香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis) Commd1基因的分子克隆及其在盐度胁迫下的表达分析     

《热带海洋学报》2017,(1)

作为一类新近发现的蛋白家族,COMMD(copper metabolism Murr1 domain)广泛存在于多种生物体中,且参与多种生物学过程,包括钠转运、铜代谢以及核因子kappa B(nuclear factor kappa B,NF-κB)、低氧诱导因子1(hypoxia inducible factor 1,HIF-1)的调节等。为研究Commd1在盐度胁迫过程中的作用,采用RACE技术,首次从香港牡蛎Crassostrea hongkongensis中克隆获得Commd1基因c DNA全长序列,命名为Ch Commd1基因。该序列全长为841bp,5′和3′非编码区分别为18bp和259bp,开放阅读框为564bp;该阅读框编码一个含187个氨基酸,预测分子量为21.79k Da、理论等电点为5.21的蛋白。同源性比较和系统进化分析表明,香港牡蛎COMMD1蛋白与太平洋牡蛎Crassostrea gigas、光滑双脐螺Biomphalaria glabrata、加州海兔Aplysia california的同源性较高,是软体动物COMMD1家族的一个成员。实时荧光定量PCR结果显示,Ch Commd1基因在香港牡蛎各胚胎发育时期和成体组织中均有分布,而且,在盐度刺激后,其m RNA表达量在鳃和血淋巴中均明显增加。上述研究结果表明,Commd1基因在香港牡蛎发育和渗透压调节中可能发挥作用,为深入研究该基因在广盐适应性软体动物中的功能提供了依据。  相似文献   

条斑紫菜水通道蛋白PyAQP1基因的克隆及功能分析     

《中国海洋大学学报(自然科学版)》2016,(8)

本研究从条斑紫菜中克隆了一个水通道蛋白(Aquaporin,简称AQP)基因PyAQP,命名为PyAQP1(登录号为KT735045)。序列分析表明,PyAQP1基因cDNA全长为1 151bp,开放阅读框(ORF)为1 002bp,编码333个氨基酸,含有200bp的内含子。氨基酸序列比对分析表明,PyAQP1具有水通道蛋白的保守结构域NPA和6个跨膜区域。MEGA5.0构建的系统发生树表明,该基因属于Glps类。采用基因枪介导的洋葱瞬时表达定位结果显示,PyAQP1基因定位于细胞质膜上。运用实时荧光定量PCR技术对PyAQP1基因在干旱、盐度和温度处理条件下在转录水平进行分析。在干旱处理条件下,PyAQP1基因随着失水率的增加,表达量逐渐降低,失水率达到80%后复水处理,随着复水时间的延长,表达量增加。在山梨醇和盐度胁迫处理下,PyAQP1基因的表达趋势基本一致,随着盐度的增加,表达量降低。温度处理条件下,在-8℃时,基因的表达量显著增加,0℃时,基因的表达量略高于正常处理条件。当温度高于正常生长温度时,基因的表达量随着温度的升高,呈现逐渐升高的趋势。本研究为深入了解条斑紫菜逆境适应机制中水通道蛋白的作用奠定了基础,同时为后续条斑紫菜抗逆品系的选育提供了理论指导。  相似文献   

