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海洋生物DNA条形码研究现状与展望 总被引：5，自引：1，他引：4
海洋生物种类多样,分布广泛,具有复杂性、多样性和趋同性等特点,为了对物种进行更快速、准确地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来分类学与生物多样性研究中重要的技术依托。本文概述了DNA条形码当前的发展现状与趋势,并介绍了DNA条形码技术在主要海洋浮游植物(红藻、褐藻、绿藻、硅藻、甲藻)、无脊椎动物(海绵动物、刺胞动物、甲壳动物和软体动物等)和鱼类中的研究进展,以及不同条形码基因针对于不同生物类群的有效性和适用性,指出了目前条形码技术在各海洋类群中存在的主要问题,并对未来的相关工作做了展望,希望为今后我国的海洋生物DNA条形码研究提供理论基础。 相似文献
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DNA条形码技术是一种新兴的分子鉴定方法,是指通过选择一段DNA基因序列片段作为条形码进行物种鉴定、系统发育研究和物种多样性保护等。海洋贝类种类丰富、数量众多,传统的形态分类方法有一定的局限性,对一些非常见及疑难物种不能快速、准确地鉴定。作为一种快速、高效的物种诊断技术,DNA条形码技术在海洋贝类种质资源保护与利用方面起到了至关重要的作用。本文就DNA条形码的产生、原理、分析步骤、优势、局限及在海洋贝类种质资源保护中的应用进展进行了综述,并对其未来的发展进行了分析展望。 相似文献
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瓯江口树排沙湿地不同生境大型底栖动物群落多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解瓯江口树排沙湿地不同生境大型底栖动物群落多样性,于2014年10月至2015年6月对红树林、互花米草及光滩3种生境开展大型底栖动物调查。共鉴定出大型底栖动物48种,隶属于5纲15目31科40属。大型底栖动物年平均栖息密度和生物量,红树林生境最高,互花米草生境次之,光滩生境最低。采用物种多样性指数和G-F多样性指数分析不同生境大型底栖动物群落多样性,发现红树林生境大型底栖动物的多样性高于互花米草生境和光滩生境。单因素方差分析表明:物种数、栖息密度、生物量及物种多样性季节间差异不显著,而物种数、Shannon-Wiener多样性指数与Margalef物种丰富度指数生境间差异显著。人工恢复红树林有助于提高大型底栖动物群落的多样性。 相似文献
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2006年7月—2008年8月,对象山港全港海域设立的13个采样站位采集的调查资料,用物种丰富度指数、物种均匀度指数和物种多样性指数分析象山港大型底栖动物物种的多样性和群落种类的组成,以及采用ABC曲线方法和大型多元统计分析软件PRIMER5对象山港大型底栖动物进行Bray-Curtis相似性聚类分析和非度量MDS标序,研究象山港大型底栖动物群落结构。调查显示象山港大型底栖动物不同采样站位之间物种丰富度指数(d)、均匀度指数(J)、辛普森多样性指数(D)和香农-威纳多样性指数(H’)差异皆高度显著(P0.01)。群落结构聚类分析和MDS标序表明,13个采样站位的大型底栖动物群落大致可分为3组。根据所调查象山港大型底栖动物的丰度和生物量资料做的ABC曲线分析表明,该海域大型底栖动物群落受到了严重的环境污染或者扰动,逐渐由一种或几种个体较小的种类占优势。 相似文献
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泉州湾蟳埔潮间带大型底栖动物功能群研究 总被引：3，自引：0，他引：3
为了比较不同生境的大型底栖动物功能群,根据在泉州湾蟳埔潮间带3种生境类型获得的大型底栖动物数据进行了分析。2011年4月-至2012年1月在泉州湾蟳埔潮间带获得大型底栖动物101种,其中浮游生物食者(Pl)、植食者(Ph)、肉食者(C)、杂食者(O)和碎屑食者(D)物种数分别为21种、18种、21种、26种和15种。光滩(沙滩)、互花米草和牡蛎石三种生境大型底栖动物物种数、平均栖息密度、平均生物量、多样性指数的优势功能群多样化,表明泉州湾蟳埔潮间带大型底栖动物功能群的复杂化和多样化,这种特征是潮汐、生境、底质粒径等环境因子共同作用的结果。潮汐导致潮间带的空间异质性(沉积物粒径的差异),空间异质性导致大型底栖动物功能群组成的差异。互花米草、牡蛎石构成了多种小生境,有利于众多大型底栖动物的栖息。还讨论了大型底栖动物物种鉴定水平和功能群划分标准不同对功能群研究结果的影响。 相似文献
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鱼类浮游生物的准确鉴定是鱼类浮游生物研究的基础。传统的基于形态特征的鉴定不仅费时费力,而且由于缺乏足够信息,鉴定存在困难,导致物种多样性被低估。为了对物种进行准确、快速地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,就像在商店里扫描仪读取条形码那样,对每一种生物也能通过快速分析其DNA中的一小段(线粒体细胞色素c氧化酶I亚基,mt COI)加以识别。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来生物类群的研究热点。文章介绍了DNA条形码的概念、原理、工作流程及其优点,分析了其在鱼类浮游生物鉴定中的应用可行性,并展望未来鱼类浮游生物学发展的前景:分子技术鉴定鱼类浮游生物相关规范标准的建立,传统形态鉴定与分子方法相结合的分类学研究,以及鱼类浮游生物的生态学研究。 相似文献
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为探讨互花米草(Spartinaalterniflora)入侵对三沙湾光滩、红树林湿地的生态影响,分别于2013年10月和2014年9月在三沙湾选择了2条互花米草断面、2条红树林断面和1条光滩进行底栖生物生态调查,分析了大型底栖动物群落分布的时空差异、底栖动物与环境因子之间的关系。经鉴定,该调查海域大型底栖动物共68种,隶属于7门40科,其中短拟沼螺(Assiminea brevicula)为互花米草区优势物种;宁波泥蟹(Ilyoplaxningpoensis)为光滩的优势物种;巴林虫(Barantollasp.)为红树林区优势物种。对各生境大型底栖动物物种数、生物量和栖息密度组成进行双因素无重复方差分析(two-way ANOVA),结果显示不同生境大型底栖动物物种数差异极显著(P0.01),互花米草入侵红树林后,大型底栖动物物种数稍有下降,但是互花米草入侵光滩后,大型底栖动物物种数有所增加;不同生境大型底栖动物生物量差异极显著(P0.01),栖息密度差异不显著(P0.05)。利用大型底栖动物的ABC曲线分析群落结构的稳定性,显示光滩群落结构稳定,互花米草入侵后,优势物种变化显著,双齿围沙蚕数量迅速增加,降低了原有大型底栖动物群落结构的稳定性。除生境影响外,互花米草入侵的潮位区域、生长密度差异、入侵阶段等也均会对大型底栖动物造成影响。 相似文献
