红藻DNA条形码分析技术研究进展     

茅云翔  吴菲菲  杜国英 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(8):48-53

DNA条形码是指利用一段相对较短的标准DNA片段,对物种进行识别和鉴定。目前该技术在动物、植物物种鉴定领域已经得到了广泛的研究和应用。在藻类的研究中,尚未确定一条统一的标准条形码基因,现阶段都是使用2条或2条以上基因序列来完成物种鉴定。对于形态多样、种类繁多的海洋红藻,常用的DNA条形码基因有COI基因(Partial cytochrome c oxidase I gene)、UPA基因(Partial 23SrRNA gene,universal plastid amplicon)、LSU基因(Partial 28SrRNA gene)和rbcL基因(The large subunit of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase)等,这些基因中2个或3个基因的互补运用准确有效地提高了红藻的鉴定准确率,尤其是COI基因的种间差异大足够区分相近物种。本文在概述条形码的原理及其标准的基础上,阐述了红藻DNA条形码鉴定研究的新进展以及常用几种基因片段的优缺点,并对条形码在红藻鉴定中存在的问题进行了分析,对其应用前景进行了展望。  相似文献   

Genetic Analysis of Floating Enteromorpha prolifera in the Yellow Sea with AFLP Marker     

LIU Cui  ZHANG Jing  SUN Xiaoyu  LI Jian  ZHANG Xi  LIU Tao 《青岛海洋大学学报(英文版)》2011,(3):263-269

  相似文献   

聚球藻病毒研究进展     

蔡海元  焦念志 《地球科学进展》2010,25(10):1031-1039

聚球藻是海洋浮游植物群落的优势组分,是全球碳循环的主要参与者和初级生产力的主要贡献者.聚球藻病毒对聚球藻有较高的致死率,聚球藻病毒对聚球藻的裂解对碳的生物地球化学循环有十分重要的作用.对聚球藻病毒的宿主、分类和生活方式作了简介,综述了聚球藻病毒研究方法、生态分布特征、遗传多样性与宿主的关系及其进展,评述了不同基因标记物在聚球藻病毒分子生态学应用上的优缺点,最后提出了聚球藻病毒的研究展望.旨在为海洋病毒生态学,海洋碳循环的研究提供参考.  相似文献   

中华哲水蚤(Calanus sinicus)个体核酸含量及其对生长状况的指示作用          下载免费PDF全文

宁娟  李超伦  孙松 《海洋与湖沼》2013,44(3):734-740

采用荧光染色法对黄、东海春、秋季中华哲水蚤(Calanus sinicus)个体核酸含量进行了研究,初步探讨了RNA∶DNA比对中华哲水蚤生长状况的指示作用。结果表明,中华哲水蚤在饥饿培养24h后RNA∶DNA比值显著降低;雄性个体RNA含量和RNA∶DNA比值显著低于雌体和C5期幼体;春、秋季(2009年5月和2010年11月)个体RNA含量和RNA∶DNA比值存在显著的空间变化,两者最高值均出现在近岸;两个月份DNA含量相对稳定,在2.5—3.5μg/ind之间;个体RNA含量和RNA:DNA比值与叶绿素之间显著正相关,说明饵料是中华哲水蚤的生长过程中重要的影响因素。  相似文献   

重金属Cu、Pb对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)卵细胞凋亡及DNA损伤的SCGE试验          下载免费PDF全文

唐建勋  程樟顺  郑荣泉  陶晓敏  刘忠良  赵华 《海洋与湖沼》2013,44(1):177-181

采用室内暴露试验方法,以单细胞凝胶电泳技术(SCGE)检测,研究了Cu、Pb不同浓度梯度与不同暴露时间联合染毒对泥鳅卵细胞DNA的损伤.结果表明,各Cu、Pb浓度组DNA平均迁移长度增加,与阴性对照组比较差异有显著性(P＜0.05).此外,随着Cu、Pb染毒剂量的增加,各试验组DNA的平均迁移长度逐渐增加,在试验浓度梯度范围内(Cu 0.01mg/L+Pb 0.05mg/L、Cu 0.10mg/L+Pb 0.50mg/L、Cu 0.25mg/L+Pb 0.75mg/L),存在较为显著的剂量-效应关系(P＜0.05),但未见明显的时间-效应关系(P＞0.05).Cu、Pb可引起泥鳅卵细胞凋亡和DNA损伤,卵细胞的不同损伤水平可望作为较为理想的水环境基因毒性指标.  相似文献   

Differentiation of coral trout (Plectropomus leopardus) based on an analysis of morphology and complete mitochondrial DNA: Are cryptic species present?     

