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1.
本研究通过对5个龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)抑制性消减杂交文库(SSH文库)的1 873条差异显示序列进行聚类和生物信息学分析,共获得118个重叠群以及247条未被聚类进任何重叠群的单条序列。Blast2GO注释分析结果说明龙须菜性别和世代的遗传是由多因子参与、多细胞共同完成的复杂生命活动。选取8条差显序列进行了实时荧光定量PCR分析以验证数据的可靠性,发现尽管SSH文库具有较高的假阳性率,但对斑点杂交结果进行进一步的聚类分析和RT-qPCR验证后可以有效提高实验结果的可信度,并从中发现contig03和7310很可能真正与雌配子体世代相关。 相似文献
2.
EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测。得到33个(36.7%)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释。进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5～0.744 7和0.099 8～0.504 6,其中5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,各位点间没有检测到连锁不平衡。研究为栉孔扇贝群体遗传学和遗传育种分析提供了候选标记。 相似文献
3.
通过对紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)公共数据库表达序列的整合分析,共获得29条核受体序列。通过DNA结合结构域(DBD)和配体结合结构域(LBD)的多序列比对,并采用贝叶斯推断法进行系统进化分析,推测其中19个核受体属于NR1亚家族,5个属于NR2亚家族,2个属于NR3亚家族,1个属于NR5亚家族。结果表明紫贻贝中存在HR96、E75、ROR、HNF4、RXR、TLL、SVP、ESR、ERR同源的核受体,并且具有新型的2DBD核受体。 相似文献
4.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(4)
本研究采用基因组高通量随机测序的方法对青石斑鱼(Epinephelus awoara)微卫星标记进行了发掘,结果共获得青石斑鱼(Epinephelus awoara)基因组原始数据2.860G。采用MISA(MIcroSAtellite)软件进行微卫星位点搜索,获得967 657条微卫星序列。随机选取了96条微卫星序列设计引物并利用8尾青石斑鱼个体进行多态性位点筛选,共获得60个具有多态的微卫星标记。利用其中16个微卫星标记对一个青石斑鱼亲鱼群体的种群遗传学特征进行评价,共检测到129个等位基因,单个标记的表观等位基因数(NA)分布范围为2~14,平均为7.167;表观杂合度(HO)分布范围为0.422~1.000,平均为0.678 6;期望杂合度(HE)分布范围为0.481~0.893,平均为0.676 8。有5个标记的等位基因频率不符合"哈迪-温伯格平衡",其中EAW-55596、EAW-21755、EAW-30334 3个标记表现为杂合子显著缺失(P0.05),而EAW-33674和EAW-52520 2个标记表现为杂合子显著过剩(P0.05)。连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象。多态信息含量(PIC)分布范围为0.362 3~0.872 2,平均PIC=0.639 70.5,说明该亲鱼群体的遗传多样性比较高。而这些微卫星标记将对于青石斑鱼的遗传变异分析、亲缘关系鉴定提供了技术支持,这也将为青石斑鱼的分子遗传育种奠定了基础。 相似文献
5.
栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析 总被引：2，自引：0，他引：2
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍.栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排.所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间.由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究.2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646 条序列.序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰.共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条.共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%.查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA 转座子、LTR 反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多.BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E＜e-5),占测序总数的37.93%.BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条.BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%. 相似文献
6.
通过设计特异性引物,采用PCR扩增的方法对厚壳贻贝足腺细胞cDNA文库进行筛选,共克隆得到14条厚壳贻贝mcofp3的cDNA序列和8条mcofp6的cDNA序列,并对其基因序列及推导的氨基酸序列进行了序列比对和变异位点初步分析。结果表明,14条mcofp3cDNA序列分属于厚壳贻贝mcofp3家族的两个亚家族,其成熟肽序列变异相对活跃;而8条mcofp6 cDNA序列并无明显的亚家族划分,序列相对保守。本次实验所获得的mcofp cDNA序列初步显示了厚壳贻贝足丝蛋白家族基因的分子多样性,为将来深入了解厚壳贻贝足丝蛋白的分子多样性机制以及在此基础上开发相关的新型生物黏附剂奠定了基础。 相似文献
7.
