浙江枝吻纽虫(Dendrorhynchus zhejiangensis) 热休克蛋白70基因克隆与表达特征研究     

路雅丽  李成华  苏秀榕  李太武  朱琳  张鹏  李晔 《海洋与湖沼》2012,43(6):1156-1162

采用同源克隆和cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆了浙江枝吻纽虫热休克蛋白70(DzHSP70)基因全长cDNA序列,并利用荧光定量PCR方法,分析了该基因在重金属胁迫下的表达特征。结果表明,DzHSP70cDNA全长2827bp,包括294bp的5’UTR、628bp的3’UTR和编码634个氨基酸残基的1905bp的开放阅读框。HSP70家族的3个签名序列以及细胞质特异性调控基序EEVD等特征元件在DzHSP70中高度保守。重金属离子Fe3+、Pb2+和Cd2+均可上调该基因的表达,其中Pb2+的毒理效应最强。研究结果表明DzHSP70可能参与了机体对于重金属的解毒过程。  相似文献   

饲料中添加益生菌对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)非特异免疫基因表达量和抗病力的影响   总被引：2，自引：0，他引：2  

孙艳  刘飞  宋晓玲  麦康森  李玉宏  黄倢 《海洋与湖沼》2012,43(4):845-851

采用实时荧光定量PCR方法,进行肠道复合益生菌对凡纳滨对虾相关免疫基因表达量的研究。通过感染实验,分析饲料中添加益生菌对凡纳滨对虾病毒感染能力的影响。结果表明,Real-time PCR揭示在投喂期间饲料中添加芽孢杆菌/溶藻弧菌组的对虾血淋巴细胞中的proPO、SOD和LZM的相对表达量均显著高于对照组(P<0.05);感染WSSV后,对芽孢杆菌/溶藻弧菌组凡纳滨对虾血淋巴7个采样时间点的proPO、SOD、LZM的表达进行Real-time PCR分析,检测表明WSSV刺激24h后,对虾血淋巴中的proPO、SOD和LZM的表达呈现显著性上调,且分别在48h、96h、96h达到最大值。累积死亡率结果证实饲料中添加益生菌均可提高其对虾抗WSSV感染的能力,尤其以坚强芽孢杆菌活菌与溶藻弧菌活菌配合使用效果更佳。  相似文献   

拟穴青蟹(Scylla paramamosain)PP2A调节亚基B的基因克隆与表达分析     

刘学良  金朱兴  黄辉洋  叶海辉  李少菁 《海洋与湖沼》2012,43(5):932-937

采用RT-PCR、RACE等方法,获得了拟穴青蟹PP2A调节亚基B(PP2A-B)的cDNA全序列,全长2040bp,开放阅读框(ORF)为1332bp,可编码443个氨基酸残基。同源分析显示,该基因编码的蛋白与其它一些物种具有很高相似性,推测PP2A-B基因具有很高的保守性。经荧光定量PCR检测,PP2A-B基因在拟穴青蟹多个组织中有表达,且在脑、卵巢、鳃中表达量较高。在拟穴青蟹卵巢发育过程中,PP2A-B基因在卵巢未发育期(I期)表达量最高,此后各期逐渐下降,推测PP2A-B在卵巢中可能以PP2A全酶的形式存在,抑制卵巢发育。  相似文献   