CAI Xiaopeng  QU Meng  DING Shaoxiong  WANG Hangjun  WANG Hongjie  HU Luyi  SU Yongquan 《海洋学报(英文版)》2013,32(6):40-46

Two morphotypes of Plectropomus leopardus have been identified; morphometric and meristic analyses show that there is no diagnostic difference between them. A difference in color pattern was the most appropriate phenotypic character with which to distinguish between the two morphotypes. Complete mitochondrial DNA sequencing, however, indicated a clear difference between the two morphotypes. Barcoding analysis revealed no significant difference (P>0.05) in CO1 or ND2 divergence among intramorphotypic individuals, even between geographically separated populations, whereas the intermorphotypic CO1 and ND2 divergences were large enough (averaging 0.95% for CO1 and 1.37% for ND2) to clearly discriminate between the two morphotypes. The color pattern difference, geographical distribution, together with the mtDNA and barcode sequencing data, suggest that the two morphotypes should be of two subspecies or even two species.  相似文献   

鄱阳湖流域蚌类环境DNA宏条形码引物的筛选验证   总被引：1，自引：0，他引：1  

陈金萍  周春花  欧阳珊  黄晓晨  吴小平 《湖泊科学》2021,33(4):1254-1264

环境DNA技术是一种非侵入、高灵敏、高效率且对环境无破坏性,对生物体无损伤的调查工具.为了筛选适合于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物,本研究通过对鄱阳湖流域24种常见蚌的基因组DNA进行普通扩增和高通量测序筛选了11对引物(设计了9对通用引物及从相关文献中引用了2对引物),结果显示引物cyt b和16S rRNA具有良好的扩增效果和高辨别度.进一步用环境样本(n=6)并结合传统采样技术对这2对引物进行验证,结果表明:使用引物16S rRNA共注释到蚌科物种6属8种,蚌科物种序列占总序列数的26.69%;而使用引物cyt b共注释到蚌科物种4属6种,蚌科物种序列占总序列数的6.60%.引物16S rRNA更适合用于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物.在生物多样性监测中环境DNA技术可以作为传统方法的有效补充,且同时使用多对引物,可增加可信度和检测率.  相似文献   

蛋白质精氨酸甲基转移酶1调控DNA损伤修复和细胞凋亡     

张一超  吴韦韦  李奥  刘宝华  庞秋香 《海洋科学》2020,44(3):146-152

蛋白质精氨酸甲基转移酶1 (protein arginine methyltransferases 1, PRMT1)是PRMT家族中的重要一员,属于Ⅰ型PRMTs,细胞内超过85%的蛋白质精氨酸的甲基化由其催化。PRMT1通过调节底物的甲基化水平,从而调控蛋白的功能及蛋白参与的细胞活动和生理过程,包括细胞信号转导,DNA损伤修复,转录调控,RNA代谢,蛋白质相互作用等。本文着重讨论PRMT1的结构、底物及其在DNA损伤修复和细胞凋亡中的功能。  相似文献   

DNA03电子水准仪GSI-8数据格式转换软件开发     

姜松  张恒璟 《测绘与空间地理信息》2019,42(2)

对徕卡DNA03电子水准仪线路测量模式及GSI-8数据存储格式进行了研究,基于Visual C++6.0平台MFC对话框,编写GSI-8数据格式向Excel电子表格水准记录簿格式的转换软件,实现DNA系列电子水准仪内置的5种线路测量模式GSI-8数据自动向满足国家水准测量规范的Excel电子手簿记录格式转换,测站各项限差指标自动检核并定位,水准测量等级满足从一等到四等以及等外水准的要求,相同等级和同一类型的线路数据文件实现批量格式转换。  相似文献   

Genetic variation within and among range-wide populations of three ecotypes of the Japanese grenadier anchovy Coilia nasus with implications to its conservation and management     

XUE Dongxiu  YANG Qiaoli  ZONG Shaobing  GAO Tianxiang  LIU Jinxian 《海洋湖沼学报（英文）》2020,(3):851-861

Studies of range-wide populations can contribute to the comprehension of the relative roles of historical events and contemporary factors that influence genetic variation within and among populations.Japanese grenadier anchovy,Coilia nasus,is a commercially important fish,which widely distributes in the Changjiang River,the coasts of China and Korea,and the Ariake Sea of Japan.This species exhibits three life-history strategies(anadromous,landlocked and freshwater resident forms).Using two fragments of nuclear DNA,genetic variation within and among 18 populations across the rivers and coast of China and Ariake Sea of Japan was examined.Patterns of genetic diversity and divergence among populations varied widely across C.nasus'range,and indicated the different effects of historical events and anthropogenic factors.Strong genetic divergence between freshwater resident populations and other populations suggested that historical geographical factors greatly influenced the genetic structure of C.nasus.Significant genetic differentiation observed among lakes in lower Changjiang River and Huaihe River might be probably influenced by hydraulic facilities.The population genetic structure among the three ecotypes revealed in the present study indicated an important role for environment variation,and the factors responsible for shaping C.nasus different life history strategies might also impact population structure.  相似文献