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为了解桑沟湾大型底栖动物多样性现状,作者于2009年7月和12月对桑沟湾9个站位进行2个航次的采样,以种类组成、生物量和栖息密度为基础,采用物种多样性指数(Shannon-Wiener index)、物种丰富度指数(Species richnessindex)以及物种均匀度指数(Species evenness index)对大型底栖动物多样性及其影响因子进行了分析。结果表明:共采到大型底栖动物83种,其中多毛类45种,占种类总数的54.22%,软体动物11种(占13.25%),甲壳类23种(占27.71%),其他4种(占4.82%)。各站获得平均种类数在2～28种之间,种类最少的出现在夏季的C8站,最多的出现在夏季的C4站。不同养殖区生物多样性指数差异也很大,物种多样性(H′)和物种丰富度指数(D)均以贝类养殖区最高,藻类养殖区最低,而物种均匀度指数(J′)以贝藻混养区最高,藻类养殖区最低。生物多样性除了受种的数量及其个体密度的影响外,还与多种环境因素有关,相关性分析结果表明:水温、盐度、沉积物类型和硫化物含量是影响桑沟湾大型底栖动物生物多样性的主要环境因子。 相似文献
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分别于2018年冬季(1月)和夏季(9月)对胶州湾进行了2个航次20个相同站位的大型底栖动物调查。共鉴定出大型底栖动物287种。大型底栖动物的总平均丰度和生物量分别为2026个/m^2和378.0 g/m^2,2航次的丰度和生物量均呈现由胶州湾中部向南北两侧增大的趋势。调查水域优势种主要为多毛类,但相对重要性指数(I RI)最高的物种为菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)。Shannon-Wiener多样性指数结果表明,胶州湾北部部分站位受到扰动(H′<2)。聚类分析表明在35%和26%的相似性水平上冬季和夏季航次的大型底栖动物分别划为2个和3个群落。Pearson相关分析结果显示底温是影响胶州湾大型底栖动物丰度分布的主要因素。 相似文献
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Codium, one of the largest marine green algal genera, is difficult to delimit species boundary accurately based on morphological identification only. DNA barcoding is a powerful tool for discriminating species of seaweeds. The plastid elongation factor TU(tuf A) is considered as maker to perform DNA barcoding of green algal species than rbc L gene due to universality and rapid evolution rate. We conducted DNA barcoding application to Codium specimens from the Jeju Island, Korea to overcome the limit of morphological identification and to confirm the species diversity. As a result of applying tuf A marker, we newly generated fifty-five tuf A barcodes to resolve eight species. Tuf A marker exhibited 6.1%–21.8% interspecific divergences, wider than the gap of rbc L exon 1,3.5%–11.5%. Molecular analysis of rbc L exon 1 sequences of Codium revealed eight distinct species like tuf A analysis separated in five phylogenetic groups. DNA barcoding of the genus Codium using tuf A marker is more helpful to overcome the limit of morphological identification, and this is more potential to reveal cryptic species and to resolve the relationships among subspecies than rbc L analysis alone. The complement of tuf A barcoding and rbc L analyses including morphology for the genus Codium in the northwestern Pacific will give much more reliable achievement for discovering species diversity and resolving the phylogenetic relationships. 相似文献
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利用2013年29次南极科考对南极半岛普利兹湾的调查采集到的鱼类进行多样性和分类鉴定，所有站位的样品均由雪龙号采集。位于高纬度普利兹湾内的鱼类多样性和相关的评估尚未知晓。因此，有必要对该调查海域的鱼类多样性进行准确的评估。本航次共捕获鱼类样品99尾，为了克服形态鉴定不准确的缺点，我们结合DNA条形码（COI基因片段）技术对种类鉴定，同时下载NCBI基因库中的公开数据作为参考。利用NJ系统发育树和条形码间隙共准确鉴定出22种鱼类，其中与形态鉴定相对应的有13种，5种鱼类准确鉴定到属的水平，4种鉴定到其近缘种。公开发表的资料中显示南极鱼科鱼类在种类组成中属于优势种类，但是在本次调查中并未发现这一现象。受调查方法和站位数量的限制，本次调查鱼类表现出较低的多样性和较低生物量，这一结果可能导致对普利兹湾鱼类多样性认识的片面性。结果证明条形码技术可以有效的用于普利兹湾鱼类的种类鉴定，同时南极鱼类的种类鉴定和分布是了解南极鱼类物种多样性和生物地理学的一部分，因此，有必要对南极鱼类在大尺度上对其准确的种类鉴定。 相似文献
