水产品鲐鱼(Pneumatophorus japonicus)细菌多样性及优势微生物分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

翁佩芳  李微微  吴祖芳  周秀锦  陈树兵  张静娇 《海洋与湖沼》2013,44(3):788-795

为研究鲐鱼(Pneumatophorus japonicus)在不同冻藏时期的优势微生物,并且得到一个较全面的细菌群落组成结构,采用16SrDNA基因克隆文库及克隆子分析等方法,分别对冻藏1d、8d和20d条件下鲐鱼鳃体系中的细菌种群多样性、优势微生物及其中产组胺菌的变化进行分析。结果表明,不同时期鲐鱼鳃内的细菌多样性均较强;冻藏1天的鳃体系中不动杆菌属(Acinetobacter)占优势为总数的77.5%,产组胺细菌如泛菌属(Pantoea)和肠杆菌属(Enterobacter)较少;第8天优势细菌种群是梭杆菌属(Fusobacteria bacterium)和希瓦氏菌属(Shewanella),而产组胺菌如发光杆菌属(Photobacterium)和弧菌属(Vibrio)较前期数量有所增加;冻藏到第20天的优势种群为哈夫尼菌属(Hafnia)和沙雷菌属(Serratia),它们均是产组胺的菌群。鲐鱼中细菌多样性及其优势微生物的变化等全面信息可为了解鲐鱼水产品组胺发生的微生物机制及其控制方法提供重要依据。  相似文献   

象山港养殖大黄鱼寄生新贝尼登虫成虫形态学和28S rDNA,ITS1分子鉴定     

苗亮  李明云  蒋进  丁文超  陈炯  史雨红 《海洋学报》2012,34(2):122-128

贝尼登类单殖吸虫是象山港海水养殖鱼类中一类危害严重的寄生虫。应用PCR扩增及DNA序列分析的分子生物学手段,并结合对成虫的形态学分析,对象山港养殖大黄鱼体表寄生的贝尼登类单殖吸虫(记作XSp)进行了种类鉴定,结果表明XSp从形态特征上属于新贝尼登虫属,与梅氏新贝尼登虫高度相似。扩增得到XSp的28S rDNA和ITS1序列长度分别为393和427 bp,与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫的5个28S rDNA 序列、2个ITS1序列的比对分析显示相似性除1个为97.4%外其余均大于99%,提示XSp与这几个鱾新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫为种内关系,而XSp与贝尼登虫的3个28S rDNA 和1个ITS1序列相似性分别为84.3%~89.5%和60.2%。系统进化树显示该吸虫与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫形成一个紧密的簇,而与贝尼登虫亲缘关系较远。根据普通生物学和序列特征分析,将XSp定种为梅氏新贝尼登虫,并且支持Whittington和Horton (1996)提出的梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫为同种异名的分类观点。  相似文献   

凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组Solexa 测序及其初步分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

严雪平  袁剑波  刘斌 《海洋科学》2012,36(6):9-14

CTAB-酚/氯仿法提取新鲜凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道微生物宏基因组 DNA.结果表明: CTAB-酚/氯仿法提取总 DNA 的浓度达到92.5 ng/μL,半定量 PCR 法检测微生物基因组相对含量为69.9%.凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组用于 Solexa 测序,生物信息学分析结果显示宏基因数据中64.1%的数据属于未知序列,35.5%属于真核生物,而已知的微生物和病毒序列所占比例仅有0.4%  相似文献   

Screening of marine fungus from Nanji Island and activity of their metabolites against pathogenic Vibrio from Pseudosciaena crocea     

赵淑江  李书平  刘辉辉  赵倩  王杰优  闫茂仓 《中国海洋湖沼学报》2012,30(5):746-756

Seventy-eight marine fungal strains were isolated from sediment samples collected off the coast of Nanji Island,Wenzhou,Zhejiang Province,China.Antibacterial screening using the agar disc method showed that 19 of the isolated strains could inhibit at least one pathogenic Vibrio from Pseudosciaena crocea.Subsequent screening confirmed that nine strains produced antibacterial metabolites that had activity against one or several types of pathogenic Vibrio.Strain NJ0104 had the widest antimicrobial spectrum and strong activity,particularly against Vibrio parahaemolyticus-MM0810072.A preliminary study of NJ0104 antibacterial metabolites demonstrated that they had thermal stability up to 80°C,ultraviolet stability up to 40 min and pH stability between 4.0-7.0.In addition,the antibacterial metabolites were readily soluble in butanol.To identify the specific strain,the ITS-5.8S rDNA regions of NJ0104 were PCR amplified and sequenced.Based on the combination of phenotypic and genotypic data,the strain was identified as Arthrinium sp.  相似文献   