凡纳滨对虾水孔蛋白-4的cDNA克隆及盐度胁迫对其肝胰腺mRNA表达水平的影响     

高沿  胡超群  任春华  钱璟  何香燕  江晓  黄文 《海洋科学》2017,41(2):61-70

为了探索水孔蛋白(Aquaporin,AQP)在凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)渗透压调节过程中作用,本研究通过RACE方法获得克隆的凡纳滨对虾AQP(命名为LvAQP4)的c DNA全长序列,并分析了盐度胁迫对其肝胰腺m RNA表达的影响。结果发现:LvAQP4 c DNA序列全长为1 048 bp,其中包括75 bp的5￠UTR,187 bp的3￠UTR和786 bp的ORF。根据ORF序列推导出LvAQP4编码261个氨基酸,预测其分子质量为27.85 k Da,等电点为8.11。推导的氨基酸序列与其他甲壳物种的AQP相似度为48.8%到97.3%。进化分析显示LvAQP4属于AQP1-like亚族、AQP4类。定量PCR(q PCR)检测到LvAQP4在不同组织中均有表达,其中鳃的表达量最高,肝胰腺、肌肉、脑和眼柄中也较高,而血淋巴、肠、胃和胸神经节中表达量则较低。在高盐(盐度40)刺激下,凡纳滨对虾的肝胰腺LvAQP4 m RNA表达量会随着时间推移而上升,到6 h达到最高,而后逐步下降。而在低盐(盐度4)刺激下,凡纳滨对虾的肝胰腺LvAQP4 m RNA表达量并无明显变化。在原代分离和培养的肝胰腺细胞中,培养液中加入额外的Na Cl会剂量依赖地提高LvAQP4 m RNA表达水平。同样,通过在培养液中额外加入蔗糖提高培养液渗透压,也会剂量依赖地提高LvAQP4 m RNA表达水平,但作用不如Na Cl明显。这些结果表明盐度与肝胰腺LvAQP4的表达量有关,LvAQP4对凡纳滨对虾的渗透压调节具有非常重要的作用。  相似文献   

马氏珠母贝水通道蛋白基因AQP4 cDNA克隆和表达分析     

潘肖兰  刘惠茹  许濛  许瀚之  张华  何毛贤 《热带海洋学报》2020,39(3):66-75

水通道蛋白4(aquaporin4, AQP4)是一类被动运输水的通道蛋白。本研究根据转录组测序获得的马氏珠母贝AQP4片段, 采用RACE技术获得了AQP4的全长cDNA, 命名为PfAQP4, 其5′非翻译区(untranslated region, UTR)为114bp, 3′UTR为839bp, 开放阅读框(open reading frame, ORF)为858bp, 编码285个氨基酸。PfAQP4含有6个α螺旋跨膜区、5个环、1个主要内嵌蛋白(major intrinsic protein, MIP)结构域、2个NPA(Asn-Pro-Ala)基序, 属于AQP1-like型。利用qPCR技术分析PfAQP4在不同组织、不同发育时期以及盐度胁迫条件下的mRNA表达模式。结果显示: (1) PfAQP4在所有被检测组织中均表达, 其中在闭壳肌、足和鳃中表达量较高; (2) PfAQP4在不同的发育时期均有表达, 其表达量整体呈现先升高后降低的趋势, 其中在2—4细胞期表达量最高, 在眼点幼虫期表达量最低; (3) 在高盐度组(36‰)盐度胁迫24、72、120h后, PfAQP4表达量显著上升, 在168h降至对照组水平; 在低盐(16‰)组, PfAQP4表达量在24h显著上调, 在72h恢复至对照组水平, 说明盐度影响鳃组织中PfAQP4的表达量, 也表明PfAQP4在马氏珠母贝渗透压调节中起着非常重要的作用。  相似文献   

盐地碱蓬AGO蛋白基因家族的分离及表达分析          下载免费PDF全文

王闻  范士亮  李晋  高伟  金玉休  郑明刚  郑立 《海洋科学进展》2019,37(2)

AGO蛋白(Argonature protein)作为RNA诱导沉默复合物的核心元件,在植物的非生物胁迫过程中发挥着重要作用。以前期获得的盐地碱蓬转录组数据为基础,开展了针对盐地碱蓬(Suaeda salsa)AGO蛋白的生物信息学及盐胁迫下的表达规律研究。采用RACE技术克隆2个AGO基因家族成员(SsAGO1、SsAGO16)的cDNA全长序列,并对其蛋白结构、进化关系、表达模式等进行分析。结果表明:盐地碱蓬2类AGO蛋白家族成员基因长度分别为3 212 bp和3 766 bp,编码的蛋白均是一个无跨膜结构域、无信号肽的亲水性蛋白,α-螺旋散布于每个蛋白质的整体结构中;SsAGO1和SsAGO16都含有一个未知的结构域DUF1785,除此之外,SsAGO1还含有PAZ和PIWI两个特征结构域,而SsAGO16仅含有PIWI结构域,SsAGO1和SsAGO16亲缘关系较远,且具有不同的时空表达模式。首次从盐地碱蓬鉴定了AGO蛋白基因并进行了盐胁迫下的表达规律分析,为研究AGO蛋白家族在盐生植物耐盐生理过程中的作用奠定了基础。  相似文献   

