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Population structure of Haliotis rubra from South Australia inferred from nuclear and mtDNA analyses 总被引：1，自引：0，他引：1
1Introduction ThemajorityofAustralia’sabalonefisheryex ports(5.135kt,worth＄216millionin2002～2003,ABARE2004)consistofblacklipabalone(HaliotisrubraLeach,1814).AssuchH.rubrais consideredasanimportantmarineresourcewithin Australia.Likemanyabalonespecieswor… 相似文献
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六个青蟹群体的线粒体16S rRNA和COI基因部分序列差异 总被引：6，自引：1，他引：5
对从广东阳江,广东吴川,广东珠海,福建东山,海南海口,海南三亚等六地区采集的六个青蟹群体进行分子遗传差异的研究。针对16S rRNA和COI序列进行群体间比对,聚类分析以及单倍型研究,其中各群体16S rRNA和COI序列相似度分别为99.69%,98.99%,平均遗传距离为0.033和0.018。聚类分析将全部个体的16S rRNA与Scylla paramamosain归为一类,将COI序列全部混杂,无按地理位置聚类现象。单倍型研究共发现33种单倍型,其中三亚群体单倍型分布最散,且在最为集中的A型中无三亚样本。研究结果表明东山等六地青蟹群体分子遗传背景基本相似。 相似文献
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3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究 总被引：15，自引：0，他引：15
对3种蛏类大竹蛏（Solen grandis），长竹蛏（Solen strictus）和小刀蛏（Cultellus attenuatus）的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究。得到的序列总长度分别为472-481bp（16S）和658bp（COI）。3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例（16SrRNA基因62．1％；COI基因62．8％）。对位排序比较表明，16SrRNA片段种内个体间变异较小，3种类间存在128个碱基变异位点（其中包括127个简约信息位点）和5个插入／缺失位点，总共12个碱基长；COI片段有200个碱基存在变异，其中包括191个简约信息位点，不存在任何插入／缺失位点。数据分析结果表明16SrRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0．0856和0．1712，两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0．3054，0．2798和0．2662，0．2933。作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平，结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点。3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在种间明显的多态性，证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析。 相似文献
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甲壳类生长相关基因研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
甲壳类动物是需要蜕皮才能生长的一类特殊生物,因而其生长相关基因及其调控机制具有一定的特殊性,这些基因主要涉及到蜕皮相关基因和肌肉生长相关基因。蜕皮相关基因主要有蜕皮抑制激素(MIH)基因、高血糖激素(CHH)基因、蜕皮激素受体(EcR)基因、维甲酸-X-受体(RXR)基因和E75基因等;肌肉生长相关基因主要有肌动蛋白(actin)基因、肌肉生长抑制激素(MSTN/GDF11)基因和p38基因等。本文对这些基因的功能及其调控机制的最新研究进展进行了综述,并提出了未来有待加强的几个研究方向,以期为展开甲壳类生长相关基因更深入的研究提供指导帮助。 相似文献
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鳗鲡目鱼类线粒体基因组的基因组成较为保守,在58个线粒体基因组中,仅有3个物种存在基因数量的差异。在19个鳗鲡目鱼类线粒体基因组中存在主编码基因的重排。主编码基因的变异位点分析结果支持nad5、nad4和nad2基因作为cox1和lrRNA基因辅助的分子标记。鳗鲡科Anguillidae的20个种(亚种)聚在一起,强烈支持鳗鲡科为单系群(BPP=100)。鳗鲡科下属的3个类群(大洋洲类群、大西洋类群和印度洋-太平洋类群)也同时得到有力的验证(BPP均为100)。线鳗科Nemichthyidae和锯齿鳗科Serrivomeridae亲缘关系最近,二者聚类后,与鳗鲡科Anguillidae构成姊妹群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目Saccopharyngoidei中,宽咽鱼科Eurypharyngidae与囊鳃鳗科Saccopharyngidae聚类(BPP=100),同时,单颌鳗科Monognathidae与月尾鳗科Cyematidae聚类(BPP=100),4个科聚在一支,支持囊喉鱼亚目为单系群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目线粒体基因组中,3个物种(吞鳗Eurypharynx pelecanoides、拉文囊鳃鳗Saccopharynx lavenbergi和杰氏单颌鳗Monognathus jesperseni)存在主编码基因的重排。