Characterization of marine microplankton communities of Qingdao coastal areas using randomly amplified polymorphic DNA（RAPD）   总被引：1，自引：1，他引：0  

GAO Shan  HU Xiaozhong  CHEN Zigui  XU Henglong  YI Zhenzhen  LIN Xiaofeng  LIJiqiu 《海洋学报(英文版)》2009,28(1)

Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao, Shandong Province, China were investigated using RAPD (random amplified polymorphic DNA) molecular markers and morphological observations. Eight RAPD-primers were selected to amplify the DNA polymorphy. The genetic distances inferred from the pairwise similari-ties were calculated for the phylogenetic tree construction. Meantime, the traditional microscopic determination, a way of visualizing the species composition, was performed to detect the major taxa of microplanktons from all samples. Results showed that: (1) the band sharing index values were in the range of 0. 504 2-0. 763 2 among samples from the same sampling site at different time scales, while 0.406 5-0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales, indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones; (2) samples from the same station basically clustered together, cor-responding to the geographic distribution of the sampling sites; (3) diversity derived from genetic and morpho-logical data did not correspond with each other well.  相似文献   

一种共生藻PCR模板DNA的快速制备法          下载免费PDF全文

龙寒  禤金彩 《应用海洋学学报》2019,38(4):585-591

采用Chelex-100树脂法制备了26个物种(分别属于腔肠动物门、海绵动物门和软体动物门)的共生藻以及一株纯培养共生藻的DNA样品。通过PCR扩增叶绿体23S rRNA基因片段获得了26个有效序列,测序比对结果显示获得的序列与扩增目的基因相符。该方法不仅样品消耗量小、操作时间短、设备需求低廉,而且可以避免使用有害化学试剂。这是一种高效、环保的DNA提取方法,可为共生藻分子研究提供技术参考。  相似文献   

洱海沉积物中有机质和DNA的分布特征   总被引：7，自引：0，他引：7  

魏中青  刘丛强  梁小兵  汪福顺 《沉积学报》2004,22(4):672-675

测定了洱海沉积物中有机碳、氮,提取了沉积物中的DNA。有机碳氮呈现相同的变化趋势降解主要发生在表层10cm;7cm前后氧化-还原条件变化,微生物电子受体改变,所以有机质的降解方式不同,出现不同的特征。利用分子生物学和地球化学相结合的方法,能更全面的认识和理解早期成岩过程。  相似文献   

DNA Barcoding Assessment of Green Macroalgae inCoastal Zone Around Qingdao,China     

《青岛海洋大学学报(英文版)》2014,(1):97-103

An assessment with assistance of DNA barcoding was conducted on green macroalgae in coastal zone around Qingdao,China, during the period of April-December, 2011. Three markers were applied in molecular discrimination, including the plastidelongation factor tufA gene, the internal transcribed spacer （ITS） region of the ribosomal cistron and rubisco large subunit gene 3＇regions （rbcL-3P）. DNA barcoding discriminated 8 species, excluding species of genus Cladophora and Bryopsis due to failures inamplification. We ascertained and corrected 4 species identified by morphological methods for effectively assisting the classification.The gene tufA presented more advantages as an appropriate DNA marker with the strongest amplification success rate and speciesdiscrimination power than the other two genes. The poorest sequencing success largely handicapped the application of ITS. Samplesidentified by tufA and rbcL as Ulvaflexuosa were clustered into the clade of U. prolifera by ITS in the neighbor-joining tree. Confu-sion with discrimination of the complex of U. linza, U. procera and U. prolifera （as the LPP complex） still existed for the three DNAmarkers. Based on our results, rbcL is recommended as a preferred marker for assisting tufA to discriminate green macroalgae. Indistinguishing green-tide-forming Ulva species, the free-floating sample collected from the green tide in 2011 was proved to be iden-tical with U. prolifera in Yellow Sea for ITS and rbcL genes. This study presents a preliminary survey of green macroalgae distrib-uted in the coastal area around Qingdao, and proves that DNA barcoding is a powerful tool for taxonomy of green macroalgae.  相似文献   

中部太平洋大眼金枪鱼(Thunnus obesus)种群遗传结构的初步研究     

吴智超  许强华  许柳雄  戴小杰  朱江峰 《海洋与湖沼》2014,(1)

大眼金枪鱼(Thunnus obesus)是世界最重要的渔业资源之一,经济价值较高,捕捞压力的加大使中部太平洋大眼金枪鱼过度捕捞程度愈发严重。开展种群遗传结构研究将为大眼金枪鱼资源的可持续利用与开发提供科学依据。本文以取自中西太平洋和中东太平洋共182尾大眼金枪鱼个体为研究对象,分析研究其线粒体DNA控制区第一个高变区(the first hypervariable region,HVR-1)457bp的序列,共发现115个变异位点,定义了178种单倍型。序列多样性分析结果显示:8个采样点核苷酸多样性在0.03074—0.04362之间,单倍型多样性在各个采样点都较高,变动范围在0.996—1.000之间;分子方差分析显示99.97%的遗传变异性来自于种群内;群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示中东太平洋与中西太平洋群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。  相似文献   

ISSR标记在牙鲆(♀)×圆斑星鲽(♂)杂交子代中的分离方式     

张正睿  王兴莲  张全启 《海洋湖沼通报》2014,(2)