采用CAP3软件对NCBI上的5296条缢蛏ESTs序列进行了微卫星特征分析。结果表明,经拼接、去冗得到非冗余EST序列3453条,含SSR位点的EST序列267条,共307个SSR位点,检出率为8.89%,平均每6.83kb出现1个SSR位点。设计了40对EST-SSR引物并进行PCR扩增,29对引物能扩增出理想的PCR产物,其中多态性引物14对。利用14对多态性引物分析了乐清湾缢蛏遗传多样性,共检测到等位基因数(Na)61个,每个位点的等位基因数为2—12个。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占15.96%、37.13%和35.50%。乐清湾缢蛏群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.569、0.490和0.449,表明乐清湾缢蛏遗传多样性较丰富。 相似文献
8.
为探讨中国和科威特鲳鱼(Pampus)养殖群体的遗传差异和遗传多样性,本研究对两个鲳鱼群体线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(COI)部分序列进行了比较和分析。通过PCR扩增和测序,共获得COI基因片段47条,定义了8个单倍型。两个群体的COI序列的A+T含量均高于G+C含量,在中国养殖群体中检测到4个变异位点,在科威特群体中检测到14个。两个群体的单倍型多样性水平较高(0.566~0.643),但核苷酸多样性水平均较低(0.0022~0.0030)。NJ系统发生树和遗传距离分析结果表明中国和科威特养殖群体的遗传差异较大,高于种内差异水平,因此两个养殖群体并非同一种鲳属鱼类。 相似文献
9.
凡纳滨对虾是我国乃至世界最重要的对虾养殖种。EST(expressed sequence tags)测序是对没有基因组背景的生物进行功能基因分析最为有效的方法之一。为了研究凡纳滨对虾重要功能基因、以及为筛选分子标记奠定基础,本文集成了一套快速高效的EST信息深度挖掘的方法,并对公共数据库中161 241条凡纳滨对虾EST序列进行分析,获得了20 410 条unigenes,包括14 236条contigs和6 174条singlets。通过与NR数据库比对发现有注释的基因7 984条,并对其余12 426条未知基因中的4 702条进行了功能域注释。对有NR注释的基因的GO 分类分析获得其中2 715条基因的生物学过程、细胞定位和分子功能分类信息。此外,通过与模式生物通路图进行比对和定位,将3738条基因定位到270个KEGG通路图中,发现凡纳滨对虾的9条unigenes与果蝇丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路的5个关键基因对应,提示凡纳滨对虾很可能存在类似的重要信号转导通路。另外,通过对6种组织,包括肝胰腺、淋巴器官、血细胞、鳃、眼柄和神经的EST进行比较分析,筛选获得了组织特异性转录本共7 000余条,并对这些特异性转录本进行了功能分类。本研究不仅开发了公共基因资源发掘的方法,也为对虾功能基因的研究利用提供了重要参考数据。 相似文献
10.
