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1.
利用PCR扩增、克隆和测序的方法对青岛市红岛虾池生长的缘管浒苔(Enteromorpha linza)的5.8S rD-NA及其转录间隔区ITS序列进行了分析,并依据ITS序列构建了浒苔属不同种之间的进化树。结果表明,获得了核糖体DNA完整的ITS和5.8S rDNA序列,ITS1为195 bp,5.8S rDNA为155 bp,ITS2为184 bp,总长度GC含量为63%。缘管浒苔与浒苔和曲浒苔的序列差异百分率较小,分别为2.4%和4.6%,与(U.olivascens)的序列差异百分率最大,为16.7%。Kimura-2参数遗传距离结果表明缘管浒苔和浒苔的遗传进化关系较近。 相似文献
2.
棕囊藻渤海株核糖体18S rDNA和ITS基因结构序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648 bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列.对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中登录的球形棕囊藻的相应序列同源性最高;从GenBank中获取不同地理来源的19种棕囊藻的18S rDNA序列及6种棕囊藻的ITS序列,分别以棕囊藻核糖体18S rDNA和ITS为对象构建了棕囊藻属的系统发育树,从分子生物学角度确定了棕囊藻渤海株为球形棕囊藻(Phaeocystis globosa). 相似文献
3.
利用ITS-5.8S rDNA序列对2株海洋亚历山大藻进行的分子鉴定 总被引：4，自引：0，他引：4
扩增2株分离自青岛胶州湾、从形态上初步确定为亚历山大藻属(Alexandrium sp. qd2, Alexandrium sp. qd3)的5.8S 核糖体基因(5.8S rDNA), 转录单元内间隔区(Internal Transcribed Spacer, ITS) 序列、部分18S rDNA和28S rDNA序列.通过blastn比对、系统进化树以及遗传距离分析将A.sp.qd2和A.sp.qd3鉴定为A.catenella,且属于A.catenella 的不同株型. 相似文献
4.
以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,ITS-2序列为181bp,该序列与浒苔属的多种物种ITS序列具有很高的同源性,在ITS-1区、5.8SrDNA区和ITS-2区仅存在4个转换/颠换位点。结合GenBank注册序列和本研究的结果发现,单纯依靠ITS序列并不能对浒苔属种类进行有效的分类鉴定。 相似文献
5.
由于广泛的形态可塑性,导致刚毛藻属物种的分类仍存在不确定性。作为分布较广的物种之一,细弱刚毛藻已报道了许多变异类型,这为对其鉴定造成了困难。针对这个问题,本研究通过采集于黄海西部相似于细弱刚毛藻的9个样品,分析了它们的形态多样性。一些样品具有明显的可变鉴定特征,难于利用形态分类准确鉴定。因此,采用18S rDNA和 ITS序列对它们进行了分子鉴定。其中,样品的18S rDNA序列相似度为99.6%-100%,而ITS的为98.7% -100%。分子数据强烈地支持了形态可变的样品可准确定位为细弱刚毛藻。通过对样品分类特征的比较分析发现,作为分类标准的分枝方式和密度、藻体颜色、藻体高度和质地受环境影响和藻体成熟度而发生较大变化。此外,作为相对稳定的特征,细胞大小在种内水平上也常发生变化。18S rDNA和ITS序列在本种鉴定上的成功应用,表明以DNA条形码为基础的基因序列分析可作为传统形态分类学强有力的辅助方法。 相似文献
6.
利用rDNA和ITS序列对1株裸甲藻的初步鉴定 总被引：5，自引：1，他引：5
测定了 1株分离自青岛胶州湾海水样品、从形态上初步确定为裸甲藻属 (Gymnodiniumsp,编号为 GYN- 1 5)的核糖体基因 (r DNA)和转录单元内间隔区 (Internal Transcribed Spacer,ITS)序列 ,并利用该序列对该藻进行了初步鉴定。测定的序列长 2 658bp,涵盖了小亚基 (smallsubunit,SSU) r DNA基因 3'端 1 747bp,ITS1 - 5.8S r DNA- ITS2全长和大亚基 (large subunit,LSU) r DNA基因 5'端 337bp。同源性分析该序列发现 GYN- 1 5与共生甲藻属 (Symbiodinium)中的 2个种 (Symbiodinium californium和 Gymnodinium varians)的对应序列具有很高的相似性 ;3株藻的各段 r DNA和 ITS序列的相似性均为 99%以上 ;以 SSU r DNA序列中的 3个可变区 (V1 V2 V3)和邻接法构建的系统树表明 ,GYN- 1 5与 S.californium和 G.varians构成 1个独立的新的子类群 ,该子类群属于共生甲藻属 ,而与各种裸甲藻的亲缘关系较远。根据这些结果可将GYN- 1 5初步鉴定为属于共生甲藻属。鉴于 GYN- 1 5和其它 2个种所构成的分支明显与 5个已知的子类群 (A,B,C,D,E)不同 ,因此将该分支命名为子类群 F。 相似文献
7.
