Salinivibrio sp.YH4胞外丝氨酸蛋白酶EYHS耐盐性及生物信息学分析          下载免费PDF全文

武翠玲  宋英达  高慧芳  张廉芸  任晨霞 《盐湖研究》2020,28(1)

摘要：目的 探讨菌株Salinivibrio sp.YH4分泌的丝氨酸蛋白酶EYHS的耐盐性及结构特征。方法 明胶底物酶谱法分析EYHS的耐盐性。应用生物信息学手段对EYHS及6种耐盐的S8家族丝氨酸蛋白酶结构特征进行分析。结果 EYHS在4 mol/L的NaCl溶液中仍具有活性，属于耐盐蛋白酶。EYHS及6种S8家族丝氨酸蛋白酶分子表面的loop区等无规则卷曲所占比例较高，α-螺旋与β-片层则主要位于酶分子内部。EYHS分子表面酸性氨基酸含量较高，且具有弱疏水内核。多序列比对发现蛋白酶的催化三联体两侧存在高度保守的基序和保守的极性氨基酸及芳香族氨基酸，并存在多个保守的Gly与Ala。同源模建和表面电荷分布显示，α螺旋和β片层围成了蛋白酶的催化腔，EYHS活性中心包含由Asp32、His65与Ser215组成的催化三联体，且催化位点区域表面静电势为负。结论 上述结构特征可能有助于耐盐丝氨酸蛋白酶EYHS在高盐环境下维持其稳定性和适度柔性，并有助于其催化功能的发挥，为深入研究耐盐丝氨酸蛋白酶的高盐环境适应性提供了一定的理论依据。  相似文献   

南海沉积物细菌胞外蛋白酶在家族水平上的多样性   总被引：2，自引：0，他引：2  

杨金玉  冯阳阳  陈秀兰  解彬彬  张玉忠  石梅  张熙颖 《海洋学报(英文版)》2019,38(12):73-83

海洋产蛋白酶细菌及其分泌的胞外蛋白酶在降解有机氮以推动海洋氮循环进行方面发挥着重要作用，但目前对这二者多样性的认识非常有限。本研究自南海沉积物中筛选得到90株产蛋白酶细菌，并通过N-端氨基酸序列，分析了其胞外蛋白酶在家族水平上的多样性。16S rRNA基因序列分析的结果表明，筛选的产蛋白酶细菌均属于Gammaproteobacteria纲，且大多数属于Alteromonadales目和Vibrionales目的不同属。对其中14株菌株的14个胞外蛋白酶的N-端氨基酸序列分析表明，所有这些蛋白酶属于金属蛋白酶的M4家族或丝氨酸蛋白酶的S8家族。本研究提供了海洋沉积物产蛋白酶细菌在类群及其胞外蛋白酶在类型上的新细节，这将有助于全面了解微生物酶促降解海洋沉积物有机氮的过程和机理。  相似文献   

网络药理学在单味中药研究中的应用及思考          下载免费PDF全文

刘金彪  裴丽敏  李晓凤 《应用海洋学学报》2019,35(10):122-124

从中药靶点预测、活性成分筛选、药理作用机制揭示、药效的新定位等方面探讨网络药理学在单味中药研究中的应用，认为虽然取得了较大的成果，但也存在诸多问题，有待进一步研究。  相似文献   

松嫩平原不同土地利用类型的黑土有机碳分解及其温度敏感性研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

廖艳  杨忠芳  夏学齐  高磊  冯海艳  赵秀芳 《现代地质》2011,25(3):553-561

对松嫩平原旱地、水田和草地3种不同土地利用类型的黑土进行了为期90天的实验室培养.研究发现,土壤呼吸强度表现为在初期达到一个最大值后不断下降,随后趋于稳定.4个不同温度条件下(5℃、15℃、25℃和35℃),各类型土壤的呼吸强度均随温度的升高而同步增强.在相同温度条件下,土壤呼吸强度强弱顺序为:水田黑土＞草地黑土＞旱地...  相似文献   

波浪扰动对太湖底泥磷释放影响模拟   总被引：7，自引：0，他引：7       下载免费PDF全文

丁艳青  朱广伟  秦伯强  王永平  吴挺峰  申霞  洪大林 《水科学进展》2011,22(2):273-278

为揭示波浪扰动对湖泊底泥磷释放的影响,在波浪水槽中模拟了不同波高情况下扰动对水体、水土界面、底泥间隙水的磷、溶解氧等的影响.结果显示,在大波扰动下,沉积物大量悬浮,水体总磷随之增加,溶解性磷增加却不显著;波浪扰动显著增加了水体和沉积物界面的溶解氧浓度,并增加了溶解氧在沉积物的侵蚀深度;波浪扰动降低了沉积物表层10 cm内间隙水中的磷浓度,而10 cm以下沉积物中间隙水中磷浓度基本保持不变.研究表明,波浪扰动可迅速增加水体中颗粒态的营养盐,但是对于溶解态营养盐,尤其是水体中活性磷浓度的影响,则受沉积物性质、水-沉积物间隙水磷浓度差,以及水-沉积物中氧含量等多方面因素的影响.  相似文献   

海胆相关菌株抗菌活性筛选及其生物学特性     

黄苛  刘祝祥  陈奇辉  贺建武  粟银  张丽  陈义光 《海洋科学》2011,35(8):25-31

以8个菌株（3株革兰氏阳性菌、3株革兰氏阴性菌和2株真菌）作为指示菌,采用管碟法对分离自南海硇洲岛马粪海hP-（Hemicentrotuspulcherrimus）中的106株细菌（含放线菌）进行抗菌活性筛选,并对其中抗菌活性较强的菌株进行了基于16SrRNA基因序列的系统发育分析和生物学特性研究。结果显示．具有抗菌活...  相似文献   