香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)新型凝集素ChPerlucin的基因克隆与功能研究     

赵泽慧  张爱娇  杨雨澄  毛帆  肖述  李军  张扬  向志明  喻子牛 《热带海洋学报》2022,41(1):42-51

C-型凝集素(C-type lectin)是一类能识别并结合多糖的免疫蛋白质超家族, 本文首次克隆了一种新型香港牡蛎C-型凝集素基因——甘露聚糖结合凝集素, 并获得了该基因的全长序列, 命名为ChPerlucin。结果显示, ChPerlucin基因cDNA全长577bp, 包括21bp的5′末端非翻译区(untranslated region, UTR)、73bp的 3′UTR, 以及483bp的开放阅读框(open reading frame, ORF), 编码160个氨基酸, ChPerlucin蛋白理论分子量为18kD, 等电点为5.95。ChPerlucin蛋白含有保守的C-型凝集素样结构域(C-type lectin or carbohydrate-recognition domain, CLECT); 邻接法(Neighbor-Joining, NJ)进化树分析表明, ChPerlucin与其他贝类的Perlucin聚为一支, 说明该基因是软体动物Perlucin家族的新成员。qRT-PCR结果显示, ChPerlucin在香港牡蛎所检测组织和各个胚胎发育时期中均有表达; 病原菌刺激后, ChPerlucin表达量显著升高; 利用毕赤酵母真核成功表达了ChPerlucin重组蛋白, 发现ChPerlucin重组蛋白具有抑菌效果。以上结果表明ChPerlucin在香港牡蛎的先天性免疫过程中发挥了重要的作用。  相似文献   

长牡蛎Fem-1基因cDNA克隆和表达分析     

周祖阳  李琪  于红  孔令锋 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2018,(6)

本研究通过RACE技术获得了长牡蛎(Crassostrea gigas)Fem-1b和Fem-1c基因cDNA全长序列,并分析了其编码蛋白和系统进化关系。通过RT-PCR技术对采集的长牡蛎周年样品(2015年5月~2016年4月的性腺样品,2015年夏季各组织样品以及不同胚胎幼虫发育时期的样品)进行了表达分析。研究显示,长牡蛎Fem-1b全长2 580bp,编码636个氨基酸;Fem-1c全长2 417bp,编码622个氨基酸。蛋白结构预测显示,两基因分别含有6和7个典型的锚定蛋白重复序列(Anyrin repeat)。RT-PCR结果显示,目的基因在精巢中的表达量显著高于其他组织(P0.05);Fem-1b在6、7月的精巢中和Fem-1c基因在3、4月的精巢中的表达量显著高于在其他组织中的表达量(P0.05)。胚胎幼虫表达分析显示,目的基因在胚胎发育早期的表达量显著高于胚胎发育中后期,并在囊胚期达到最高值。我们推测Fem-1b和Fem-1c可能参与了性别决定和性别分化的过程。  相似文献   