16种鳗鲡(细美体鳗Ariosoma shiroanago、短吻颈鳗Derichthys serpentinus、凯氏短尾康吉鳗Coloconger cadenati、鸭颈鳗Nessorhamphus ingolfianus、龟草鳗Thalassenchelys sp.、粗犁齿海鳗Cynoponticus ferox、百吉海鳗Muraenesox bagio、巨斑花蛇鳗Myrichthys maculosus、大吻沙蛇鳗Ophisurus macrorhynchos、几内亚副康吉鳗Paraconger notialis、哈氏异康吉鳗Heteroconger hassi、小头鸭嘴鳗Nettastoma parviceps、弱头鳗Leptocephalus sp.、斑点长犁齿鳗Hoplunnis punctata、尖吻小鸭嘴鳗Facciolella oxyrhyncha和星康吉鳗Conger myriaster),与鳗鲡目线粒体主编码基因的原始排列相比,共享nad6基因的易位。同时,基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因构建的系统演化树,强烈支持这16个物种聚为一支(BPP=100)。然而,由此而带来的海鳗科Muraenesocidae、拟鯙科Chlopsidae和糯鳗科Congridae是否为单系群的问题,值得今后深入探究。 相似文献
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三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)生殖发育研究相对较少,相关基因信息缺乏。本文以三角帆蚌卵巢和精巢为研究对象,对转录组测序获得的叉头蛋白2(foxl2)基因和性别决定框14(sox14)基因保守区进行克隆和表达分析。定量PCR显示foxl2主要在卵巢中表达,而sox14主要在精巢中表达。在不同发育时期,foxl2和sox14在受精卵和卵裂期基本不表达,从原肠期开始表达,钩介幼虫期表达量比较高。原位杂交染色证明foxl2基因主要表达在卵巢的间质细胞和颗粒细胞中,sox14在精巢的间质细胞和一些精原细胞中表达。三角帆蚌foxl2的表达和脊椎动物有类似的模式,foxl2可能在河蚌卵巢发育中起到重要作用,可以作为卵巢的一个标志分子;Sox14可能对精巢发育和功能维持有重要作用,可以作为精巢的一个标记分子。Foxl2和sox14在胚胎发育中也会发挥一定的功能。本文结果丰富了河蚌的基因资源,可为三角帆蚌的生殖与发育生物学研究提供基础数据。 相似文献
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利用线粒体COX和叶绿体rbcL基因片段对我国东南沿海坛紫菜(Pyropia haitanensis Chang et Zheng)9个野生群体和2个养殖群体(共125个个体)进行遗传多样性分析。比对分析后得到408 bp的COX基因片断和488 bp的rbcL基因片断。联合分析的基因片断长度为896 bp,其中T、C、A、G的含量分别为34.9%、14.6%、34.2%和16.3%。检测到变异位点128个,其中单碱基变异位点19个,简约信息位点109个。群体的平均核苷酸多样性为0.035 9±0.028 4,单倍型多样性为0.817 0±0.024 0。125个个体共定义了31个单倍型,其中Hap1、Hap10和Hap16是核心单倍型,分别占全部样本的32.8%、12.8%和24.8%。群体遗传距离和地理距离相关性检测显示二者呈线性相关(R2=0.002 2,p=0.735 4),即遗传距离随地理距离的增大而增大,但未形成地理隔离。根据单倍型构建的ML树显示,坛紫菜群体之间没有明显的地理谱系结构,表明各个群体之间存在基因交流。 相似文献
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棕囊藻渤海株核糖体18S rDNA和ITS基因结构序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648 bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列.对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中登录的球形棕囊藻的相应序列同源性最高;从GenBank中获取不同地理来源的19种棕囊藻的18S rDNA序列及6种棕囊藻的ITS序列,分别以棕囊藻核糖体18S rDNA和ITS为对象构建了棕囊藻属的系统发育树,从分子生物学角度确定了棕囊藻渤海株为球形棕囊藻(Phaeocystis globosa). 相似文献
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以中华鳖4个种群80个个体(太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和"清溪乌鳖"种群)肌肉基因组DNA为模板,利用已知酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列.扩增所得的696bp序列中共有13个多态性核苷酸位点.中华鳖体色变异种群的3个个体均在第186核苷酸位点出现相同的变异.以此设计酶切位点,选用SmaI内切酶进行RFLP,结果显示80个中华鳖个体的TYR基因存在多态性.AA型基因除在中华鳖体色变异种群内未发现外,其余三个种群内的频率大小顺序为日本品系种群(60%)＞台湾引进种群(30%)＞太湖种群(20%),以省外品种为丰富;AB基因型频率大小顺序为"清溪乌鳖"种群(70%)＞台湾引进种群(50%)＞太湖种群(40%)＞日本品系种群(30%). 相似文献
