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1.
紫红笛鲷遗传多样性的AFLP分析 总被引：21，自引：1，他引：21
针对广东、海南省4个不同地方(阳江、湛江、榆林、琼海)网箱养殖的紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)群体和在三亚采集的野生紫红笛鲷群体,利用AFLP分子标记技术分析我国南方养殖的紫红笛鲷的遗传多态性。最适合的AFLP引物组合是E AGC／M CAA,扩增出的AFLP特征位点为107,养殖样品扩增出的AFLP的带数在5474之间,野生样品扩增出的AFLP的带数为63,4个养殖点紫红笛鲷的多态性标记百分率都超过了40．00％,呈现一定程度的遗传多样性。总的来讲,4个养殖地的紫红笛鲷群体之间的遗传距离差异较小,但与野生群体的遗传距离相对较大,UPGMA聚类分析明显将养殖群体与野生群体分开,表明紫红笛鲷养殖群体已经与野生群体存在一定程度的遗传隔阂。 相似文献
2.
青岛裙带菜孢子体野生种群遗传多样性的AFLP分析 总被引：2，自引：1，他引：1
采用优化的基因组总DNA提取方法,按照经典的AFLP分析路线,对30株青岛近海野生裙带菜(Undaria pinnatifida)孢子体种群内遗传多样性进行了AFLP分析.利用1对引物扩增出38条清晰可重复的带,其中32条呈现多态性,多态位点比例为84.21%,根据引物扩增的指纹图谱,计算出的种群内部平均观测等位基因数(Na)为1.8421、平均有效等位基因数(Ne)为1.375 4、平均基因多样性指数,即Nei's基因多样性指数(H)为0.235 1,Shannon's 多样性信息指数(I)为0.368 4.该种群内遗传距离的分布范围从0.026 7～0.804 4,结果显示,野生种群内个体间各项遗传指数水平均较高,种群内遗传变异丰富.聚类分析表明,在遗传距离为0.21的阈值处,30个个体划分为2大类群,推测青岛野生裙带菜进化上在遗传距离为0.21时发生第一次分化. 相似文献
3.
基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类紫贻贝3个养殖群体(烟台、乳山、东极)的遗传多样性和遗传结构进行了研究。由PCR扩增获得32个体的COⅢ基因750bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,32个个体共检出18个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.946,核苷酸多样性指数(Pi)为0.0207,平均核苷酸差异数(K)为15.316,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数(Fst)表明,东极群体与烟台群体及乳山群体已明显分化,而烟台群体和乳山群体间无遗传分化,并且存在着较大的基因流。 相似文献
4.
利用扩增片段长度多态性技术(AFLP)分析了13个条斑紫菜品系,在80对引物中,有11对能得到重复性好的多态性扩增条带,共扩增出619条谱带,每对引物扩增带数为40—77条,并且各对引物扩增结果均显示样品间存在差异。共得到609条多态性条带,多态位点的比例高达98.38%。根据AFLP图谱计算了不同样品间的遗传距离(GD)和相似性系数(GS)。聚类结果显示,品系海安与二室间的遗传相似系数较高而聚合在一起,不同样品间的相似性系数介于0.595—0.845之间。结果表明,条斑紫菜的遗传多样性极为丰富,而部分材料间的遗传距离有随地理间距增大而逐渐增大的趋势。聚类分析结果反映了目前条斑紫菜养殖品种间存在着相互混杂。 相似文献
5.
利用AFLP技术对舟山近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)野生和放流群体的遗传多样性进行比较分析,旨在为条石鲷的人工增殖及其种质资源的保护和利用提供遗传学的基础资料.采用8对引物组合在2个群体中共扩增得到位点316个,多态性位点为162个,多态性比例为51.67％.野生群体和放流群体的多态性位点比例(P),Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's多样性指数(I)分别为46.75％和44.67％,0.097和0.089,0.16和0.15.野生群体的遗传多样性水平略高于放流群体,但差异并不显著(P＞0.05).两群体间的遗传相似系数(S)和遗传距离(D)分别为0.99和0.0073;基因分化系数(Gst)为0.036,群体间无显著遗传分化(P＞0.05).分子方差(AMOVA)分析表明96.82％的遗传变异来源于群体内的个体间,群体间无显著的遗传差异(P＞0.05).以上研究结果表明条石鲷的放流群体与野生群体间无明显的遗传分化,放流群体的遗传多样性水平尚处于一个合理状态.但为了避免放流群体对野生群体产生负面的遗传效应,应当增加放流群体繁育亲本的数量,并对放流群体的遗传变异水平进行持续监测. 相似文献
6.