应用分子系统发育学的方法,以蟹类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对10种蟹类的分类地位进行探讨.实验共获得10条18S rDNA序列,长度为1 780～1 787 bp,其中A、T、G、C平均含量分别为23.72％,24.58％,24.52％和27.17％;通过序列对比,发现18S rDNA序列相对保守,只含有1个从88 bp到130 bp约50 bp的高可变区;物种间碱基距离比较小,从0.001到0.017.18S rDNA系统发育树为方蟹总科、沙蟹总科和梭子蟹总科起源于同一海洋蟹类祖先提供了分子生物学证据,并且支持将厚蟹属从相手蟹科移至弓蟹科.获得的5条CO Ⅰ基因序列,长度均为709 bp,A、T、G、C平均含量分别为26.88％,37.62％,17.50％和18.00％;COⅠ基因片段变异性高,物种间碱基距离从0.016到0.138.CO Ⅰ基因系统发育树真实地反映了归蟳属各物种之间的进化关系,和传统分类非常吻合,为形态特征相似的蟳类鉴定提供了一种快速准确的方法. 相似文献
8.
生物学研究及种类鉴定是绿潮研究的热点和难点之一.本文系统阐述了石莼科绿藻常见种类的生物学特征,探讨了系统分类研究难点,并利用ITS、rbcL等基因序列以及质体蓝素氨基酸序列进一步研究分析了石莼科10种绿藻的序列结构特征和分子系统学关系.研究显示,石莼科浒苔属和石莼属绿藻rbcL和ITS序列差异未体现出属间分化的差异,根据rbeL序列和ITS序列分别构建的系统进化树中,石莼和孔石莼、肠浒苔、扁浒苔都聚类到同一进化枝上,而裂片石莼和网石莼、浒苔和缘管浒苔聚类到另一进化枝上,这显示出在分子进化水平上较为一致的结果,为浒苔属和石莼属系统分类深入研究提供一定的证据;根据质体蓝素所构建的系统进化树中,阿氏石莼和孔石莼在NCBI上发表的质体蓝素氨基酸序列在第1进化枝中,浒苔的质体蓝素氨基酸序列在第2进化枝中.但在第1进化枝中,孔石莼的3个质体蓝素氨基酸序列没有完全分布在同一个分支上. 相似文献
9.
采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S r DNA序列完全一致。白色霞水母样品的ITS-5.8S r DNA序列与Gen Bank中未知真核生物的序列高度相似(≥99%),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品。霞水母属不同种间18S r DNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个。基于18S r DNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284。基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定。NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合。研究表明,ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究。 相似文献
10.
为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombus kobensis (Jordan & Starks, 1906) 核糖体RNA基因的序列多态性特征, 本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚类分析以及重组检测, 结果显示5.8S (158bp) 无长度变异, 而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性, 并可分为不同序列类型: 18S (1856~1893 bp) 有4种序列类型A、B、C和R; 28S (967~974bp) 和ITS1 (407~ 505bp) 均有3种类型A、B和R; ITS2 (423~447 bp)存在2种类型A和B。此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚, 并且ITS2 (71.14%)>ITS1 (65.37%)>28S (62.22%)>5.8S (57.67%)>18S (54.95%)。对具有不同序列类型的18S、28S和ITS进行真、假基因推断时, 通常的判别特征不足以提供有力依据, 因此增加了与4种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopon grandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对。各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示: 18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致, 而其他序列类型则不同; ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失, 因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因, 而其他类型为假基因。ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性, 没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断。长臂缨鲆核糖体RNA基因中, 5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式, 而其他4个基因片段为非协同进化的方式。 相似文献
11.