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海洋线虫是海洋底栖生物中数量上最丰富的类群,在海洋生态系统中起着重要的作用。对海洋线虫进行种类鉴定是线虫研究中最重要的工作之一。目前,海洋线虫的鉴定主要采用形态学的分析方法,但是这种方法往往费时费力,对于如此丰富的物种,急需新的鉴定方法。作者以黄海潮间带自由生活线虫优势种——中华钩线虫(Oncholaimus sinensis)为例,在形态学分类的基础上,将DNA条形码技术引入线虫的鉴定中,探讨了线粒体细胞色素C氧化酶第一亚基(mt COI)基因序列、28S r DNA序列的D2D3区以及18S r DNA序列的部分序列作为DNA条形码在中华钩线虫中的适用性。结果表明,18S r DNA序列可作为该种线虫的DNA条形码,为海洋线虫的DNA条形码研究提供了很好的借鉴。目前,利用DNA条形码技术对海洋线虫进行鉴定的报道在国内还属空白,本研究将是海洋线虫分类学研究的很好补充。同时,对于了解该海域海洋线虫多样性及群落分布格局,开展海洋环境监测,进而对海洋的底质环境状况进行健康评价具有十分重要的科学意义。 相似文献
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中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码 总被引：1，自引：0，他引：1
DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。 相似文献
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基于DNA条形码的长江口鱼类浮游生物形态分类研究 总被引：1，自引：1，他引：0
DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具。本研究采用传统形态学和DNA条形码技术相结合,对长江口及其邻近水域的鱼类浮游生物种类进行准确鉴定,并对部分种类仔稚鱼进行了形态学描述。结果表明:2016年春、夏季和2017年夏季共获得鱼类浮游生物55种,隶属9目19科。其中鲈形目种类数最多,为35种。鱼类浮游生物在类群上季节变化不明显,但在种类上有明显的季节变化。仅有凤鲚(Coilia mystus)、日本鳀(Engraulis japonius)和小黄鱼(Larimichthys polyactis)在春、夏季同时出现。首次描述了龙头鱼(Harpadon nehereus)仔、稚鱼阶段的形态特征;对龙头鱼、前鳞龟鰉(Chelon affinis)、四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)、少鳞鱚(Sillago japonica)和日本须鳎(Paraplagusia japonica)这5种仔、稚鱼的可量性状、鳍的发育、黑色素的分布等情况进行了描述,绘制了仔、稚鱼形态图。以上研究可为河口鱼类育幼场的研究提供科学依据,也为鱼类早期发育阶段分类资料的积累探索新途径。 相似文献
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16S rRNA is a better choice than COI for DNA barcoding hydrozoans in the coastal waters of China 总被引：4，自引：0，他引：4
Identification of hydrozoan species is challenging, even for taxonomic experts, due to the scarcity of distinct morphological characters and phenotypic plasticity. DNA barcoding provides an efficient method for species identification, however, the choice between mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I（COI） and large subunit ribosomal RNA gene（16S） as a standard barcode for hydrozoans is subject to debate. Herein, we directly compared the barcode potential of COI and 16S in hydrozoans using 339 sequences from 47 pelagic hydrozoan species. Analysis of Kimura 2-parameter genetic distances（K2P） documented the mean intraspecific/interspecific variation for COI and 16S to be 0.004/0.204 and 0.003/0.223, respectively. An obvious ＂barcoding gap＂ was detected for all species in both markers and all individuals of a species clustered together in both the COI and 16S trees. These results suggested that the species within the studied taxa can be efficiently and accurately identified by COI and 16S. Furthermore, our results confirmed that 16S was a better phylogenetic marker for hydrozoans at the genus level, and in some cases at the family level. Considering the resolution and effectiveness for barcoding and phylogenetic analyses of Hydrozoa, we strongly recommend 16S as the standard barcode for hydrozoans. 相似文献
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