《热带海洋学报》2016,(3)
选取10对高多态性、非遗传连锁的微卫星引物对分布于广东和福建南部海区若干葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)养殖群体和野生群体种群进行遗传变异分析。3个养殖群体分别采样于福建漳浦(zp1)、广东饶平(zp2)和广东惠州大亚湾(zp4),一个野生群体采样于福建漳浦(zp3)。结果表明无论养殖群体还是野生群体,其种群遗传多样性均较高:3个葡萄牙牡蛎养殖群体期望杂合度为0.769~0.857,野生群体期望杂合度为0.878;3个养殖群体的观测杂合度为0.410~0.518,野生群体为0.641;3个养殖群体基因多样性为0.769~0.820,野生群体为0.878,表明尚未存在种质衰退问题。4个群体间出现显著分化,表明这几个群体间基因交流有限。养殖群体的遗传多样性低于野生群体,提醒要提防葡萄牙牡蛎资源的种质衰退。 相似文献
7.
同工酶技术已经被广泛应用于虾类群体遗传学及标记辅助选择育种等研究方面.同工酶电泳显示对虾有相应的亚群差异,暖水性虾类的遗传多样性水平高于冷温性种类;连续分布的且在不同生活史阶段所处的栖息地环境变化幅度大的种类往往表现出较低的遗传多态性,虾类群体的多态位点比例和杂合度都较低,养殖群体比野生群体更低.但同工酶电泳技术往往检测不出一些"隐性"或"中性"变异而低估了遗传多样性水平.随着分子生物学技术的发展,从20世纪90年代开始,虾类遗传多样性的研究逐渐向线粒体DNA和核DNA的多态性方向发展.限制性片断长度多态性(RFLP)在虾类线粒体多倍型、物种标记以及比较野生和养殖群体线粒体COI 基因的多态性比较等方面应用普遍.随机扩增多态性(RAPD)技术主要应用于虾类不同地理群体遗传多态性调查,养殖群体与野生群体之间、养殖群体世代之间的遗传多态性比较,该技术得到的虾类遗传多样性水平高于同工酶电泳技术.扩增片断长度多态性(AFLP)技术在虾类中主要应用于遗传连锁图谱的构建,有关虾类的AFLP遗传多样性分析的报道不多.利用AFLP技术对连续选育群体的遗传多样性研究显示,随着选育世代的增加,选育群体的遗传多样性呈现下降趋势,但随着选育时间的延长,群体之间的分化逐渐降低,群体的遗传结构开始趋于稳定,成为一个品系.单一重复序列(SSR)技术主要用于标记种群遗传特异性、不同地理群体间以及野生和养殖群体间的遗传多样性差异.DNA序列分析技术特别是线粒体序列分析技术近年来在虾类遗传多样性研究中的应用逐渐增多.mtDNACOI、mtDNA12S rRNA和mtDNA16S rRNA的基因序列差异被应用于形态相近物种的鉴别、亚属分类、确定个体间亲缘关系和野生与养殖群体间的遗传多样性差异等.为了实现对虾类种群遗传差异的更深入了解,人们把种群遗传结构的研究和系统地理学相结合,即用分子系统地理学的方法来研究遗传谱系空间分布的历史特征,通过种群遗传结构的分析来探讨种内系统地理格局的形成机制、系统发育关系以及现有分布特征,并结合种群的地理分布状况来发现和验证与其相关的地质事件,追溯和揭示种群的进化历程.从育种、养殖以及资源保护的角度出发,人们开始研究野生群体的种质基因库,希望根据群体遗传结构确定合理的增殖策略,制定科学的保护措施,确保虾类养殖业的持续发展. 相似文献
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基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类厚壳贻贝3个养殖群体(温州、宁德、福州)的遗传多样性和遗传结构进行了分析。由PCR扩增获得23个体的COⅢ基因787bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,23个个体共检出21个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.978,核苷酸多样性指数(Pi)为0.01045,平均核苷酸差异数(K)为8.534,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数(Fst)表明,福州群体与宁德群体和温州群体间有一定程度的遗传分化,而宁德群体和温州群体间无遗传分化。 相似文献
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采用AFLP技术方法,对福建二个野生及二个养殖大黄鱼群体进行了遗传多样性的研究.实验采用7对引物组合,在四个群体的120个个体中共扩增出472个位点,其中多态位点为220个,多态位点比例为46.61%.结果表明,大黄鱼养殖群体的遗传多样性降低:宁德野生群体和湄州野生群体多态位点比例分别为42.42%和45.14%,Nei遗传多样性指数分别为0.1046和0.1245,shannon多样性指数分别为0.1659和0.1942,平均有效等位基因数(Ne)分别为1.4153和1.4428;宁德养殖群体和连江养殖群体多态位点比例分别为40.83%和40.53%,Nei遗传多样性指数分别为0.1027和0.1039,shannon多样性指数分别为0.1615和0.1633,平均有效等位基因数(Ne)分别为1.3919和1.3856.四个群体间遗传距离为0.0359-0.1465,平均为0.079,群体间基因流为1.0808. 相似文献
11.
