Isolation and characterization of 49 polymorphic microsatellite loci for Decapterus maruadsi using SLAF-seq,and cross-amplification to related species     

Niu  Sufang  Zhai  Yun  Wu  Renxie  Zhang  Haoran  Tian  Letian  Deng  Jiaxin  Xiao  Yao 《中国海洋湖沼学报》2019,37(1):245-255

Decapterus maruadsi is a commercially important species in China, but has been heavily exploited in some areas. There is a growing need to develop microsatellites promoting its genetic research for the adequate management of this fishery resources. The recently developed specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq) is an efficient and high-resolution method for genome-wide microsatellite markers discovery. In this study, 28 905 microsatellites (mono- to hexa-nucleotide repeats) were identified using SLAF-seq technology, of which di-nucleotide was the most frequent (13 590, 47.02%), followed by mono-nucleotide (8 138, 28.15%), tri-nucleotide (5 727, 19.81%), tetra-nucleotide (1 104, 3.82%), pentanucleotide (234, 0.81%), and hexa-nucleotide (112, 0.39%). One hundred and thirty-two microsatellite loci (di- and tri-nucleotide) were randomly selected for amplification and polymorphism, of which 49 were highly polymorphic and well-resolved. The average number of alleles per locus was 13.63, ranging from 4 to 25, and allele sizes varied between 110 bp and 309 bp. The observed heterozygosity ( H_o ) and expected heterozygosity ( H_e ) ranged from 0.233 to 1.000 and from 0.374 to 0.959, with mean values of 0.738 and 0.836, respectively. The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.341 to 0.941 (mean=0.806). However, 12 loci deviated from Hardy-Weinberg equilibrium. Furthermore, transferability tests were also successful in validating the utility of the developed markers in five phylogenetically related species of family Carangidae. A total of 48 microsatellite markers were successfully cross-amplified in Decapterus macarellus, Decapterus macrosoma, Decapterus kurroides, Trachurus japonicus, and Selaroides leptolepis. The present microsatellites provided the first known set of microsatellite DNA markers for D. maruadsi, D. macarellus, D. kurroides, and D. macrosoma, and would be useful for further population genetic and molecular phylogeny studies as well as help with the fisheries management formulation and implementation of the understudied species.

  相似文献   

大棚蔬菜最低气温预报及冻害防御技术   总被引：2，自引：0，他引：2  

舒素芳  蔡敏  刘新华  张育慧  曹春信  范娟 《气象科技》2015,43(1):133-137

在大棚蔬菜低温冻害防御中,通过搭建拱棚加盖不同层塑料内膜的大棚温度调控模式应用广泛。通过对不同层塑料内膜覆盖的大棚小气候环境温度观测,分析了棚内外日最低气温的相关关系,建立了棚内小气候环境日最低气温的一元线性回归预测模型,应用气象台天气预报中的日最低气温预报开展了大棚小气候环境的日最低气温预报,根据预报结果和蔬菜冻害指标,确定大棚增温防冻需要加盖塑料内膜的层数,提出大棚蔬菜内膜覆盖方式的冻害防御对策,为设施农业提供安全生产保障依据。  相似文献   

房地产计税价格批量评估实证研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

耿继进  何素芳 《地理空间信息》2011,9(3):27-31

结合批量评估的技术思路,以深圳市二手住宅计税价格批量评估为例,构建了以长期趋势法,成本法为基本原理,结合地理信息技术(GIS)的批量评估模型,并提出研究结论与未来发展设想.  相似文献   