吉尔吉斯斯坦伊塞克湖一处土壤样品细菌多样性          下载免费PDF全文

王宁  包慧芳  古丽尼莎·沙依木  王炜 《干旱区地理》2013,36(4):609-614

采用纯培养方法从吉尔吉斯斯坦共和国伊塞克湖一处温泉旁的土壤中分离到32株细菌,通过ARDRA 分析后得到不同的类群,从各个类群中随机选取1个代表菌株进行16S rDNA 序列测定和系统发育的分析。结果表明：分离的菌株分布在假单胞菌属（Pseudomonas）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、Lysinibacillus、溶杆菌属（Lysobacter）、短芽孢杆菌属（Brevibacillus）、根瘤菌属（Rhizobium）、变形杆菌属（Proteus）等9个属,且部分菌株的16S rDNA序列同源性低于97%,可能是潜在的新种。结果揭示了该样点可培养细菌种群的多样性及独特性。  相似文献   

黑潮源区沉积物古菌多样性调查及研究     

景天爽  于心科 《地质学报》2012,86(12):2011-2019

为了研究西太平洋黑潮源区不同深度沉积物中古菌群落结构的多样性,应用16S rDNA文库技术,对IMAGES XIV航次采集的岩芯MD06-3047进行基因文库的构建和分析,得到260个克隆,经分析处理后得到56个OTUs(Operational Taxonomic Units).基于16S rRNA序列的同源性比较,绘制系统进化树,进行统计学分析.研究结果显示,西太平洋黑潮源区的本哈姆高原(Benham Rise)沉积物中有丰富多样的古菌群落,在1m内的沉积物中分布着9种古菌类群.古菌序列归属于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),并以泉古菌为主(占总序列的91.5％).其中,泉古菌包含MGI、MBG-B、MCG和UCII-b 4个类群,并且主要由MGI构成(占总序列的40.8％),而广古菌包含MBG-D、SAGMEG、DHVEG、MBG-E和VAL Ⅲ 5个类群,各类群所占总序列比例均较低(占总序列的0.4％～5.4％之间).研究结果对于理解西太平洋黑潮源区沉积物中古菌多样性有重要意义,并为今后研究古菌群落与环境之间的关系提供科学依据.  相似文献   

Molecular identification of a species in genus Nannochloropsis     

Si Li  Kehou Pan  Baohua Zhu  Xiaolei Ma  Xin Liang  Guanpin Yang 《中国海洋大学学报(英文版)》2011,10(4):391-396

  相似文献   

条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

牛建峰  高胜寒  骆迎峰  袁野  王广策  胡松年 《海洋科学》2011,35(6):76-81

对条斑紫菜（Porphyra yezoensis）进行Solexa高通量测序,获得低覆盖度全基因组草图。该基因组草图大小约220Mbp,GC质量分数53．08％;包含26629个预测基因,其中16409个基因具有内含子,平均每个基因含2．22个内含子;基因结构分析表明具有内含子的基因平均长度为2214bp,内含子平均大...  相似文献   

中国东海和韩国马山湾海域2株原甲藻的形态结构和分子序列比较   总被引：2，自引：0，他引：2  

王红霞  陆斗定  黄海燕  夏平  戴鑫烽  Jeanette G 《海洋学研究》2011,29(1):42-48

对采自我国东海温岭海域和韩国南部马山湾海域的2株原甲藻进行了藻种分离、纯化培养及rDNA ITS分子序列的PCR扩增与测序,并运用显微镜、扫描电镜、Jukes-Cantor距离矩阵及构建的系统发育树,比较研究了2株原甲藻的形态结构和分子序列.结果表明:温岭藻株(LAMB090508)和马山湾藻株(PDKS0206)具有...  相似文献   

丛粒藻形态多样性与遗传多样性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

王朋云  茅云翔  孔凡娜  马梅  马飞 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2011,41(5):63-70

观察了采集自不同地点的3株丛粒藻(Botryococcus braunii)(AGB-Bb01、AGB-Bb02和AGB-Bb03)的显微结构和亚显微结构,以18S rDNA和ITS区序列为目标位点比较分析了16株丛粒藻藻株的遗传距离和序列相似性,重建了系统发生树。结果表明:丛粒藻不同地理株在细胞大小、聚落大小和聚落细胞数目方面存在较明显的差异,亚显微结构显示不同藻株的杯状鞘厚度及细胞包埋程度也存在差异;不同地理株间具有较高的遗传多样性,系统发生树显示所有藻株可分成2个簇群和4个亚群,存在一定程度的地理隔离。研究证明了18S rDNA和ITS区序列是进行丛粒藻基因分型和遗传多样性研究的良好位点。本研究为系统了解丛粒藻的遗传多样性和开展优良藻株选育工作奠定了基础。  相似文献