对引发赤潮的3株硅藻——1株尖刺拟菱形藻(Pseudo-nitzshia pungens)和2株中肋骨条藻(Skeletonema costatum)的5.8SrDNA和ITS(internal transcribed spacers)序列进行了PCR扩增、克隆和序列测定,并分析了硅藻门10株赤潮藻(7株从GenBank获得)的系统进化关系.研究结果表明,尖刺拟菱形藻的ITS和5.8SrDNA的长度为693bp,SK-1(分离自东海赤潮暴发区)测序得到715bp,除ITS和5.8SrDNA外,还包含部分18SrDNA和28SrDNA;SK-2(分离自青岛养殖场)的ITS和5.8SrDNA的长度为331bp,尖刺拟菱形藻与从GenBank中获得的2株尖刺拟菱形藻相似程度最高,为100%,与该属的多列拟菱形藻相似程度稍低,为82.9%.SK-2的ITS序列与SK-1的相似程度很低,只有51%,但与拟中肋骨条藻的ITS序列相似程度高,为95.5%.SK-1的ITS序列与拟中肋骨条藻的相似程度也低,为56.7%.系统进化树反映的结果与相似性反映的结果一致.研究的该株尖刺拟菱形藻从根据ITS序列研究的结果与形态鉴定的结果看是一致的;SK-2可能属于拟中肋骨条藻;SK-1比较特殊,有待于用其他的方法进一步研究确定其分类地位. 相似文献
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文蛤属(Meretrix)16S rRNA基因及ITS1序列的系统学分析 总被引：8，自引：5，他引：8
利用线粒体16SrRNA基因片段及核糖体DNA转录间隔区ITS1序列分析的方法,以近缘属的青蛤(Cyclinasinensis)为外群,对文蛤属的文蛤(M.meretrix)、丽文蛤(M.lusoria)、帘文蛤(M.lyrata)和斧文蛤(M.lamarckii)4种贝类进行了系统学研究。经ClustalX多重比对及DNAsp软件分析后,用PAUP4.0分析软件,计算出种间序列的碱基转换/颠换频率,利用邻接法NJ构建系统发育树。结果表明,帘文蛤与该属其他三种的分歧时间较早,两类序列与其他种类间的相对遗传距离分别在0.25866—0.28218和0.15644—0.20104之间。文蛤与丽文蛤间的16SrDNA及ITS1序列间的遗传距离仅为0.04805和0.04201,拓扑结构图显示关系很近,并且二者的分布区大面积重叠,其序列间的转换/颠换频率接近种内单元型(haplotype)间的序列变化,鉴于它们的贝壳形态有一定差别,应归为同一个种内的不同地理亚种比较恰当。 相似文献
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本文克隆了两种大黄鱼(Pseudosciaena crocea)摄食调控因子胆囊收缩素(CCK)、瘦素(LEP)基因的全长序列,并对其表达特性进行了研究。结果表明,克隆得到CCK基因属硬骨鱼类的CCK1亚家族,全长900nt,编码137个氨基酸,与其他鱼类的CCK1相比序列组成非常保守,特别是在20氨基酸的信号肽和8个氨基酸的CCK-8活性结构区域;而克隆得到LEP基因属硬骨鱼类的LEPA亚家族,全长1290nt,编码161个氨基酸,与其他鱼类LEP相比基因同源性较差,但在3D结构上却保留了LEP经典的4个α螺旋特征。两种因子在所检测的所有组织中均有表达,但尤以脑、胃、肠消化道、肝脏等摄食及能量平衡相关组织中表达活性最高。8天的饥饿能使大黄鱼脑、消化道组织的CCK和肝脏、脂肪组织中的LEP表达显著降低(P0.05)。该结果说明CCK和LEP可能在大黄鱼的摄食生理和能量平衡中起着重要的调控作用;本研究将为深入了解鱼类食欲调控的神经内分泌机理提供基础。 相似文献
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魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景 总被引：10，自引：0，他引：10
魁蚶（Ｓｃａｐｈａｒｃａｂｒｏｕｇｈｔｏｎｉｉ）是蚶科贝类的一种大型经济种类，主要分布于我国、日本和朝鲜半岛及俄罗斯东南部沿海。在我国，主要分布于辽宁、河北和山东沿海，生活在３～５０ｍ（多为２０～３０ｍ）水深的软泥或泥沙质海底，是我国北方沿海重要的经济贝类之一。但但有有关关其其自自然然群群体体的的遗遗传传变变异异及及群群体体间间遗遗传传分分化化等等方方面面的的研研究究不不多多 ;;同同时时，，作作者者和和日日本本研研究究者者发发现现，，中中国国、、韩韩国国和和日日本本魁魁蚶蚶群群体体在在形形态态和… 相似文献
