分布研究。结果表明:东海陆架沉积物细菌分属于13个类群,包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、硝化螺旋菌门(Nitrospira)、WS3、拟杆菌门(Bacteroidetes)、螺旋体门(Spirochaetes)、OP8、浮霉菌门(Planctomycetacia)、疣微菌门(Verrucomicrobiae)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),其中变形菌门(γ-变形菌纲、δ-变形菌纲)和绿弯菌门为优势菌群,Latescibacteria(WS3)、疣微菌门和芽单胞菌门分别是站点DH6、DH21和DH9的特有类群。五个站点细菌多样性从高到低排序依次为DH9DH21DH17DH6DH16,其群落结构和丰度与各站点不同沉积环境类型有关。  相似文献   

椒江口化工园区邻近海域沉积物中细菌多样性初步研究     

蒋然  王健鑫  黄备  张潘  郑俊威  俞凯成  刘明华 《海洋与湖沼》2015,46(6):1420-1437

为研究椒江化工园区邻近海域沉积物中细菌结构, 选取四个典型站点, 通过分离纯化、鉴 定和建立克隆文库的方法, 对其进行多样性及系统发育分析。可培养细菌的形态学及API 鉴定结果 显示洋葱假单胞菌及杀鲑气单胞菌杀鲑亚种是优势种, 典型细菌16S rDNA 分子鉴定结果表明厚壁 菌门及γ-变形菌纲为主要类群。非培养细菌克隆文库的序列分析结果表明: 细菌主要包括变形菌门、 酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB 群、放线菌门、厚壁菌门、浮霉菌门等9 个类群; 其中C3 站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及δ-变形菌纲; C4 站点克隆子以γ-变形菌纲及酸杆 菌门为主; C5 站点克隆子主要属于δ-变形菌纲及γ-变形菌纲; C6 站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及 放线菌门。综合可培养及非培养结果, 可发现椒江口化工园区邻近海域沉积物中γ-变形菌纲为典型 优势类群, 除相当数量的克隆子相似序列来自石油烃污染的沉积环境外, 还有大量克隆子相似序列 来自养殖污染环境。  相似文献   

黑潮源区沉积物微生物多样性初步研究     

魏玉利  王鹏  赵美训  张传伦 《地球科学进展》2010,25(2):212-219

从黑潮源区采集上层沉积物,进行DNA提取,以细菌和古菌的16S rDNA通用引物PCR扩增黑潮源区沉积物中细菌和古菌群落的16S rDNA,并构建细菌和古菌的16S rDNA文库,经限制性片段长度多态性分析(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP),DNA序列测定和系统发育分析,对黑潮源区表层沉积物的细菌和古菌多样性进行了研究。研究结果表明:黑潮源区细菌包括了变形杆菌(Proteobacteria)、酸杆菌(Acidbacterium)、浮霉菌(Planctanycene)、疣微菌(Verrucomicro-bia)和Candidate division OP8和拟杆菌(Bacteroidetes)共6个类群,其中变形杆菌是优势类群。古菌包括了泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),其中泉古菌占优势;泉古菌包括MCG、C3、MBGA和MGI 4个类群,而广古菌包括SAGMEG、MBGE和MEG 3个类群,其中MBGE是优势类群。  相似文献