基于线粒体控制区的中国东南沿海黄鳍棘鲷群体遗传多样性和遗传分化          下载免费PDF全文

叶幼玲  黄张帆  徐安乐  汪睛  黎中宝 《应用海洋学学报》2022,41(4):583-590

本研究通过对线粒体控制区序列进行分析的技术手段,对中国宁德（ND）、厦门（XM）、漳浦（ZP）、南澳岛（NAD）、湛江（ZJ）、海口（HK）与北海（BH）的7个野生黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）群体的遗传多样性和遗传分化进行比较分析。结果表明：中国东南沿海的野生黄鳍棘鲷群体呈现出中等以上的遗传多样性特征,48个黄鳍棘鲷样品的控制区序列长度为580 bp,单倍型数目为44个,总体的单倍型多样性指数（Hd）和核苷酸多样性指数（Pi）分别为0.996和0.017 30。7个野生黄鳍棘鲷群体间的遗传分化程度较低,各群体间的遗传距离为0.010 28~0.029 87。群体间的遗传分化系数（FST）为-0.068 41~0.545 86,北海群体和其他群体间存在一定程度的遗传分化。AMOVA分析显示群体内的遗传变异占比为83.34%,大部分遗传变异发生在组群内;但北海群体与其他6个群体分为两个组群后,组群间的遗传变异占比为42.66%,两个组群间存在较大程度的遗传变异。基于Kimrua距离法构建的系统进化树中显示北海群体聚为一个分支,另外6个群体聚为一支。基于TCS network构建的单倍型网络图中44个单倍型混杂在一起,未按照水系格局和地理距离进行分布,表明黄鳍棘鲷群体间未形成多个单系群。本研究可为中国东南沿海野生黄鳍棘鲷群体的种质资源利用和保护提供科学依据。  相似文献   

马氏珠母贝早期生长性状的遗传参数估计   总被引：1，自引：0，他引：1  

陶后全  ;吴灶和  ;白成  ;刘冠  ;刘志刚 《广东海洋大学学报》2014,(3):10-16

以马氏珠母贝选育系F6代为亲本,采用巢式设计方法和人工解剖授精技术,依照1雄配3雌的原则,建立了8个父系半同胞家系和24个母系全同胞家系,在第8、21、35和50天测定了每个母系全同胞个体的壳长和壳高,以全同胞组内相关分析法估计马氏珠母贝早期生长性状的遗传参数。结果表明,母系半同胞个体具有较大的变异程度,存在着较大的母性效应,父系半同胞组内相关分析法估算的狭义遗传力是马氏珠母贝遗传力的估计值。8-50日龄壳长狭义遗传力估计值为0.11~1.14,壳高狭义遗传力估计值为0.12~1.04,其中利用父系半同胞组内相关法估计壳长的遗传力依次为0.17、0.19、0.12、0.11,壳高的遗传力依次为0.20、0.23、0.13、0.12,属于中等遗传力。马氏珠母贝早期生长性状的遗传相关和表型相关表现为一定的正相关,相关系数的范围分别为0.528~0.746和0.747~0.921。在早期生长阶段以壳长或壳高为参数进行选择育种时,具有较大的遗传改良潜力。  相似文献   

基于GIS和生态位模型的西藏红豆杉遗传景观和物种分布格局（英文）     

于海彬  张镱锂  高俊刚  祁威 《资源与生态学报(英文版)》2014,(3)

广泛分布于喜马拉雅山脉和我国华南地区的西藏红豆杉频临灭绝,揭示空间遗传结构和物种分布变化对于理解西藏红豆杉的进化过程及其物种保护尤为重要。基于西藏红豆杉48个种群的分子变异数据,利用反距离权重空间差值方法得到遗传多样性和遗传分化分布图,识别出6个遗传多样性和5个遗传分化高值区域,这些重点区域主要位于我国南方的几个山区,这些区域在未来应给予重点保护;基于Monmonier算法识别出4条地理隔离:东喜马拉雅山脉、横断山脉、云南高原和台湾海峡;利用生态位模型模拟三个历史时期的物种分布格局,从末次间冰期至末次冰盛期,物种经历一次向高原西部的面积扩张,这与典型的冰期物种退缩模式不同;末次冰盛期之后,物种面积逐渐缩小,呈现破碎化分布。因此,地理景观特征和第四纪气候波动对西藏红豆杉遗传结构和分布格局影响很大。  相似文献   

龙须菜RSAP分析及其SCAR标记的转化     

王津果  隋正红  周伟  马金华  张淑  常连鹏 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(4):47-53

初步探讨限制性位点扩增多态性(Restriction site amplified polymorphism,RSAP)分子标记技术在龙须菜遗传多样性检测和种质鉴定上的应用。利用所优化的适合于龙须菜RSAP分析的PCR反应体系,对青岛湛山湾野生群体和栽培品系981、07-2进行遗传多样性分析和比较。试验采用15对引物组合在3个群体14个龙须菜个体中共扩增出669个位点,其中多态位点数为146个,多态性比例22%,平均每对引物产生10条多态性条带,片段大小在100~1 000 bp之间。湛山湾野生群体的Na(1.007 5)、Ne(1.007 1)、H(0.003 6)、I(0.005 1)与栽培品系981的Na(1.003 0)、Ne(1.002 1)、H(0.001 2)、I(0.001 8),以及栽培品系07-2的Na(1.009 0)、Ne(1.006 3)、H(0.003 7)、I(0.005 4)相比较可知3个群体的遗传多样性是有差异的。种群间的遗传多样性分析表明,在所有检测的样品中,遗传多样性多来自不同群体间的多样性。群体遗传结构分析表明,2个栽培品系981、07-2间遗传距离不大,但栽培品系与湛山湾野生群体间的遗传距离相对较大,而UPGMA聚类分析也明显的将湛山湾野生群体与栽培品系981、07-2区分开来,表明野生群体与栽培品系间已产生一定的遗传隔离。通过分析湛山湾野生群体及栽培品系981、07-2的RSAP指纹图谱,从中筛选栽培品系981的特异条带,并将其转化为稳定性好、特异性高的序列特征化扩增区(Sequence characterized amplified regions,SCAR)分子标记。  相似文献   

中部太平洋大眼金枪鱼(Thunnus obesus)种群遗传结构的初步研究     

吴智超  许强华  许柳雄  戴小杰  朱江峰 《海洋与湖沼》2014,(1)

大眼金枪鱼(Thunnus obesus)是世界最重要的渔业资源之一,经济价值较高,捕捞压力的加大使中部太平洋大眼金枪鱼过度捕捞程度愈发严重。开展种群遗传结构研究将为大眼金枪鱼资源的可持续利用与开发提供科学依据。本文以取自中西太平洋和中东太平洋共182尾大眼金枪鱼个体为研究对象,分析研究其线粒体DNA控制区第一个高变区(the first hypervariable region,HVR-1)457bp的序列,共发现115个变异位点,定义了178种单倍型。序列多样性分析结果显示:8个采样点核苷酸多样性在0.03074—0.04362之间,单倍型多样性在各个采样点都较高,变动范围在0.996—1.000之间;分子方差分析显示99.97%的遗传变异性来自于种群内;群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示中东太平洋与中西太平洋群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。  相似文献   

基于遗传小波神经网络的海底声学底质识别分类   总被引：4，自引：3，他引：1  

熊明宽  吴自银  李守军  尚继宏 《海洋学报》2014,36(5):90-97

分割海底声纳探测图像,提取单元特征向量进行主成份分析,选取均值、标准差、对比度、相关系数、能量及同质性作为训练特征向量,构建小波神经网络。利用遗传算法优化小波神经网络的初始权值及小波参数,对砂、礁石、泥3种底质类型分别进行训练,并得到3种底质的测试精度都在90%以上,优于单独利用小波神经网络进行训练时的测试精度,克服了小波神经网络训练时易陷入局部极小的固有缺陷,表明基于遗传算法的小波神经网络可有效用于海底底质声纳图像的识别和分类。  相似文献   

急性低氧胁迫对卵形鲳鲹选育群体血液生化指标的影响     

区又君  范春燕  李加儿  于娜  苏慧 《海洋学报》2014,36(4):126-131

本文研究了水环境急性低氧胁迫对卵形鲳鲹Trachinotus ovatus选育群体血液生化指标的影响。实验设计了急性低氧试验组和对照组,每组3个平行。结果显示,急性低氧胁迫后选育群体的血清离子含量与对照组相比都有不同程度的升高,其中钠、氯、钙浓度与对照组相比差异显著(p0.05),铁浓度极显著高于对照组(p0.01);血清蛋白、尿酸、肌酐、血脂、血糖等指标的差异较大,其中尿酸、肌酐极显著高于对照组(p0.01),总蛋白、总胆固醇显著低于对照组(p0.05);血清中肌酸激酶含量极显著高于对照组(p0.01),肌酸激酶同工酶显著高于对照组(p0.05),γ-谷氨酰转肽酶含量显著低于对照组(p0.05);其他指标均有不同程度的升高或降低,但差异不显著。研究表明,急性低氧胁迫造成卵形鲳鲹鳃、肾、心脏和肝脏损伤,免疫力下降。  相似文献   

中国近海浮游桡足类中华哲水蚤（Calanussinicus Brodsky）的分子系统地理学和种群遗传结构研究     

Huang Yousong  Liu Guangxing  Chen Xiaofeng 《海洋学报(英文版)》2014,33(10):74-84

Planktonic copepod Calanus sinicus is the dominant meso-zooplankton in the Northwest Pacific Ocean. To better understand its population dynamics and phylogeographic patterns, 243 C. sinicus individuals were collected from seven locations across the shelf waters of China and its population genetics was studied by mitochondrial DNA cytochrome oxidase I(mtCOI) sequences analyses. Thirty-nine different sequences, or haplotypes, were detected with moderate haplotype diversity(h=0.749) and low nucleotide diversity(π=0.003) for all populations. The evolutionary divergence between geographic populations varied from 0.24% to 0.37%, indicative of very limited genetic differentiation. Visualized minimum spanning network(MSN) and phylogenetic analysis of all the detected haplotypes did not reveal any clear phylogeographic pattern. Furthermore, AMOVA data showed no significant spatial population differentiation existed among the individuals collected across China shelf waters. Pairwise FST values showed that population collected from northwest of the East China Sea(ECS) displayed a low difference to other populations. Mismatch distribution analyses and neutrality tests indicated that C. sinicus might undergo a demographic/population expansion. No significant population genetic structuring was detected, indicating an extensive gene flow among the C. sinicus populations. Our results provide molecular evidence for the hypothesis that C. sinicus in the northwestern South China Sea in winter is transported from the East China Sea and the Yellow Sea by the China Coastal Current during the northeast monsoon period.  相似文献   

Genetic parameter estimation for juvenile growth and upper thermal tolerance in turbot (Scophthalmus maximus Linnaeus)   总被引：1，自引：0，他引：1  

ZHANG Tianshi  KONG Jie  LIU Baosuo  WANG Qingyin  CAO Baoxiang  LUAN Sheng  WANG Weiji 《海洋学报(英文版)》2014,33(8):106-110

Twenty-six half-sib groups(53 full-sib families) of turbot, Scophthalmus maximus Linnaeus, were obtained by artificial insemination. We measured growth in the offspring(40–50 individuals/family) and subjected them to a thermal tolerance challenge over a period of 34 d. There was no significant difference in daily mortality(range: 0.580%–1.391%) between Days 1–13 during the thermal tolerance challenge. However, daily cumulative mortality increased rapidly between Days 14 and 29, especially on Days 15 and 16(20.232% and 34.377%, respectively). Mortality was highest on Day 16(14.145%). We estimated the genetic parameters using the average information restricted maximum likelihood method. We used a likelihood ratio test to evaluate the significance of effects in models with and without identity as an effect, and compared the final log-likelihoods(maximum log L). Lastly, we estimated phenotypic and genetic correlation between the upper thermal tolerance limit(UTT) and body weight(BW). In this study, the positive phenotypic correlation was low between UTT and BW(0.093±0.029). The genetic correlation between UTT and BW was negative(-0.044±0.239). The heritability for upper thermal tolerance was low(0.087±0.032), which is of approximately moderate heritability. The heritability for body weight was high(0.303±0.074). Our results suggest there is significant potential for improvement in the culture of turbot by selective breeding.  相似文献   

山东沿海菲律宾蛤仔不同地理群体遗传多样性的AFLP 分析     

邹琰  李莉  张良  吕芳  辛美丽  张少春  邱兆星  刘洪军 《海洋科学》2014,38(2):76-79

利用AFLP技术对山东沿海菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)4个野生群体(乳山、无棣、牟平、即墨)进行了遗传多样性分析。采用6对引物组合对4个群体进行扩增,共得到356个位点,乳山群体、无棣群体、牟平群体和即墨群体的多态位点比例依次为74.40%、70.50%、72.80%、74.70%,具有较高的遗传多样性水平。其中,即墨群体多态性比例最高,无棣群体多态性比例最低。聚类分析表明,各群体间的遗传距离为0.0263~0.0448,乳山群体和无棣群体间的遗传距离最近(0.0263),两群体首先聚在一起,随后与牟平群体和即墨群体聚在一起。  相似文献