干旱区梨园不同覆盖条件下土壤环境因子综合性评价研究          下载免费PDF全文

曹刚  毕淑海  赵明新  曹素芳  王玮  牛济军  李红旭 《干旱区地理》2022,45(3):890-900

在干旱沿黄灌区开展不同覆盖材料配合滴灌的灌溉保墒方式下,进一步研究了不同覆盖方式对梨园全生育期的土壤理化性状和养分含量变化影响,分析了土壤温度、水分、pH等和矿质营养元素间的相互关系,对覆盖后的土壤质量进行了综合性评价。试验处理分为无覆盖对照（T1）、园艺地布覆盖（T2）、玉米秸秆覆盖（T3）和黑地膜覆盖（T4）4个处理;试验设计为随机区组设计,每个处理小区均为167株梨树（约占地667 m²）,重复3次;各小区土样分0~20 cm、20~40 cm、40~60 cm土层取样。结果表明：（1） 园艺地布和黑地膜覆盖处理有一定的增温效应,而玉米秸秆覆盖有较好的降温和稳温效应,且增墒效应明显,土壤含水率比其他3种处理显著提高了1.0%~2.7%。（2） 相较无覆盖处理,黑地膜覆盖可提升表层土壤pH,并加速表层土壤有机质的分解,有机质含量较无覆盖处理下降33.1%;玉米秸秆覆盖可显著降低各土层的土壤pH,降低范围为1.8%~4.6%,并促进0~20 cm土层有机质的提升,土壤有机质含量增加12.2%;园艺地布覆盖下0~40 cm土层内土壤有机质含量和全盐量均有降低。（3） 黑地膜覆盖下0~20 cm和20~40 cm土层的碱解氮含量分别为73.00 mg·g^-1和64.53 mg·g^-1,均显著地高于无覆盖处理,无覆盖条件下土壤碱解氮在深层（40~60 cm土层）积累较多,显著地高于玉米秸秆和黑地膜覆盖;各处理0~20 cm和20~40 cm土层速效磷含量差异显著,大小顺序均为T4>T3>T2>T1,玉米秸秆覆盖可提升土壤速效钾和速效铁的含量。（4） 进行主成分分析表明不同覆盖方式对梨园浅层土壤环境因子的影响要明显大于深层土壤,在0~40 cm土层内各覆盖处理效果均好于无覆盖处理,其中玉米秸秆覆盖在0~20 cm和20~40 cm土层综合得分分别为1.189和0.326,覆盖效果最佳。  相似文献   

南四湖湖内浅槽工程施工对水环境的影响及控制措施   总被引：1，自引：0，他引：1  

王茜  王素芳  彭波  邱红  战慧卿 《海洋湖沼通报》2007,(2):80-85

南四湖湖内工程是沂沭泗河洪水东调南下续建工程的单项工程,工程区位于山东省省级自然保护区内;挖泥船施工将对湖内水环境产生一定影响。本文从排泥场回水污染物、生产废水和生活污水三个方面阐述了工程施工对水环境的影响程度,并且提出了相应的控制措施。  相似文献   

试论会计信息的作用     

李素芳 《中国煤田地质》2004,16(5):67-68

立足会计信息在国民经济中的地位，分析了会计信息的作用，提出了会计信息质量是建立诚信社会的保障。  相似文献   

锡林郭勒盟冬季降水分布特征及成因分析     

迎春  郝艳霞  任素芳  韩峰林 《内蒙古气象》2011,(3):15-17

利用气候相似性原理,按照天气系统影响划分气候区,分析锡林郭勒盟冬季降水分布特征及其成因。冬季降水分布特点与其他季节有所不同,西南部和东部各有一大值区,其原因主要是受河套气旋(倒槽)和蒙古冷涡影响造成,山地小气候也起到重要作用。西部地区70年代降水最多,其他地区降水最多的时期是在90年代,2000年以来降水有所减少,异常偏多或偏少的年份多集中于某个时期,具有一定的周期性。  相似文献   

真蛸HSP70、HSF和HSBP基因克隆、序列分析及热应激下表达分析     

洪婧妮  毛勇  牛素芳  孙田田  苏永全 《海洋学报(英文版)》2015,34(8):62-72

  相似文献   

DNA barcoding of the family Sparidae along the coast of China and revelation of potential cryptic diversity in the Indo- West Pacific oceans based on COI and 16S rRNA genes     

吴仁协  张浩冉  刘静  牛素芳  肖瑶  陈咏霞 《中国海洋湖沼学报》2018,36(5):1753-1770

Journal of Oceanology and Limnology - Sparids are of considerable economic importance in marine fishery and aquaculture in China, and the species diversity of this group is considered relatively...  相似文献   

石斑鱼转录因子NR1D1和NR1D2在冷胁迫中的调控作用          下载免费PDF全文

苗奔奔  林楚  曹文科  梁燕珊  吴仁协  牛素芳  梁镇邦 《应用海洋学学报》2024,43(1):147-159

NR1D1和NR1D2转录因子属于核受体转录因子家族，二者通过调控靶基因表达参与众多生物学过程，尤其在昼夜节律调节中发挥重要作用。本研究通过分析NR1D1和NR1D2的蛋白质分子特征以及在冷胁迫下珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus ♀ × Epinephelus lanceolatus ♂)的基因调控关系以及它们所参与的通路，揭示它们在鱼类低温环境中的功能作用。生物信息学比较分析显示〖STBX〗NR1D1和NR1D2〖ST〗基因序列均有23个开放阅读框，编码的蛋白质均属于不稳定的亲水性蛋白质。NR1D1和NR1D2蛋白质均含有ZF C4类锌脂蛋白结构域和Hormone_Recep核激素受体的配体结合域，主要配体为含铁原卟啉IX。这两种蛋白主要在细胞核中发挥调控基因表达的作用，且与昼夜节律通路的多个关键基因有直接作用关系。结果表明，在冷胁迫下NR1D1和NR1D2作为转录因子可通过调控靶基因的表达，参与昼夜节律调节并促进糖脂代谢、线粒体氧化等过程，为珍珠龙胆石斑鱼提供必要的能量，有助于增强其耐寒性。  相似文献