应用实时荧光定量PCR技术研究九龙江口水域米氏凯伦藻的分布   总被引：1，自引：0，他引：1  

边梅  郑森林  刘文华  林康丽  邱晓燕  黄浩  余兴光  陈彬  刘正华 《台湾海峡》2012,31(1):65-71

为快速精确监测九龙江口小型有毒赤潮藻的分布,本工作应用实时荧光定量PCR技术检测了2009年春(5月)、夏(8月)、秋(11月)3个季节九龙江口18个站位水样中米氏凯伦藻(Kareniamikimotoi)的密度.这3个季节分别对应九龙江口水域的丰水期、平水期、枯水期.结果表明,在九龙江口水中米氏凯伦藻的检出范围为未检出至2.3×104cells/dm3;其空间分布差异比较大,主要分布在厦门西港海域,其次是在高潮时的海门岛附近海域;海门岛以西水域几乎未监测到该藻的存在,仅5号站位有1个航次检出.米氏凯伦藻密度的季节分布差异也很明显,春、夏季的密度(最高检出值都达到了2.3×104cells/dm3)明显高于秋季的密度(最高检出值仅为5.4×103cells/dm3).本研究结果可为厦门西港以及九龙江口水域赤潮的研究与监测提供参考.同步进行的显微镜镜检技术没有观测到米氏凯伦藻的存在,可见在藻密度较低(低于103cells/dm3)的情况下,实时荧光定量PCR技术较传统镜检技术(检出限一般在103cells/dm3以上)可能更灵敏.该技术特异性好且操作简便,使对大样本的检测具有可行性,为实现沿岸海域赤潮的动态监测和深入研究奠定了基础.  相似文献   

Development of a real-time PCR method (Taqman) for rapid identification and quantification of Prorocentrum donghaiense     

Jian Yuan  Tiezhu Mi  Yu Zhen  Zhigang Yu 《中国海洋大学学报(英文版)》2012,11(3):366-374

Prorocentrum donghaiense is a dinoflagellate that is widely distributed in the East China Sea and has become increasingly involved in Harmful Algal Blooms (HABs). Therefore, it is necessary to study this dinoflagellate to monitor HABs. In this study, 13 pairs of primers specific to P. donghaiense (within its internal transcribed spacer (ITS) regions) were designed for SYBR Green I real-time PCR. As the SYBR Green I real-time PCR could not identify P. donghaiense in a specific manner, a Taqman real-time PCR method was developed by designing a set of specific primers and a Taqman probe. A 10-fold serial dilution of recombinant plasmid containing ITS regions of P. donghaiense was prepared as standard samples and the standard curve was established. Additionally, we quantified the genomic DNA in P. donghaiense cells and utilized this DNA to prepare another 10-fold serial dilution of standard sample and accordingly set up the standard curve. The mathematic correlation between the cell number and its corresponding plasmid copy number was also established. In order to test the efficiency of the real-time PCR method, laboratory samples and P. donghaiense HAB field samples were employed for identification and quantitative analysis. As to laboratory samples, as few as 102 cells of P. donghaiense could be quantified precisely utilizing both centrifugation and filtration techniques. The quantification results from field samples by real-time PCR were highly similar to those by light microscopy. In conclusion, the real-time PCR could be applied to identify and quantify P. donghaiense in HABs.  相似文献   

霸王基因组RAPD优化条件的建立   总被引：9，自引：4，他引：5  

郝瑞文  景建洲  李振勇  贾敬芬 《中国沙漠》2006,26(2):286-290

实验以霸王20 d龄无菌籽苗为材料,使用CTAB法提取其基因组DNA,进行RAPD条件优化分析。通过单因子实验分别研究了Mg2+浓度、dNTPS浓度、Taq酶的浓度、引物浓度和模板DNA浓度对RAPD反应的影响,即在25 μL总反应体系中,Mg2+的适宜浓度为1.5~2.5 mmol\5L-1、dNTPs的适宜浓度为0.2~0.3 mmol\5L-1、随机引物的浓度以1.2 μmol\5L-1为宜、Taq酶的用量以2.0 U为佳、模板DNA的最适用量为50 ng。本研究的PCR扩增程序为94℃预变性8 min, 94℃变性1 min, 37℃退火1 min, 72℃延伸2 min,设40个循环,最后72℃保温6 min。  相似文献   

利用WSBV的引物扩增中国对虾的杆状病毒DNA     

汪岷  苏冬梅  包振民  邵济钧  戴继勋 《中国海洋大学学报(自然科学版)》1998,(4)

利用台湾报道的ＷＳＢＶ的ＰＣＲ引物,成功地扩增出了１４００ｂｐ左右的中国对虾的杆状病毒的ＤＮＡ片段,与预计的产物长度吻合。该引物对经初步离心处理的病虾组织也能扩增出特异性ＤＮＡ条带,而对正常虾组织ＤＮＡ、昆虫杆状病毒（ＡｃＭＮＰＶ）ＤＮＡ进行扩增,均获得阴性结果。说明该引物的特异性较高,对中国对虾的杆状病毒的检测具有一定的实际应用价值。实验结果同时说明ＷＳＢＶ与中国对虾的杆状病毒有同源序列存在,具有一定的保守性;用该引物进行的ＰＣＲ扩增为中国对虾的杆状病毒与其他相关病毒的比较研究提供了一种技术手段。  相似文献   