裂殖壶菌OUC88 及10 个派生菌株18S rDNA 基因克隆和分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用PCR方法从裂殖壶菌Schizochytrium limacinum OUC88及以其为出发菌株经紫外诱变筛选的10个菌株中扩增出18S rDNA基因序列(1751bp到1758bp)进行序列测定,以上序列已登录GenBank(HM042904-HM042914)并与已登录的裂殖壶菌属5条18S rDNA序列比对分析。结果表明,S.limacinum OUC88以及10个派生菌株间18S rDNA的遗传距离是0.000~0.013,与Schizochytrium sp.FJU-512 18S rDNA(GenBank No.AY758384)的同源性最高,为98%~99%;与S.limacinum(GenBank No.AB022107)的同源性为96%;与同属异种S.mangrovei(GenBank No.DQ100293)只有93%的同源性。并运用序列比对分析和MEGA4.0系统进化树,结果显示种内诱变产生的细微变异小于同属内不同物种之间的变异。本研究除了为裂殖壶菌这种重要的经济海洋真菌提供分子生物学资料以外,同时表明18S rDNA序列不仅在分子分类上是一个重要的标志,也可分析由突变引起的物种内细微的遗传变异。 相似文献
12.
通过PCR扩增基因片段的方法测定了红翎菜科琼枝属(Betaphycus)、卡帕藻属(Kappaphycus)和麒麟菜属(Eucheuma)4种海藻共19株个体的核糖体基因转录间隔区(ITS)(含5.8SrDNA)和核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶基因大亚基(rbcL)全长基因序列。其中rbcL全长序列为首次测定,为从蛋白质水平探讨红翎菜科分子系统进化提供了可靠的保证。琼枝属、卡帕藻属、麒麟菜属ITS序列长度分别为1 024、629~669、1 001bp,GC含量在45.6%~52%之间;rbcL序列长度均为1 467bp,GC含量在37.1%~37.6%之间。结合GenBank中现有的红翎菜科海藻ITS和rbcL序列进行系统进化分析,2个片段聚类结果均明显的将所有样品分为琼枝属、卡帕藻属和麒麟菜属3大分支,表现出明显的属间差异。本研究的11株长心卡帕藻根据ITS序列差异分成明显2种类型,推测这2种类型长心卡帕藻的ITS序列差异与其地理环境、无性繁殖时间(代数)和藻体颜色无关。 相似文献
13.
贝尼登类单殖吸虫是象山港海水养殖鱼类中一类危害严重的寄生虫。应用PCR扩增及DNA序列分析的分子生物学手段,并结合对成虫的形态学分析,对象山港养殖大黄鱼体表寄生的贝尼登类单殖吸虫(记作XSp)进行了种类鉴定,结果表明XSp从形态特征上属于新贝尼登虫属,与梅氏新贝尼登虫高度相似。扩增得到XSp的28S rDNA和ITS1序列长度分别为393和427 bp,与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫的5个28S rDNA 序列、2个ITS1序列的比对分析显示相似性除1个为97.4%外其余均大于99%,提示XSp与这几个鱾新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫为种内关系,而XSp与贝尼登虫的3个28S rDNA 和1个ITS1序列相似性分别为84.3%~89.5%和60.2%。系统进化树显示该吸虫与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫形成一个紧密的簇,而与贝尼登虫亲缘关系较远。根据普通生物学和序列特征分析,将XSp定种为梅氏新贝尼登虫,并且支持Whittington和Horton (1996)提出的梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫为同种异名的分类观点。 相似文献
14.
扁浒苔PCR 快速检测方法研究 总被引：2，自引：0，他引：2
扁浒苔(Ulva compressa)能够导致绿潮灾害,对其开展快速检测技术研究是预防和控制其危害的重要技术手段。根据石莼属不同种类核糖体基因转录间隔区域(ITS)的序列设计了一对检测扁浒苔的特异性引物,并对其反应条件和体系进行了优化。PCR特异性检测结果表明,供试扁浒苔均扩增出与预期大小相一致的330 bp产物,而对缘管浒苔(Ulva linza)、浒苔(U.prolifera)、曲浒苔(U.flexuosae)、孔石莼(U.pertusa)的检测结果全为阴性。PCR灵敏度试验表明,该PCR体系最低可以检测到10 pg的扁浒苔DNA模板。本快速检测方法为扁浒苔的早期识别与有效治理提供了科学依据,对相关扁浒苔产业和生态学等研究也具有一定参考意义。 相似文献
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胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究 总被引：3，自引：0，他引：3
采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法，初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18S rDNA)约1．5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18S rDNA，建立桡足类18S rDNA变异类型文库，并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明，Vsp Ⅰ限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0．17、0．23和0．6的3种操作分类单元(OTUs)，遗传多样性指数达到0．95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75．4—97．8之间，而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲，其中，AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区，其GC％分别为47．37％、48．16％和48．57％。研究结果表明，混合DNA提取方法简单，设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18S rDNA，根据18S rDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18S rDNA序列奠定了基础。 相似文献
16.