牙鲆野生群体与养殖群体的遗传多样性分析 总被引：33，自引：2，他引：33
利用AFLP技术对荣成野生群体和养殖群体牙鲆进行遗传多样性分析和比较。实验采用 7对引物组合在 2个群体中共扩增出 797个位点 ,其中多态位点数为 43 3个 ,占总位点数的 5 4.2 7%。各引物组合在 2个群体中的扩增位点数目和多态位点比例有较大不同 ,但养殖群体的总扩增位点数和多态位点比例均低于野生群体 ,野生群体和养殖群体的平均多态位点率分别为 46.18%和 40 .0 7% ,其中 ,E3 8M 5 0引物组合在两群体中扩增的多态位点比例差异显著 (P <0 .0 5 )。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。群体遗传结构分析表明 ,两群体间的遗传距离比较小 ,群体遗传结构相似 ,说明养殖群体尚没有形成自己独立的遗传结构。 相似文献
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“黄海1号”中国对虾不同世代间的AFLP分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用AFLP技术对中国对虾野生群体和第9、10代选育群体的遗传多样性及遗传分化进行分析,计算了3个群体间的遗传多态度、遗传距离及分化系数.结果显示,5对引物共产生了137条带,其中多态性条带有63条,平均每对引物检测到 12.6条多态性条带.3个群体的多态位点比例分别为45.99%、40.57%和41.02%;Shannon 多样性指数分别为0.181 8,0.180 7和0.177 4;野生群体与选育群体之间的遗传距离及分化都比较大,但选育群体之间的遗传距离和分化都很小分别为0.003 1和0.020 6.结果表明,选育群体相较于野生群体多态位点比例和遗传多态度均有所下降,随着选育时间的延长,相邻世代群体间遗传距离和分化也均有所下降,出现趋同现象,显示出"黄海1号"新品种具有遗传上的稳定性. 相似文献
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Assessing genetic diversity of wild populations of Japanese flounderusing AFLP markers 总被引：8，自引：1，他引：8
XU Xiaofei ZHANG Quanqi WANG Zhigang QI Jie ZHANG Zhifeng BAO Zhenmin Heisuke Nakagawa 《海洋学报(英文版)》2006,25(3):82-89
1IntroductionThe Japanese flounder,Paralichthys olivaceus,is one of the most important commercial marine flat-fish that inhabits the coastal waters of China,Japanand Korea.(Tanaka et al.,1989;Masuda andTsukamoto,1998).However,because of overfis-hing durin… 相似文献
14.