海洋枯草芽孢杆菌HS-A38 产直链脂肽活性物质的初步检测   总被引：1，自引：0，他引：1  

张欢  丛丽娜  侯英敏  李爱民  谢三群  王丹 《海洋科学》2011,35(8):37-42

从海参肠道中分离得到了一株海洋枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)HS-A38, 将其发酵上清液经盐酸沉淀、有机溶剂萃取得到具有广谱抗菌活性的代谢物质。采用薄层层析和茚三酮显色检测到4 种物质, 分别命名为化合物1、2、3 和4; 应用层析板覆盖指示菌的生物自显影技术对其抗菌活性成分进行追踪、检测, 结果发现化合物1 和2 具有显著抑制弧菌的作用。进一步检测分析表明, 化合物1、2和4 具有很强的热稳定性, 初步推断它们属于直链的脂肽类化合物, 并且这4 种物质出现在不同的发酵代谢时期, 这将为研究群体效应提供基础检测依据。  相似文献   

红树林沉积物来源链霉菌HA6菌株发酵条件的优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

肖静  洪专 《台湾海峡》2011,30(4):589-593

HA6菌株是分离自红树林沉积物中具有强抗菌活性的链霉菌．为提高其抗菌活性物质的产量,通过单因子试验及正交试验法对其包括发酵培养基的组成、接种量、通气量和发酵时间等发酵条件进行优化．研究表明其最佳摇瓶发酵培养基配方为：麦芽提取物质量为2．00g、可溶性淀粉质量为3．00g、豆饼粉质量为2．00g、（NH4）：SO。质量为1．00g、NaCl质量为3．00g、CaC03质量为0．50g、蒸馏水体积为100cm^3;最优发酵条件为：500em。摇瓶装液体积为150em。,接种量为8％,培养温度为28℃,初始pH为7．5,转速为200r／rain,培养时间为5d．  相似文献   

深海沉积物宏基因组文库中产蛋白酶克隆CAPRO2的筛选及酶学性质分析     

徐辉  赵晶  曾润颖 《台湾海峡》2011,30(4):522-527

利用选择性筛选培养基从所构建的深海沉积物宏基因组文库中筛选得到一株产蛋白酶的克隆（CAPR0002）,对其进行了酶学性质分析．结果表明该酶的最适作用温度为65cc,最适作用pH值为9．0．该蛋白酶具有较好的热稳定性,在40cC以下的温度中可长期保持稳定,在50℃中处理6h后仍能保持60％的活力,在60℃下保温30rain后仍能保持约60％的活力．Ca^2＋、Mg^2＋、sr^2＋、co^2＋对该蛋白酶有明显的促进作用,而且ca^2＋的存在可明显提高该蛋白酶的热稳定性,ca^2＋、sr^2＋、c0^2＋这3种离子均在3．0mmol／dm^3。浓度时具有最高的促进作用,当浓度高于3．0mmol／dm’时,这3种离子对酶活力的促进作用减弱．Hg^2＋、Fe^2＋、cu¨对酶有明显的抑制作用．CAPR02蛋白酶在pH值为7。5～9．5时活力较高,pH值为7。5时可保持约80％的活力,pH值为9．5时保持60％的活力,而在pH值高于9．5的条件下酶活力下降较快,pH值为10．0时活力降为约15％,表明CAPR02属于碱性蛋白酶．丝氨酸蛋白酶抑制剂PMSF、E一64和AEBSF对CAPR02蛋白酶均无抑制作用,显示该酶不属于丝氨酸蛋白酶,而EDTA对酶有明显的抑制作用,表明该酶属于金属蛋白酶．  相似文献   

Cold-adaptive alkaline protease from the psychrophilic Planomicrobium sp.547: enzyme characterization and gene cloning     

YANG XiangSheng  CHEN XingLin  XU XianZhong  ZENG RunYing 《极地研究(英文版)》2011,22(1):49-54

A psychrophilic bacterium strain 547 producing cold-adaptive alkaline protease was isolated from the deep sea sediment of Prydz Bay, Antarctica. The organism was identified as a Planomicrobium species by 16S rRNA analysis. The optimal and highest growth temperatures for strain 547 were 15℃ and 30℃, respectively. The extracellular protease was purified by ammonium sulfate precipitation and DEAE cellulose-52 chromatography. The optimal temperature and pH for the activity of the purified enzyme were 35 ℃ and pH 9.0, respectively. The enzyme retained approximately 40% of its activity after 2 h of incubation at 50℃. The enzymatic activity was inhibited by 1 mmol/L phenylmethyl sulfonylfluoride (PMSF) and hydrochloride 4-(2-aminoethyl)-benzenesulfonyl fluoride (AEBSF), indicating that it was a serine protease. The presence of Ca2+ and Mn2+ increased the activity of the enzyme. The protease gene with a size of 1 269 bp was cloned from Planomicrobium sp. 547 using primers designed based on the conserved sequences of proteases in GenBank. The Planomicrobium sp. 547 protease contained a domain belonging to the peptidase S8 family, which has a length of 309 amino acid (AA) residues. The alignment and phylogenetic analysis of the AA sequence indicated that the protease belonged to the subtilisin family.  相似文献