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The study aims to reveal phylogenetic and evolutionary relationship between aerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AAnPB) and their relatives, anaerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AnAnPB) and nonphototrophic bacteria (NPB, which had high homology of 16S rDNA gene with AAnPB and fell into the same genus), and validate reliability and usefulness of farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) gene for the phylogenetic determination. FPPS genes with our modified primers and 16S rDNA genes with general primers, were amplified and sequenced or retrieved from GenBank database. In contrast to 16S rDNA gene phylogenetic tree, AAnPB were grouped into two clusters and one branch alone with no intermingling with NPB and AnAnPB in the tree constructed on FPPS. One branch of AAnPB, in both trees, was located closer to outgroup species than AnAnPB, which implicated that some AAnPB would be diverged earlier in FPPS evolutionary history than AnAnPB and NPB. Some AAnPB and NPB were closer located in both trees and this suggested that they were the closer relatives than AnAnPB. Combination codon usage in FPPS with phylogenetic analysis, the results indicates that FPPS gene and 16S rRNA gene have similar evolutionary pattern but the former seems to be more reliable and useful in determining the phylogenic and evolutionary relationship between AAnPB and their relatives. This is the first attempt to use a molecular marker beside 16S rRNA gene for studying the phylogeny of AAnPB, and the study may also be helpful in understanding the evolutionary relationship among phototrophic microbes and the trends of photosynthetic genes transfer. 相似文献
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采用组织切片技术和RT-PCR技术研究了海藻酸钠微球和壳聚糖微球作为缓释激素载体在临床上对金鱼基础生物学指标以及CYP19A、GH基因mRNA表达的影响,以检测两种缓释激素载体对鱼类生殖和生长的影响。研究结果表明:缓释材料埋植0、7、14、30、48d后,雌性和雄性金鱼处理组与对照组(埋植0.7%生理盐水组)比较,海藻酸钠微球埋植组和壳聚糖微球埋植组在基础生物学方面没有出现显著性差异;不同处理组中实验鱼性腺组织切片卵巢和精巢的发育均处于同一时期(按照Мейен分期原则);海藻酸钠微球埋植组和壳聚糖微球埋植组中,各次采样组的CYP19A基因表达均没有出现明显性差异;海藻酸钠微球埋植组GH基因各次取样时间均未出现显著性差异,雌性金鱼壳聚糖微粒埋植组GH基因的表达在0、7、14、30采样后显著上升(P<0.05),埋植48d差异消失,雄性金鱼壳聚糖埋植组未出现明显差异。综合显示:作为缓释载体,海藻酸钠微球在临床上的性能较壳聚糖微球更为稳定,而壳聚糖微球对雌性金鱼的GH基因mRNA表达的促进作用更为明显。 相似文献
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对采自莱州湾和胶州湾的日本蟳野生群体的线粒体16S rRNA和COI基因片段进行了PCR扩增和测序,分别得到长度为519和658 bp的碱基序列.研究结果显示这2个基因片段在种内的变异都较低,对2个基因同源序列分析表明,在线粒体16SrRNA基因片段中共检测到7个变异位点(包括6个单一变异位点,1个简约信息位点)和7种单倍型;在COI基因中共检测到8个变异位点(包括6个单一变异位点,2个简约信息位点)和7种单倍型.通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了两群体间的序列差异和遗传多样性水平.结果显示2个日本蟳野生群体的遗传多样性比较丰富.用MEGA4.0软件构建了NJ和UPMGA系统树,基于16SrRNA基因片段的系统树显示梭子蟹科的4个属聚为两大支:日本蝇不同的单倍型先聚在一起,然后与青蟹属的3种蟹聚为一支;梭子蟹属的三疣梭子蟹、远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚在一起;再与美青蟹属的美洲蓝蟹、巴西蓝蟹等聚为一支.基于COI基因显示日本蟳不同的单倍型先聚在一起,再与其他3种蟳聚为一支;梭子蟹属的远海梭子蟹和三疣梭子蟹相聚,然后与美青蟹属的2种蟹相聚为一支.该结果与传统分类一致.这些数据为我国日本蟳的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据. 相似文献
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对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。 相似文献