太平洋真宽水蚤(Eurytemora pacifica) Cu/Zn SOD基因克隆及在重金属胁迫下的表达分析     

胡利腾  夏立萍  武敏敏  陈晋  张建设 《海洋与湖沼》2018,49(2):384-394

铜锌超氧化物歧化酶(Superoxide dismutase,SOD)是一种广泛存在于生物体中最主要的抗氧化酶之一,在抵御过多活性氧簇对机体毒害的过程中起重要作用。本研究以太洋真宽水蚤为研究对象,采用RT-PCR与RACE方法克隆得到太平洋真宽水蚤Cu/Zn SOD基因全长c DNA序列。Cu/Zn SOD(Gen Bank登录号:MF289343)基因序列全长837bp,其中完全开放阅读框为456bp编码152个氨基酸,5′非编码区长297bp,3′非编码区长84bp,分子量约为15.050k Da,理论等电点为5.73。序列比较表明,太平洋真宽水蚤Cu/Zn SOD c DNA的氨基酸序列与其他甲壳动物的一致性较高;存在8个蛋白翻译后修饰位点及蛋白家族标签序列,无跨膜结构域与信号肽。在重金属铬与镍胁迫下,通过实时荧光定量PCR对太平洋真宽水蚤Cu/Zn SOD m RNA体内表达特点分析显示,其表达量均呈现先升后降趋势,在暴露12小时后表达量达到峰值;铬胁迫下的表达量略高于镍;联合胁迫下呈现出拮抗作用。本研究结果将有利于深入探讨桡足类Cu/Zn SOD基因的结构与功能,为进一步研究抗氧化分子机理奠定基础。  相似文献   

缢蛏（Sinonovacula constricta）GST和HSP90基因克隆及其在氨氮胁迫下的表达特征分析     

张欢  董迎辉  姚韩韩  俞凯佳  胡月亚  林志华 《海洋学报》2020,42(4):66-78

克隆获得缢蛏(Sinonovacula constricta)谷胱甘肽S-转移酶(Sc-GSTσ)和热休克蛋白90(Sc-HSP90)基因的cDNA全长，分析了它们的组织表达差异及其在氨氮胁迫下的表达特征。结果表明，Sc-GSTσ的全长cDNA为1 414 bp，含有639 bp的开放阅读框(Open Reading Frame，ORF)，编码212个氨基酸，Sc-GSTσ氨基酸序列与其他物种的GST氨基酸序列同源性为31.88%～43.40%；而Sc-HSP90的全长cDNA为2 752 bp，ORF为2 181 bp，编码726个氨基酸，其氨基酸序列与其他物种HSP90的氨基酸序列同源性为76.77%～87.05%。荧光定量PCR分析发现，Sc-GSTσ和Sc-HSP90在缢蛏各组织中均有表达，两者均在肝胰腺中表达量最高。氨氮胁迫后，Sc-GSTσ和Sc-HSP90 mRNA在肝胰腺中表达均显著上调(p<0.05)，表明氨氮胁迫引起机体的应激反应，2个基因可能参与机体解毒或防御过程。但胁迫后期表达量下降推测是机体的防御能力有限，不足以完全保护宿主免受应激诱导的细胞损伤。  相似文献   

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)胞内氯离子通道蛋白基因克隆及其表达分析     

王渝  吕建建  刘萍  高保全  李健  陈萍 《海洋与湖沼》2014,45(6):1359-1366

本研究克隆了三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)胞内氯离子通道蛋白基因,命名为Pt CLIC。该基因c DNA全长2000bp,5’和3’非编码区(UTR)长分别为76bp和1162bp,开放阅读框长762bp,推测编码253个氨基酸,预测分子量为29.2k Da,理论等电点为5.93。生物信息学分析表明,Pt CLIC基因中未发现跨膜结构域,属于不稳定蛋白;同源性分析表明,Pt CLIC基因编码的氨基酸序列与蚤状溞(Daphnia pulex)CLIC基因的同源性高达83%;系统进化分析表明,三疣梭子蟹与拟穴青蟹首先聚为一支;实时荧光定量RT-PCR分析表明,Pt CLIC基因在选取的所有组织中均有表达,在肝胰腺中的相对表达量最高,且显著高于其它组织(P0.05)。低盐度胁迫显著改变了Pt CLIC基因在三疣梭子蟹鳃和肝胰腺中的表达模式,整体呈先上调后下调的趋势,并发现该基因在低盐耐受和低盐敏感家系中的表达规律差异显著。研究结果表明Pt CLIC基因在三疣梭子蟹渗透压调节中发挥重要作用,可辅助三疣梭子蟹耐低盐品系的选育。  相似文献   