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采用RT-PER原理和长片段扩增技术克隆短沟对虾和斑节对虾酚氧化酶原基因。设计合成特异引物、提取血细胞总RNA，反转录后扩增获得的特异片段回收并克隆到pGEM-TEasyVector系统的T载体上，重组子进行碱基序列测定。结果表明，所克隆的短沟对虾酚氧化酶原基因含起始密码子A1B到终止密码子TGA的2055bp，编码684个氨基酸。斑节对虾酚氧化酶原基因含ATG到TGA的2061bp，编码686个氨基酸。短沟对虾酚氧化酶原推算分子量为78153Da，等电点pI为6．25；斑节对虾则为78581Da，pI为5．83，用DNA分析软件分析显示两种对虾酚氧化酶原基因具有高度的同源性，二者的碱基和推测的氨基酸序列同源性分别为93％和92％；对虾与其他节肢动物酚氧化酶原基因的同源性的高低与种类间亲缘关系相关；不同种类间酚氧化酶活性中心重要组成部分的2个铜结合位点、位于铜结合位点内的6个组氨酸以及与铜结合位点相邻的氨基酸序列高度保守。 相似文献
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长菱形藻(Nitzschia longissima)和新月细柱藻(Cylindrotheca closterium)分子分类研究 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究自胶州湾分离了两种底栖硅藻,形态学初步鉴定为长菱形藻和新月细柱藻。对其18S rDNA和rbcL基因进行了测序并用邻接法构建了系统树。结果表明,两藻在18S rD-NA和rbcL基因序列上均存在较大的差异,基于DNA序列的分类结果与形态学分类结果一致。在依据形态指标难以确定藻类分类地位的情况下,18S rDNA和rbcL基因序列是有用的鉴定工具。 相似文献
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仿刺参(Apostichopus japonicus) mtDNA三个基因片段的序列分析 总被引：10，自引：0，他引：10
采用PCR技术对中国烟台、威海和莱州三个地点仿刺参的16S rRNA、COI、IrRNA-COI三个mtDNA基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为570bp、640bp和900bp的三段序列,分析了三个采样点样品的遗传多样性。结果表明,每段基因序列扩增均获得两种单倍型,已在Genbank中注册(注册号码:AY852278—AY852283)。通过比较,三个地点样品的序列差异不显著,无缺失、插入、颠换的现象,只有个别位点出现转换,其中16S rRNA序列最为保守,16S rRNA、COI、IrRNA-COI三段序列A T的平均含量为56·2%、59·2%、61·8%,均大于G C含量。三个采样点样品同源性为99·84%—99·96%。将获得的仿刺参DNA序列和Genbank中的来自东太平洋8个外群进行基因序列比较,结果发现,不同目、科的海参的序列差异显著。采用DNAsp统计了各类位点数;MEGA2·1分析了碱基组成和遗传距离,构建了系统树。系统树体现的分类关系与这些物种的形态学分类关系完全一致。 相似文献
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利用线粒体细胞色素b基因序列对中华鳖5个不同地理种群(太湖群体、日本群体、江西群体、台湾群体和乌鳖群体)的种群遗传结构进行分析.以特异引物进行PCR扩增,获得了408bp的基因片断序列.序列分析结果表明,在31个中华鳖个体中,共检测到17个变异位点,获得8种单倍型.日本群体的2种单倍型在其他4个群体中都未检测到,为该群体所特有,日本种群与其他4个群体的遗传距离最远.除日本群体缺乏主体单倍型外,其他4个群体共同拥有主体单倍型Hap.1,江西群体、台湾群体和乌鳖群体的单倍型类型都和其他群体共同享有,没有其特异的单倍型.MP法和NJ法构建的系统发生树显示日本群体的两种单倍型以很高的置信度聚成一支,这与其地理分布存在一定的相关性,其序列上的差异,可以成为种群鉴别的分子标记;另外4个群体的6种单倍型聚合成一大支,但同一个地理区域的群体并未聚成一类,未按照地理位置形成明显的地理格局. 相似文献
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