斜带髭鲷野生与养殖群体遗传结构的ISSR分析 总被引：11，自引：0，他引：11
采用ISSR分子标记技术,对斜带髭鲷3个群体(柘林湾人工繁育群体、厦门湾人工繁育群体和厦门近海捕捞野生群体)的遗传多样性水平和群体遗传结构进行了研究.筛选出17个ISSR引物对3个群体共54个样品进行扩增,共得到145个清晰的扩增位点,其中多态性位点80个,多态位点百分率为55.17%.Popgene分析结果表明:厦门野生群体的遗传多样性水平最高(PPB=51.72%,h=0.182 6,I=0.271 9),略高于其他2个人工繁育群体的遗传多样性水平.群体间的Nei's遗传分化系数和基因流分别为:0.087 6和5.209 8.表明斜带髭鲷3个群体的遗传分化尚未达到种群的分化水平.本文通过对斜带髭鲷野生群体及人工繁育群体遗传结构和遗传多样性水平的研究,为其种质资源的科学管理提供理论依据. 相似文献
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采用10,20,30,40,50,60,70,80共8个样本量梯度,随机选择并逐步增加AFIP引物组合,研究了AFLP标记数量及样本量对中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)群体遗传学指标的影响。结果表明:基因多样性指数(H)、Shannon氏指数(I)和多态位点比例(PP)3个遗传学指标对样本量的敏感程度不同,PP指标受样本量影响较大,样本量≥50个时方稳定,H指标在样本量≥30时稳定下来,而I指标在样本量≥20时即不再出现显著差异。共采用6对A FIP引物对80只海胆进行群体遗传学研究。通过每1对、每2对、每3对、每4对、每5对引物组合分别计算各遗传学指标,发现前二者所得各值之间以及其与对照值(6对引物所得值)之间存在显著差异,而每三对引物组合计算的各指标间不存在显著差异。据此推测,对中间球海胆进行AFLP标记研究中,样本数量最好不少于50个;而若样本量足够大(80个个体),则至少需要3对AFLP引物(或不少于100个标记),方能对海胆群体进行准确的遗传学评价。 相似文献
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应用AFLP标记技术对我国北方近海短蛸的遗传多样性进行分析。采用6对AFLP引物组合对4个群体(大连、烟台、青岛、连云港)120个个体进行扩增,其中每对引物扩增位点数在42—66之间,共得到303个扩增位点。4个群体内的多态位点比例为62.03%—67.93%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2353—0.2617,Shannon多样性指数(I)为0.3497—0.3863,群体间的遗传距离为0.0497—0.085;大连群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体Nei’s基因多样性指数均高于其它三个群体。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,大连群体与烟台群体聚到一起,青岛群体与连云港群体聚到一起,显示群体间具有典型的地理特征,但群体间存在遗传渗透。分子变异分析(AMOVA)结果表明,短蛸群体88.28%的变异来源于群体内,群体间的变异占11.72%,显示短蛸的遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已经有了一定程度的遗传分化。 相似文献
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应用ISSR分子标记技术分析二种体色拟穴青蟹群体的遗传多样性．10条ISSR引物共扩增出81条带,其中73条表现出多态性,占总条带数的90．12％．暗红色和深绿色拟穴青蟹群体的多态性位点比率分别为81．48％和77．78％,暗红色群体的Nei’S基因多样性指数（He=0．3189）和Shannon’S信息指数（,=0．4690）略高于深绿色群体（He：0．3054,,=0．4491）．群体间的Nei’S遗传相似性（0．9484）和遗传距离（0．0529）表明,群体间遗传分化属于种内遗传分化．POPGENE和AMOVA分析表明,总的遗传变异主要来源于群体内个体间,群体间发生中等程度遗传分化,群体间存在强大的基因流．UPGMA聚类图可视化群体间和群体内的遗传变异,显示60个个体并没有按体色聚类． 相似文献
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皱纹盘鲍野生与养殖群体遗传多样性的研究 总被引：12，自引：0，他引：12
用随机扩增多态DNA（RAPD）技术,对山东长岛（CW）、辽宁大连（DW）两个野生群体和山东崆峒岛（KC）一个养殖群体的皱纹盘鲍遗传多样性进行了分析.结果表明,CW和DW群体间的遗传距离为0.170 3,CW和KC群体间的遗传距离为0.367 3,DW和KC群体间的遗传距离为0.347 7,显示野生群体与养殖群体之间的亲缘关系已发生了变化.CW,DW和KC三个群体的多态位点比例分别为49.22%、50.78%和43.75%;平均杂合度分别为0.350 6,0.340 8和0.307 9.与野生群体相比,养殖群体的多态位点比例和杂合度都有不同程度的降低. 相似文献