斑节对虾GPx3a基因的分子克隆及表达分析     

刘伟  赵超  范嗣刚  王鹏飞  闫路路  邱丽华 《海洋科学》2018,42(2):141-149

谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPx)是生物体内重要的抗氧化酶,能防止过氧化氢对生物体的氧化应激。该研究利用RACE技术获得了斑节对虾(Penaeus monodon)GPx3a(PmGPx3a)的全长c DNA序列,进行了相关生物信息学分析。作者利用荧光定量PCR方法研究了PmGPx3a在斑节对虾不同组织的表达情况。探究了PmGPx3a在不同胁迫条件下(盐度、重金属和细菌)的表达情况。结果表明PmGPx3a c DNA全长1135 bp,其中开放阅读框(ORF)长651 bp,预测编码216个氨基酸。PmGPx3a推导的氨基酸序列与其他动物的GPx3a氨基酸序列具有高度一致性。实时定量PCR结果显示,在高低盐胁迫下,PmGPx3a在肝胰腺中相对表达量都为上升的(p0.05)。在铜、锌、铬胁迫中,鳃中的PmGPx3a的相对表达量总体呈现下降趋势,在肝胰腺中呈现上升趋势。在哈维弧菌(Vibrio harveyi)刺激下,PmGPx3a在血淋巴中的相对表达量总体呈现上升趋势,24 h后表达量最大,显著高于对照组2.2倍(P0.05)。以上研究结果表明,PmGPx3a基因参与了斑节对虾对环境胁迫和氧化应激的适应性反应。  相似文献   

菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)金属硫蛋白基因克隆及Cd~(2+)胁迫下的表达分析     

林晓玲  王清  袁泽轶  于倩  吴惠丰  丛明  李斐  赵建民 《海洋与湖沼》2014,45(5):1006-1012

金属硫蛋白(Metallothionein,MT)是一类富含半胱氨酸的小分子蛋白质,参与机体重金属解毒和金属元素代谢等生理过程。本研究采用RACE技术,克隆获得了菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)金属硫蛋白(RpMT)的全长cDNA序列。RpMT的cDNA全长为570bp,编码75个氨基酸,包含15个MT所特有的Cys-Xn-Cys结构。采用实时荧光定量PCR技术,分析了两种壳色菲律宾蛤仔(白蛤和斑马蛤)RpMT基因在Cd2+暴露后的表达变化。结果发现:Cd2+急性和亚慢性暴露均可导致两种壳色蛤仔消化腺和鳃组织RpMT基因表达量的显著上调;暴露后两种壳色蛤仔鳃组织RpMT基因表达量的增加幅度均高于消化腺组织,且以白蛤鳃组织基因表达水平的上调幅度较高。上述结果表明,RpMT可能在菲律宾蛤仔抵御Cd2+胁迫过程中发挥了重要作用。  相似文献   

低盐胁迫下松江鲈aquaporin基因的表达变化规律     

马骞  刘新富  李昂  柳淑芳  庄志猛 《海洋学报(英文版)》2020,39(6):19-25

为了探究aquaporin基因家族成员在松江鲈(Trachidermus fasciatus)应对低盐胁迫过程中的调节作用，本研究选取7个Aquaporin基因（aqp1、aqp4、aqp7、aqp8、aqp10、aqp11和aqp12）为目标基因，利用实时荧光定量PCR技术检测了鳃、肠、肾和肝组织中7个基因在两种低盐胁迫处理下不同时间点(0 h、12 h、24 h和48 h)的表达水平。在两种低盐胁迫处理下，aqp4在松江鲈鳃、肝和肠组织中无表达，aqp7在鳃、肝组织中无表达。此外，其他aqp基因在四个组织中的表达量变化趋势具有显著差异。除肾组织中aqp12和肠组织中的aqp7、aqp8和aqp10之外，特定组织中aquaporin基因在两种低盐胁迫下呈现相似的表达量变化趋势。本研究通过比较分析了aquaporin基因在松江鲈应对不同低盐胁迫时表达变化规律的异同，相关结果为探讨这一家族成员在鱼类应激调节过程中的作用及洄游性鱼类适应盐度变化的分子调控机制提供了理论依据。  相似文献   

