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条斑紫菜丝状孢子体cDNA文库构建及抗病相关基因鉴定 总被引：1，自引：3，他引：1
经过微量总 RNA抽提、c DNA合成、c DNA扩增和克隆等步骤 ,构建了微量条斑紫菜丝状孢子体 c DNA文库 ,并进行了小规模表达序列标签分析。从 1 70条标签序列中鉴定出 6条抗病相关基因序列。这些序列可用于研制抗病单核苷酸多态性标记 ,辅助紫菜抗性遗传改良。 相似文献
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条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增 总被引：9，自引：0，他引：9
采用电子查询的方法，借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点，共发现非冗余微卫星位点211个，占整个条斑紫菜EST数据库的1．01％。其中双碱基重复微卫星位点共有35个，占查找微卫星序列总数的16．6％；三碱基微卫星有176个，占83．4％。双碱基重复微卫星中AG／CT形式最多，而三碱基中GGC／GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物，用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明，微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验，为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。 相似文献
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采用CAP3软件对NCBI上的5296条缢蛏ESTs序列进行了微卫星特征分析。结果表明,经拼接、去冗得到非冗余EST序列3453条,含SSR位点的EST序列267条,共307个SSR位点,检出率为8.89%,平均每6.83kb出现1个SSR位点。设计了40对EST-SSR引物并进行PCR扩增,29对引物能扩增出理想的PCR产物,其中多态性引物14对。利用14对多态性引物分析了乐清湾缢蛏遗传多样性,共检测到等位基因数(Na)61个,每个位点的等位基因数为2—12个。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占15.96%、37.13%和35.50%。乐清湾缢蛏群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.569、0.490和0.449,表明乐清湾缢蛏遗传多样性较丰富。 相似文献
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随着图像大数据的爆发,特别是用户贡献数据的飞速增长,图像样本的语义内容越来越丰富,标签信息也随之越来越复杂.因此图像多标签学习的研究是近年来学术圈和产业界的研究热点之一,涌现了大量表现优异的方法和技术.基于此,本文将对近年来图像多标签学习上的研究成果进行总结.首先,对多标签学习进行简单介绍,并详述其主流方法的分类;随后,针对目前大数据时代的数据特性,总结了多标签学习面临的新的技术难点及其对应的解决方案;最后,在应用层面上介绍了多标签学习在医学、计算机科学等领域的应用实例. 相似文献
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农产品质量溯源系统的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
主要针对传统农产品质量追溯系统存在的广度较窄、精度不细致等问题,依托"热带特色农产品溯源系统"项目,利用无线射频识别技术,设计并实现农产品质量溯源系统,给出农产品质量溯源系统总体架构以及主要设计流程,并对标签转换、数据同步等关键技术进行阐述。 相似文献
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当前,食品图像的营养成分识别主要还是集中在食品类别的识别以及作为多标签任务的识别.但是这两种方法并不具备很好的判别性,因为它们忽略了原材料之间的潜在关系.因此,本文在前期工作的基础上引入了原材料之间的关系.具体地说,我们的工作主要分为图像特征提取和原材料关系学习两部分.图像特征提取通过卷积神经网络提取到图像的低维特征向量.图卷积网络通过使用图数据（图的每个节点表示原材料的词嵌入,边表示节点之间的相关性）,将图数据直接映射到一组相互依赖的分类器中,并与图像的低维特征向量融合,最后进行分类.通过在Food-101和VireoFood-172两个食品数据集上进行实验,并与当前最好的实验模型进行对比,发现基于图卷积的食品多标签分类方法可以有效地提高食品图像的分类性能. 相似文献
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文蛤(Meretrix meretrix)是我国重要的滩涂养殖贝类,病害严重影响文蛤增养殖业,研究文蛤的免疫机制有助于解决文蛤的病害问题。C型凝集素(C-type lectin)参与先天免疫,在识别病原相关分子模式和激活体液免疫因子等方面发挥重要作用。本研究检索已构建的文蛤全长cDNA 文库,经过Blast比对得到了文蛤C型凝集素1(Mm-Lec1)基因的全长cDNA序列。Mm-Lec1序列全长586 bp,5'和3'非翻译区(UTR)的长度分别为21 bp和79 bp,开放阅读框长度为486 bp,编码161个氨基酸,分子量为18.65 kD,理论等电点为4.98。预测的氨基酸序列中含有信号肽(Met1-Ser19)、糖识别结构域(CRD)和糖结合位点(QPN)。Mm-Lec1的三级结构是紧凑型,含有β片层结构。同源性分析结果表明,Mm-Lec1与其他物种C型凝集素相似度在20%~32%;邻接法(Neighbor-Joining, NJ)进化树分析结果表明,Mm-Lec1与紫贻贝CTL 6和栉孔扇贝CTL A聚为一支。实时荧光定量分析结果显示,Mm-Lec1在文蛤鳃、肝胰腺、闭壳肌、外套膜、性腺和血细胞中均表达,其中鳃表达量最高,血细胞次之,性腺中表达量最少;在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激实验中,6 h时Mm-Lec1在血细胞中的表达量最低,48 h表达量最高,暗示Mm-Lec1参与文蛤抵御细菌入侵的免疫过程。 相似文献
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In Silico Screening for Microsatellite Markers from Expressed Sequence Tags of Porphyra yezoensis （Bangiales,Rhodophyta） 总被引：1，自引：0，他引：1
WANG Mengqiang HU Jingjie ZHUANG Yunyun ZHANG Lei LILT Wei MAO Yunxiang 《中国海洋大学学报(英文版)》2007,6(2):161-166
The genomic resources of Porphyra yezoensis expressed sequence tags （ESTs） were utilized to identify simple sequence repeats （SSRs）, or microsatellites. This method took the advantage of using ESTs and microsatellites either for the establishment of gene identities or for the acquisition of high polymorphism. The microsatellites can be used as gene markers when microsatellites are tagged to genes. Revealed by bioinformatics analysis, 1162 out of 21954 ESTs contained microsatellites and cluster analysis indicated that 984 of these ESTs fell into 112 contigs, while the other 178 ESTs were singletons. A total of 290 unique SSR-containing genes were identified. The AAC SSRs were the most populous type of microsatellites. GC-rich microsatellites were predominant among all the microsatellites. 相似文献
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条斑紫菜（Porphyra yezoensis）EST序列中微卫星位点的计算机筛查及相关分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为遗传标记看待。对21954条EST序列的分析发现其中1162条EST含有微卫星序列，对这1162条EST序列进行聚类，其中984条可聚类为112条重叠群（contig），其余178条不与其他序列聚类，共计得到非冗余基因290条。在筛查到的所有微卫星类型中，GC／CG型和GA／TC型最为丰富。GC含量丰富的微卫星类型，在各种不同碱基长度的微卫星中都占多数。 相似文献