提要应用BLAST程序和DNAstar软件,比较分析了5株副溶血弧菌和其他细菌的16S—23S rDNA间区序列,选取IGSIA作为扩增靶区,结合相邻的16S rDNA序列,设计合成了一对特异性引物,通过优化扩增条件,建立了快速检测副溶血弧菌的PCR方法,对其特异性和敏感性进行了探讨,并初步进行了应用研究。结果表明,新建的PCR方法能特异性地扩增出大小为306bp和552bp的2条带,分别对应于副溶血弧菌的IGS0和IGSIA,检测灵敏度为5.6×102CFU/ml,半个工作日即可得到准确的结果,能有效检测出在杂色鲍、凡纳滨对虾和各种水质中的副溶血弧菌,适用于海洋水产动物副溶血弧菌病的早期快速诊断、水产品的检疫及水质环境的监测。 相似文献
17.
棕囊藻赤潮原因种的分子鉴定和起源分析 总被引：8，自引：1，他引：8
测定了发生于我国东南海域赤潮原因种Phaeocystis sp.及相关种类P.globosa和P.pouchetii 18S rDNA序列,并以Phylip35分析软件构建序列距离矩阵和分子系统发育树图.结果表明,该赤潮原因种与球形棕囊藻P.globosa 18S rDNA序列完全相同,从分子水平鉴定了该原因种为P.globosa.分子系统发育树图表示的P.globosa和P.pouchetii的分化顺序表明,分布于我国东南海域的P.globosa可能是一种本地起源的暖水种.Phaeocystis globosa不同株系的形态差异,可能是适应不同生活环境的结果.根据分子生物学的数据对有害赤潮藻类进行系统发育分析,并设计用于有害赤潮藻快速鉴定的特异性分子探针,对赤潮的监控和防治具有重要意义. 相似文献
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石莼目几种绿藻的ITS区和5.8S rDNA的序列及系统发育分析 总被引：1，自引：0，他引：1
在海藻的分类系统上,由于海洋的开放环境和人为因素的影响,单凭藻体的形态、结构特征很难得到统一的结论,因此探求一种能够有效补充传统分类方法的新手段具有十分重要的意义[1-2]。随着分子生物学技术的不断发展和完善,为分类学和系统学研究提供了许多新方法。分子生物学技术如RAPD[3-4],RFLP,AFLP,CAPS,SSLPs,SNPs等技术为海洋绿藻的分子系统学的研究提供了可靠的分子标记资料,其中核糖体rDNA ITS区(包括ITS1,5.8S和ITS2)序列被广泛用于不同物种的种间,亚种和种群水平上的系统发生的研究[5-12]。 相似文献
20.
根据细菌16S rDNA3端和23S rDNA5端的高度保守区设计引物,PCR扩增了5株溶藻弧菌、2株河流弧菌和2株创伤弧菌的16S—23S rDNA间区,克隆到pGEM-T载体上,测序;采用BLAST和DNAstar软件对16S—23S rDNA间区序列及其内的tRNA基因进行比较分析研究。结果表明,3种弧菌共测出的16S—23S rDNA间区有33条,类型有6种:IGSGLAV、IGSGLV、IGSIA、IGSG、IGSA和IGS0,其中IGSIA和IGSG最为常见,9株弧菌均包含有此两类IGS;在3种弧菌中,大部分IGS序列tRNA基因两端的非编码区具有较高的种内同源性,可以成为设计种特异性引物和探针的靶区。16S—23S rDNA间区结构的差异为建立一类新的弧菌检测方法奠定了基础。溶藻弧菌的16S—23S rDNA间区序列为首次报道。 相似文献