以牙鲆(Paralichthys olivaceus)为母本,圆斑星鲽(Verasper variegatus)为父本进行科间远缘杂交,利用ISSR标记对2个家系杂交子代进行扩增,分析了双亲位点在杂交子代中的传递分离方式以及双亲与杂交子代的遗传距离。结果表明:6个引物在0401~#和0402~#2个家系中扩增的位点数为136和144个,其中多态性住点数量为90和91个,分别占66.18%和63.19%,2个家系间没有明显差异。2个家系中双亲与杂交子代的共有位点数量分别达34.56%和38.89%,表明遗传物质传递给了杂交子代,证明了科间远缘杂交的成功。2个家系中符合孟德尔分离规律的位点分别占32.35%和22.92%,出现分离但偏孟德尔分离位点占23.53%和27.78%,2个家系中均观察到部分非亲位点。在这2个家系中,杂交子代与母本牙鲆的遗传距离分别为0.2941、0.3182,而与父本星鲽的遗传距离分别为0.3645、0.3750,表明杂交子代在遗传上偏向母本牙鲆。该研究结果为进一步利用杂交群体同时构建牙鲆和星鲽的遗传连锁图谱提供了重要参考。  相似文献   

人工诱导栉孔扇贝雌核发育胚胎的SNP标记分析     

陈亮  赵柏淞  李玲  商文聪  胡晓丽  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(2)

利用紫外线照射灭活的同源精子,激活栉孔扇贝(Chlamys farreri)卵子分裂,获得雌核发育胚胎,流式细胞仪检测胚胎细胞平均单倍体率为82.5%。对获得的胚胎进行全基因组扩增,获得足量的基因分型模板,利用高分辨率溶解曲线(HRM)技术对其进行96个单核苷酸多态性(SNP)位点分型。结果显示,诱导雌核发育胚胎的位点检出率为96.27%,其中99.06%的位点分型结果与相应雌性亲本相符;单个胚胎中只表现一种等位形式的位点占91.67%~96.88%,平均为94.81%,较雌性亲本的纯合位点比例(64.25%)明显提高。本研究利用灭活同源精子诱导获得栉孔扇贝雌核发育胚胎,并利用单个胚胎的全基因组扩增产物进行基因位点分析,为扇贝人工诱导雌核发育个体的早期多基因位点检测和评价提供参考。  相似文献   

红藻DNA条形码分析技术研究进展     

茅云翔  吴菲菲  杜国英 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(8):48-53

DNA条形码是指利用一段相对较短的标准DNA片段,对物种进行识别和鉴定。目前该技术在动物、植物物种鉴定领域已经得到了广泛的研究和应用。在藻类的研究中,尚未确定一条统一的标准条形码基因,现阶段都是使用2条或2条以上基因序列来完成物种鉴定。对于形态多样、种类繁多的海洋红藻,常用的DNA条形码基因有COI基因(Partial cytochrome c oxidase I gene)、UPA基因(Partial 23SrRNA gene,universal plastid amplicon)、LSU基因(Partial 28SrRNA gene)和rbcL基因(The large subunit of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase)等,这些基因中2个或3个基因的互补运用准确有效地提高了红藻的鉴定准确率,尤其是COI基因的种间差异大足够区分相近物种。本文在概述条形码的原理及其标准的基础上,阐述了红藻DNA条形码鉴定研究的新进展以及常用几种基因片段的优缺点,并对条形码在红藻鉴定中存在的问题进行了分析,对其应用前景进行了展望。  相似文献   

基于cox1条形码的鱼肚DNA分子鉴定     

朱惠敏  连一阳  王中铎  郭昱嵩  刘楚吾 《广东海洋大学学报》2014,(6):1-5

为鉴定鱼肚的正品来源,运用一对特异性引物扩增并测定10 个不同价格（700～1 500 元/kg）鱼肚样本的线粒体DNA 细胞色素c 氧化酶Ⅰ（cox1）约660 bp 的序列.通过BLASTN 比对DNA 序列同源度,判定鱼肚所属种类分别为鲈形目石首鱼科（Sciaenidae）、马鲅科（Eleutheronema）、笛鲷科（Lutjanidae）、带鱼科（Trichiuridae）.cox1 条码序列获取便捷,基于此条码序列的物种鉴定技术可用于鱼肚种类鉴别.  相似文献   

中国北方地区黄牛起源的分子考古学研究     

蔡大伟  孙洋  汤卓炜  周慧 《第四纪研究》2014,(1)

中国黄牛的起源及驯化一直是考古学家和遗传学家共同关注的热点问题。目前的研究多是基于古代黄牛遗骸的形态学鉴定和对现代地方黄牛品种的DNA分析,而针对中国古代黄牛的DNA研究尚少。本文对中国北方5个青铜时代早期遗址出土的42个黄牛进行了线粒体DNA分析,并结合现代黄牛线粒体DNA数据以及考古学文化对中国黄牛的起源、传播路径及其与早期文明的关系进行了讨论。在青铜时代早期,中国北方古代黄牛均为普通牛,未见瘤牛。古代黄牛主要由T2,T3和T4构成,近东起源的T3世系在古代黄牛中占统治地位,频率高达81.0%。近东起源的普通牛可能随着早期人群的迁徙经过两条路线进入中国。  相似文献