高效非损伤性扇贝DNA提取方法的建立及效果评价     

张天琦  刘平平  吕佳  马岑  黄晓文  张嘉俊  王师 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2021,(5)

本研究建立了一种高效、经济的非损伤性扇贝DNA提取方法,在不影响扇贝个体生存状态的前提下,采用擦拭法和室温裂解相结合的方式在20 min内即可获得个体基因组DNA。以虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)为实验对象,研究了不同擦拭材料(棉签、滤纸)和不同擦拭部位(外套膜、鳃丝、内脏团)的核酸提取效果,评估了本方法在贝类基因分型领域应用的可行性。研究表明,用棉签、滤纸2种材料擦拭扇贝的鳃丝、内脏团或外套膜组织均能获得主带清晰完整的基因组DNA,且不影响扇贝的存活状态。在3种扇贝中采用棉签擦拭法的DNA得率均高于滤纸法,以这2种方式获得的DNA为模板进行SSR和SNP标记分析,能获得均一稳定的扩增条带,SSR标记分型结果准确可靠。本研究建立了简便、快速进行扇贝基因型分析的非损伤性DNA提取方法,为贝类全基因组选育和珍稀贝类资源的种质保护开发提供了新的技术手段。  相似文献   

重金属Cu、Pb对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)卵细胞凋亡及DNA损伤的SCGE试验          下载免费PDF全文

唐建勋  程樟顺  郑荣泉  陶晓敏  刘忠良  赵华 《海洋与湖沼》2013,44(1):177-181

采用室内暴露试验方法,以单细胞凝胶电泳技术(SCGE)检测,研究了Cu、Pb不同浓度梯度与不同暴露时间联合染毒对泥鳅卵细胞DNA的损伤.结果表明,各Cu、Pb浓度组DNA平均迁移长度增加,与阴性对照组比较差异有显著性(P＜0.05).此外,随着Cu、Pb染毒剂量的增加,各试验组DNA的平均迁移长度逐渐增加,在试验浓度梯度范围内(Cu 0.01mg/L+Pb 0.05mg/L、Cu 0.10mg/L+Pb 0.50mg/L、Cu 0.25mg/L+Pb 0.75mg/L),存在较为显著的剂量-效应关系(P＜0.05),但未见明显的时间-效应关系(P＞0.05).Cu、Pb可引起泥鳅卵细胞凋亡和DNA损伤,卵细胞的不同损伤水平可望作为较为理想的水环境基因毒性指标.  相似文献   

中华哲水蚤(Calanus sinicus)个体核酸含量及其对生长状况的指示作用          下载免费PDF全文

宁娟  李超伦  孙松 《海洋与湖沼》2013,44(3):734-740

采用荧光染色法对黄、东海春、秋季中华哲水蚤(Calanus sinicus)个体核酸含量进行了研究,初步探讨了RNA∶DNA比对中华哲水蚤生长状况的指示作用。结果表明,中华哲水蚤在饥饿培养24h后RNA∶DNA比值显著降低;雄性个体RNA含量和RNA∶DNA比值显著低于雌体和C5期幼体;春、秋季(2009年5月和2010年11月)个体RNA含量和RNA∶DNA比值存在显著的空间变化,两者最高值均出现在近岸;两个月份DNA含量相对稳定,在2.5—3.5μg/ind之间;个体RNA含量和RNA:DNA比值与叶绿素之间显著正相关,说明饵料是中华哲水蚤的生长过程中重要的影响因素。  相似文献   

Differentiation of coral trout (Plectropomus leopardus) based on an analysis of morphology and complete mitochondrial DNA: Are cryptic species present?     

CAI Xiaopeng  QU Meng  DING Shaoxiong  WANG Hangjun  WANG Hongjie  HU Luyi  SU Yongquan 《海洋学报(英文版)》2013,32(6):40-46

Two morphotypes of Plectropomus leopardus have been identified; morphometric and meristic analyses show that there is no diagnostic difference between them. A difference in color pattern was the most appropriate phenotypic character with which to distinguish between the two morphotypes. Complete mitochondrial DNA sequencing, however, indicated a clear difference between the two morphotypes. Barcoding analysis revealed no significant difference (P>0.05) in CO1 or ND2 divergence among intramorphotypic individuals, even between geographically separated populations, whereas the intermorphotypic CO1 and ND2 divergences were large enough (averaging 0.95% for CO1 and 1.37% for ND2) to clearly discriminate between the two morphotypes. The color pattern difference, geographical distribution, together with the mtDNA and barcode sequencing data, suggest that the two morphotypes should be of two subspecies or even two species.  相似文献   