低盐胁迫对脊尾白虾过氧化氢酶和硒谷胱甘肽过氧化物酶基因表达的影响     

任海  李健  李吉涛  英瑜  葛红星  李东利  于天基 《海洋学报(英文版)》2015,34(8):52-61

过氧化氢酶(CAT)和硒谷胱甘肽过氧化物酶(Se-GPx)在抗氧化防御体系中扮演重要的角色,在清除多余的活性氧自由基(ROS)防止机体氧化损伤方面具有重要的作用.本文利用RACE-PCR方法首次从脊尾白虾肝胰腺组织中克隆获得了CAT cDNA全长序列,该基因全长2649 bp,包括5′非编码区(UTR) 78 bp、开放阅读框(ORF)1554 bp和3′非编码区(UTR) 1017 bp,共编码517个氨基酸,预测分子量为58.46 kDa,理论等电点为6.64,利用PROSITE tools预测CAT基因的功能位点,发现该氨基酸序列包括酶活性中心序列“FDRERIPERVVHAKGAG”,亚铁血红素结合信号序列“RLFSYPDTH”和 3个催化位点残基His⁷¹,Asn¹⁴⁴和Tyr³⁵⁴.同源性分析表明,脊尾白虾CAT氨基酸序列与其他物种的相似性为68%-92%.荧光定量PCR分析结果表明,CAT基因在肝胰腺、血细胞、心脏、肌肉、卵巢、鳃、胃和眼柄均有表达,其中在肝胰腺中表达量最高.低盐胁迫后脊尾白虾鳃和肝胰腺中CAT和GPx基因分别在48 h和6 h达到最大值,且与对照组差异显著(P< 0.05),表明CAT和GPx基因参与了低盐胁迫反应,并表现出一定时间效应关系.综合分析结果指出脊尾白虾CAT基因是CAT家族主要成员之一,可能在低盐环境胁迫过程中具有重要的作用.  相似文献   

青蛤(Cyclina sinensis)AP-1基因的克隆及在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)侵染下的表达分析     

丁丹  潘宝平  王玉梅  侯梓园  闫春财 《海洋与湖沼》2018,49(1):192-197

  相似文献   

栉孔扇贝BI-1基因的克隆与表达分析     

苗国英  亓海刚  李莉  阙华勇  张国范  胡晓丽 《海洋与湖沼》2014,45(6):1251-1257

本研究采用RT-PCR和RACE技术首次获得了栉孔扇贝(Chlamys farreri)BI-1基因(Cf BI-1)c DNA全长序列,长度957bp,5′和3′非编码区长度分别为48bp和195bp,开放阅读框为714bp,预测编码一个含有237个氨基酸的蛋白质,分子量为27k Da;结构预测显示,Cf BI-1蛋白包含6个跨膜结构域。同源和分子进化聚类分析显示,Cf BI-1蛋白序列与其他一些物种中的BI-1蛋白序列相似性很高,表明BI-1具有很高的保守性。通过荧光定量PCR的方法检测了Cf BI-1 m RNA在栉孔扇贝正常组织中和在干露、脂多糖以及扇贝急性病毒性坏死症病毒刺激之后的表达水平的变化。结果表明,Cf BI-1在栉孔扇贝各组织中广泛分布,其中闭壳肌中的表达量最高,血淋巴中的表达量最低。在干露和病毒刺激以后,Cf BI-1基因表达水平较对照组都有显著上调(P0.05),表明Cf BI-1基因可能参与了干露刺激和急性病毒性坏死症病毒感染后的细胞应激响应及其诱导的细胞凋亡过程。综合上述分析,我们认为Cf BI-1基因在栉孔扇贝细胞凋亡调控过程中可能起到重要作用,可为栉孔扇贝凋亡相关基础研究提供参考。  相似文献   

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis