大菱鲆亲子鉴定的微卫星多重PCR技术建立及应用     

苗贵东  杜民  杨景峰  徐营  樊廷俊  陈松林 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2011,(Z1):97-106

用8个微卫星标记组合建立了2个微卫星多重PCR体系,对大菱鲆7个人工选育家系进行了系谱认证、亲子鉴定和遗传多样性研究。2个多重PCR体系中8个微卫星位点共检测到等位基因49个,每个位点等位基因数为3~8个。根据已知亲本及子代基因型,成功推断出了3个缺失亲本的基因型。在双亲未知的情况下2个多重PCR的8个微卫星位点累积排除概率是96.58%,已知1个亲本时累积排除率为99.71%,亲子鉴定准确率为96.42%。采用70个个体进行双盲验证,利用UPGMA法对7个家系的70个体进行了聚类分析,同一家系95.71%的个体聚类分析结果与系谱来源一致。Cervus 2.0软件亲子鉴定结果表明亲子鉴定准确率为92.86%。2个多重PCR体系的建立为大菱鲆不同家系混养后的亲子鉴定、系谱分析和分子辅助家系管理提供了技术手段。  相似文献   

分子生物学技术在赤潮毒素分析监测中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

冀秀玲  金桂文  程金平  王文华 《海洋科学进展》2004,22(1):107-113

有毒赤潮事件的频繁爆发,不仅对海洋生物及自然资源造成了极大的危害,还严重威胁到公众健康。因此,各国都在积极寻求快速灵敏的检测方法,加强对赤潮毒素的分析及监测。现代分子生物学技术的发展为新型快速检测方法的建立提供了可能。对利用分子生物学技术对赤潮毒素进行检测的几种方法——全细胞PCR法、DNA探针法及信使基因细胞受体法进行了讨论。这些新技术旨在检测出环境中的痕量赤潮毒素和有害生物,杜绝赤潮毒素或有毒藻进入到食物链,从而最大限度保护公众健康、水环境及自然资源。  相似文献   

创伤弧菌和哈氏弧菌双重PCR检测方法的建立及初步应用     

陈福艳  程光平  欧阳贤华  陈晓汉  梁万文  韦友传  黄婷  杨学明  陈明  王瑞  李丽萍  韦明利 《广东海洋大学学报》2013,(3)

根据创伤弧菌(Vibrio vulnificus)的溶细胞毒素基因序列和哈氏弧菌(Vibrio harveyi)的toxR基因序列,分别设计并合成两对特异性引物,通过PCR反应条件优化,测试两种菌的特异性和敏感性,建立双重PCR方法,同时快速检测V.vulnificus和V.harveyi。结果表明:纯培养V.vulnificus和V.harveyi的检测灵敏度分别是12 cfu/mL和18 cfu/mL,与无乳链球菌、海豚链球菌、副溶血弧菌及美人发光杆菌无交叉反应;此PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性,具快速、高效等优点,对细菌V.vulnificus和V.harveyi诊断与防治具有较好的临床应用性。  相似文献   

Identification of Perkinsus-like parasite in Manila clam, Ruditapes philippinarum using DNA molecular marker at ITS region   总被引：1，自引：0，他引：1  

ZHANG Xichang  LIANG Yubo  FAN Jingfeng  ZHANG Wei  PU Hongyu  LIANG Bin  CHEN Hongxing  SONG Lichao 《海洋学报(英文版)》2005,24(5):139-144

Genomic DNA was extracted from hypnospores of Perkinsus-like parasite of Manila clam Ruditapes philippinarum collected at the fishing grounds in Huanghai Sea coast Shicheng Island and East China Sea coast Ningbo, China. The internal transcribed spacer（ITS） in rDNA was PCR-amplified, cloned, sequenced, and compared with that of five Perkinsus species in GenBank. The fragment amplified from DNA of parasite of either Shicheng Island or Ningbo contained 649 bp, including partial ssrRNA（51 bp） and ITS（＋5.8 S） （598 bp） regions. The ITS（＋5.SS） sequences of Perkinsus-like parasite of both Shicheng Island and Ningbo were all 99% identical to those ofPerkinsis atlanticus, and were not more than 95% identical to those of other four Perkinsus species including P. marinus, P. andrewsi, P. qugwadi and P. medierraneus.The ITS （＋5.8S） sequence of Perkinsus-like parasite of Shicheng Island was 99% identical to that of Ningbo. These facts about nucleotide sequences suggested that the Perkinsus-like parasite in Manila clam, Ruditapes philippinarum collected from either the Huanghai Sea coast or the East China Sea coast was P. atlanticus, and might reflect P. atlanticus strains of distinct geographic distribution.  相似文献   

一株产褐藻酸多糖的海洋假单胞细菌Pseudomonas sp.QDA的筛选和鉴定   总被引：9，自引：0，他引：9  

韩文君  路新枝  肖琳  于文功 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2004,34(1):60-64

根据已获褐藻酸多糖生物合成基因簇中褐藻胶裂解酶基因(αlgL)的序列设计特异性引物，利用PCR技术从海洋微生物中筛选到1株能够分泌胞外多糖的细菌。采用形态学观察和16S rDNA序列分析鉴定该菌株，结果为假单胞属细菌，命名为Pseudomonas sp.QDA；系统发育树显示该菌株与P.putida亲缘关系最近。菌株产生的胞外多糖可被褐藻胶裂解酶(AlgL)降解，并在紫外234nm处检测到特征性吸收，初步证明含有褐藻酸多糖。  相似文献   

二温式多重PCR检测鉴别对虾白斑综合征病毒(WSSV)和传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)的研究与应用   总被引：7，自引：0，他引：7  

谢芝勋  庞耀珊  刘加波  邓显文  唐小飞 《海洋科学》2005,29(12):9-12

建立了一种同时检测对虾白斑综合征病毒（WSSV）、传染性皮下和造血器官坏死病毒（IHHNV）的二温式多重PCR技术。根据基因库中WSSV（AF369029）和IHHNV（NC002190）基因序列，设计了两对分别与WSSV和IHHNV某段保守基因序列互补的引物，用这两对引物对同一样品中的WSSV和IHHNVDNA模板进行多重PCR扩增，结果均同时得到了两条大小与实验设计相符的593bp（WSSV）和356bp（1HHNV）特异性多重PCR扩增条带，而对其他对虾疾病病原的PCR扩增结果均为阴性；敏感性测定结果表明，该多重PCR技术最低能检测到WSSV和IHHNVDNA各100pg。用该多重PCR对400份临床病料进行检测，结果230份检出WSSV，阳性率57．5％；96份检出IHHNV，阳性率24％；56份同时检出WSSV和IHHNV，阳性率14％。18份为阴性，阴性率为4．5％。结果提示了WSSV和IHHNV广泛存在于中国南方的养殖对虾中，作者建立的二温式多重PCR可以用于这两种病毒的临床快速检测和鉴别诊断。  相似文献   

新发现的红拟石首鱼溃疡病病原海藻施万氏菌的分离和分子鉴定   总被引：6，自引：1，他引：6       下载免费PDF全文

陈偿  胡超群  陈晓燕  张吕平 《海洋与湖沼》2003,34(1):1-8

首次从患溃疡病的养殖红抉石首鱼（Scinenops ocellata)病灶和肠、肝、肾等处分离到多株细菌，发现其中两析经注射和创伤感染后，能引起体表溃疡，肠道积水等症状，与自然发病表现类似。经过生理生化鉴定为弧菌科（Vibrionacea)篱万氏菌属（Shewanella)，进一步用16S rDNA扩增测序鉴定该菌为海藻施万氏菌（Shewanella algae)，其主要特征为：革兰氏阴性，TCBS生长，产硫化氢，嗜盐，不利用葡萄糖产酸或产气，也不发酵其他糖类产酸；蛋白酶，硝酸盐还原酶，氧化酶阳性；具有较强的溶血活性。利用作者研制出的PCR检测试剂盒，对海藻施万氏菌进行了快速的分子鉴定。  相似文献   

Cloning and Structural Analysis of Calmodulin Gene from the Mangrove Plant Sonneratia Paracaseolaris     

Xiong Lingyuan  Lin Tao  ZHOU Hantao  Xu jinsen  Ge Yunsheng  Chen Muchuan  Chen Liang 《海洋通报(英文版)》2002,4(2)

Calmodulin is a calcium binding protein that modulates the activity of diverse groups of protein including some protein kinase, adenylate cyclases and ATPase. Here we use the total DNA of Sonneratiaparacaseolaris as the template ofthe polymerase chain reaction (PCR). The PCR primers have been designed and synthesized according to the 5-and 3-terminal oligonucleotide sequences of Calmodulin gene of plants in Genbank and ligated with cloning vector pBsk( ).The recombinant clones have been obtained from the selected medium. The results of DNA sequences analysis show that the nucleotide sequences of ORF share more than 85% homologies as compared with those ofcalmodulin genes of several other plants. Similar to rice and apple, the ORF is interrupted by an intron behind the 75th nucleotide.  相似文献   

红树植物拟海桑钙调蛋白基因的克隆及分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

熊玲媛  林涛  周涵韬  徐金森  葛运生  陈睦传  陈亮 《台湾海峡》2002,21(2):193-198,T002

钙调蛋白（Calmodulin)是生物细胞内一种重要的调控蛋白，通过其与靶酶的相互作用控制细胞正常的生长和发育，作者以高抗盐红树植物海桑属拟海桑（Sonnera-tia paracasolaris)总DNA为模板，参考GenBank上植物钙调蛋白基因序列合成5′端和3′端引物，利用多聚酶链式反应（PCR）扩增了拟海桑钙调蛋白基因，与克隆载体pBsk( )重组，转化Escherichia coliDH5α得到重组克隆子，DNA序列分析表明，所得片段的编码区在核苷酸序列上与迄今已知的几种植物钙调蛋白基因有很高的同源惺 ，同源率在85%以上；与水稻、苹果，衣藻等相似，其基因编码区被一个位于第75位核苷酸之后的内含子所中断。  相似文献   

三氯生对雌性斑马鱼肝胰脏凋亡相关基因表达的影响     

刘旭昊  祖恩普  王凡 《广东海洋大学学报》2020,(1):15-18

【目的】研究三氯生(TCS)对雌性硬骨鱼类肝胰脏损伤的相关分子机制。【方法】采用半静态水体接触染毒法,将雌性斑马鱼(Danio rerio)暴露于0、0.017、0.034、0.068 mg/L的TCS溶液42 d,采用普通PCR和实时荧光定量PCR技术测定雌性斑马鱼肝胰脏凋亡相关基因(Bcl-2、p53、MDM2、Bax)的表达情况。【结果】0.017~0.068 mg/L组的雌性斑马鱼肝胰脏Bcl-2、MDM2和Bax基因的表达极显著下调(P<0.01),p53基因的表达极显著上调(P<0.01)。【结论】0.017~0.068 mg/L的TCS显著影响雌性斑马鱼肝胰脏凋亡相关基因的表达,促进雌性斑马鱼肝胰脏细胞凋亡的发生。  相似文献