湛江湾沉积物中反硝化和厌氧氨氧化细菌的丰度、多样性及分布特征   总被引：3，自引：0，他引：3  

毛铁墙  董宏坡  陈法锦  侯庆华  朱庆梅  阳雯娜  张家伟  纪梓晗  凌炜琪 《海洋与湖沼》2020,51(1):59-74

采用实时荧光定量PCR、高通量测序等方法对湛江湾沉积物中四个月份的反硝化细菌与厌氧氨氧化细菌的多样性和丰度进行了分析。结果表明:湛江湾沉积物中反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌丰度在四个月份的变化和空间分布趋势为:nirS型反硝化细菌在二月份最高,四月份最低,且其平均丰度有从湛江湾湾内向湾口附近呈现先升高再降低的趋势;nirK型反硝化细菌丰度在九月份最高,十一月份最低;nosZ型反硝化细菌在四月份最高,其余月份变化不大;厌氧氨氧化细菌丰度在九月份最高,二月份最低。通过相关性分析结果表明,亚硝酸盐、铵盐等共同调控着湛江湾沉积物中反硝化和厌氧氨氧化细菌丰度变化。系统发育分析表明:湛江湾中存在着一些广泛分布的反硝化细菌,但也生活着一些新奇的nirK型和nosZ型反硝化细菌。对于厌氧氨氧化细菌而言,其主要属于浮霉菌门及Candidatus Scalindua属,具有较高的耐盐性,另外湛江湾海区的厌氧氨氧化细菌也生活着一类在其他地方没有的新分支。典范对应分析分析结果表明:硝酸盐显著影响湛江湾反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌的群落结构。湛江湾沉积物中反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌存在特殊的竞争与共存的关系,且由亚硝酸盐、硝酸盐、pH等多种环境因子共同驱动。  相似文献   

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)雌雄性腺的差异转录组分析     

汤玉洁  棘怀飞  王欢  李晔 《海洋与湖沼》2019,50(1):197-203

三疣梭子蟹(Portunustrituberculatus)是我国东海海域具有重要经济价值的蟹类。为探讨雌雄梭子蟹性腺基因表达差异,挖掘与性腺发育相关基因,利用高通量测序技术对三疣梭子蟹雌雄性腺进行测序和生物信息学分析,为进一步研究其性腺发育及性别分化机制提供基础。测序结果经denovo组装共获得192848个转录本,130054个unigene。差异表达分析发现,其中101742个unigene上调,37588个unigene下调。在差异表达数据库中筛选出EcR、RXR、VTG等6个可能参与三疣梭子蟹的性腺分化发育的基因,并利用荧光定量PCR验证其在雌雄性腺中的表达情况,验证结果与转录组测序结果基本一致,为深入研究三疣梭子蟹性腺分化发育调控分子机理和相关功能基因提供了重要的基因数据资源。  相似文献   

关中地区地理条件与生产投入对粮食生产的影响     

韩群柱  冯起  高海东  陈桂萍 《中国沙漠》2020,40(2):118-124

基于陕西关中地区半干旱的地理条件,针对1980—2017年农业生产的实际统计数据,以5年为计算时间尺度单元,建立了关中地区农业生产的主成分回归(PCR)分析模型,定量地研究了陕西关中地区地理环境和生产投入对农业生产的绩效贡献。结果表明:(1)对各时段的PCR方程模型自变量平均弹性系数的计算分析表明,促进农业生产效益提高的主要指标有Y₃(实际灌溉农田面积,0.117)、Y₄(高产稳产农田面积,0.509)、Y₇(农用施用化肥总量,0.793)、Y₈(农用机械总动力,0.091)、Y₉(总农业用电量,0.478)、Y₁₀(农业劳动力人数,0.106);减少效益的主要指标有Y₁(农田面积,-0.763)、Y₅(受灾农田面积,-0.052)、Y₆(成灾农田面积,-0.062)。(2)自然灾害对关中地区农业粮食生产的影响处于非常显著位置,但影响总的而言比较平稳。(3)在这些指标因素的综合影响下,关中农业粮食生产产量呈现高低起伏、周期性循环、持续增长的趋势。  相似文献