分子生物学技术在赤潮毒素分析监测中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

冀秀玲  金桂文  程金平  王文华 《海洋科学进展》2004,22(1):107-113

有毒赤潮事件的频繁爆发,不仅对海洋生物及自然资源造成了极大的危害,还严重威胁到公众健康。因此,各国都在积极寻求快速灵敏的检测方法,加强对赤潮毒素的分析及监测。现代分子生物学技术的发展为新型快速检测方法的建立提供了可能。对利用分子生物学技术对赤潮毒素进行检测的几种方法——全细胞PCR法、DNA探针法及信使基因细胞受体法进行了讨论。这些新技术旨在检测出环境中的痕量赤潮毒素和有害生物,杜绝赤潮毒素或有毒藻进入到食物链,从而最大限度保护公众健康、水环境及自然资源。  相似文献   

尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼O.aureus和红罗非鱼O.sp.群体遗传多样性的比较     

李莉好  喻达辉  黄桂菊  杜博  符云  童馨  郭奕惠  叶卫 《热带海洋学报》2012,(2):102-109

用9对微卫星引物对尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼O.aureus和红罗非鱼O.sp.群体的遗传变异进行了比较研究。在3个群体109个个体中共检测到60个等位基因,3个群体的平均等位基因数分别为4.11、1.33和3.44,平均观测杂合度分别为0.528、0.056和0.491,平均期望杂合度分别为0.644、0.091和0.526,平均多态信息含量分别为0.580、0.077和0.466。杂合子偏离度D值分别为0.148、0.222和0.044,表明3个罗非鱼群体存在不同程度的杂合子缺失。卡方检验表明3个群体的大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡,存在遗传漂变现象。群体间遗传分化显著(遗传分化指数FST在0.329到0.656之间,P<0.01)。尼罗罗非鱼和红罗非鱼群体间的遗传距离最小(0.47)。上述分析表明,尼罗罗非鱼的遗传多样性最高,奥利亚罗非鱼的遗传多样性最低,群体间分化显著。表明尼罗罗非鱼和红罗非鱼尚具有一定的选育潜力,而奥利亚罗非鱼遗传多样性低,不利于选择育种,需要引进新的种群。  相似文献   

5个湖泊河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)种群线粒体细胞色素b基因的遗传变异分析     

徐宇  钟立强  李潇轩  朱锡和  王崇华  史杨白 《湖泊科学》2015,27(4):693-699

通过对5个湖泊的河川沙塘鳢种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行PCR扩增、测序,获得1141 bp的序列全长.序列分析显示,cyt b基因序列中A+T含量(55.8%)略高于G+C含量(44.2%),共检测到806个多态位点,115个样本得到87个单倍型,平均单倍型多样性为0.969±0.012,核苷酸多样性为0.20081±0.00742,遗传多样性表现高度多样性.太湖种群与大纵湖种群间的遗传距离最近,为0.137,巢湖种群和大纵湖种群之间遗传距离最远,为0.424.分子方差分析表明,群体间遗传分化系数Fst为0.531,变异来自群体内及群体间.cyt b基因序列构建的UPGMA系统进化树显示,5个种群分化成不同的分支系谱,种群间存在的基因交流较少.  相似文献   

Mutations in Exons of the CYP17-Ⅱ Gene Affect Sex Steroid Concentration in Male Japanese Flounder（Paralichthys olivaceus）     

MA Ruiqin  HE Feng  WEN Haishen  LI Jifang  SHI Bao  SHI Dan  LIU Miao  MU Weijie  ZHANG Yuanqing  HU Jian  HAN Weiguo  ZHANG Jianan  WANG Qingqing  YUAN Yuren  LIU Qun 《青岛海洋大学学报(英文版)》2012,(1):99-104

  相似文献   

应用高分辨率熔解曲线(HRM)开发大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记的研究     

刘庆明  李猛  马爱军  王新安  黄智慧  郭建丽 《海洋与湖沼》2012,43(6):1141-1148

利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。  相似文献   

翘嘴鲌(Culter alburnus)TMEM-57基因的克隆、组织表达和单核苷酸多态性分析     

祁鹏志  郭宝英  谢从新  吴常文  陆诗敏  段友健 《海洋与湖沼》2012,43(6):1196-1201

采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了翘嘴鲌TMEM-57蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为2822bp,其中5′-UTR区93bp,3′-UTR区731bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)为1998bp,编码665个氨基酸。NJ法系统进化分析将同科或属中TMEM-57基因分成一个分支,表现出种属间的高度保守性。利用荧光定量PCR(qPCR)技术检测了不同组织的表达量,发现在卵巢中表达量最高,其次为心脏和脑。用直接测序法对TMEM-57基因部分区段单核苷酸多态性(SNP)进行了检测,寻找到11个新的SNP位点。  相似文献