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1.
胰岛素(Insulin, Ins)作为动物体内最保守的小分子蛋白,是调控血糖、脂肪和蛋白质代谢的重要激素,同时也对卵生动物的卵黄合成发挥着重要作用,但在鱼类中研究相对较少。为探讨银鲳胰岛素对卵黄合成的影响,从转录组数据中获得了银鲳3个胰岛素insulin(ins)、insulin-like(ins-like)和insulin-2(ins-2)基因全长cDNA序列。序列分析表明,银鲳3个胰岛素基因的氨基酸序列具有胰岛素基因的典型特征,包含NH-2端分泌的信号肽和由B链、C链和A链组成的IIGF。系统进化树分析表明,哺乳类ins单独为一簇,鱼类ins和ins-2成一簇及鱼类ins-like单独成一簇。组织表达特征分析表明,银鲳胰岛素家族3个基因ins、ins-2和ins-like在各个组织中广泛表达,但是不同组织的3个基因表达水平不相同。对不同发育阶段的银鲳肝脏和卵巢组织中3个胰岛素基因和3个卵黄蛋白原(vitellogenin, vtg)基因的表达量进行了分析,结果显示,所有银鲳ins和vtg基因在肝脏和卵巢中的表达趋势一致,从Ⅱ期至Ⅳ期肝脏和卵巢中逐渐升高,并在Ⅳ期达到最高值,从Ⅳ期至... 相似文献
2.
为检测10个半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)家系MHCⅡB(Cyse-DAB)基因的多态性水平、MHCⅡ类B位点数目以及平衡选择的作用,作者利用多聚酶链式反应(PCR)和直接测序的方法对10个半滑舌鳎家系MHCⅡB基因位点遗传变异和平衡选择进行了研究。用特异性引物和PCR扩增的半滑舌鳎MHCⅡB基因片段大约397 bp,包含一部分第一外显子,全部第一内含子和全部第二外显子。10个半滑舌鳎家系中,每家系选取5个体,每个体5个克隆序列分析发现60个不同序列,代表60个等位基因,其中有28个是新发现的,已提交到Gen Bank。同源分析表明60个等位基因相似性为89.36%。共50个个体中,有6个存在5个不同等位基因,表明在半滑舌鳎至少存在3个座位。有9个家系的MHCⅡB序列多肽结合区(PBR)的非同义替换(dN)显著高于同义替换(dS)。 相似文献
3.
几丁质酶在甲壳动物中参与多个生物学进程,发挥重要作用。本研究采用RACE技术,克隆获得总长为3694 bp的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)几丁质酶基因全长c DNA序列,命名为Pt Cht基因。该基因5′和3′非编码区分别为200bp和455bp,开放阅读框为3039bp,推测编码1012个氨基酸,预测分子量为113.4k Da,理论等电点为6.289。生物信息学分析表明,Pt Cht基因含有2个催化结构域和1个几丁质结合结构域Cht BD2,催化结构域具有几丁质酶第18家族的保守基序MotifⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ;同源性和系统进化分析表明,三疣梭子蟹Pt Cht基因与亚洲玉米螟(Ostrinia furnacalis)Cht的同源性最高;荧光定量RT-PCR分析表明,Pt Cht基因在各组织中均有表达,而在眼柄和表皮中的相对表达量较高。Pt Cht基因在蜕皮周期中的表达规律表明,Pt Cht基因在不同蜕皮时期存在明显变化,在表皮中先下调后上调;在眼柄中,呈整体上调趋势。通过分析Pt Cht基因在低盐胁迫进程中的表达规律发现,低盐胁迫可显著改变Pt Cht基因在鳃和肝胰腺中的表达模式,整体呈先下降后上升最后下降的表达趋势。该研究结果表明Pt Cht基因在三疣梭子蟹蜕皮发育和渗透压调节中发挥重要作用,为深入研究三疣梭子蟹和其它甲壳动物几丁质酶的功能提供了重要信息。 相似文献
4.
海水中的高溶解氧浓度、低温和UV辐射导致了氧胁迫是北极海洋细菌面临的主要胁迫因素之一。本文对北极细菌Pseudoalteromonas sp.A2对H2O2导致的氧胁迫的应答特征进行了转录组测序和基因差异表达的比较分析,以期发现与氧胁迫相关的关键功能基因。研究表明,与对照组相比,1 mmol/L的H2O2可导致菌株A2转录组的很大变化,包括109个基因的显著上调与174个基因的显著下调。COG分析表明,在功能已知的基因中,与转录后修饰、蛋白质转换和分子伴侣相关的基因大部分显著上调,而与氨基酸运输和代谢等相关基因则大部分显著下调。值得指出的是,有18个与鞭毛相关的基因和4个与热激蛋白相关的基因显著上调;同时,有9个与细胞色素和细胞色素氧化酶相关的基因和5个与TonB依赖受体相关的基因显著下调。在GO分析表明具有抗氧化活性的18个基因中,只有1个基因的表达显著上调,而有2个显著下调。简言之,RNA-Seq表明,除了传统的抗氧化基因和应激蛋白外,鞭毛相关基因和功能未知基因在菌株Pseudoalteromonas sp.A2的氧胁迫适应性中起着重要作用。该转录组分析和氧胁迫相关基因的发现有助于了解北极细菌的氧胁迫适应机制。 相似文献
5.
采用基因测序的方法,对我国海南产的羊鲍和耳鲍两个自然种群的COⅠ和COⅡ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,羊鲍和耳鲍COⅠ基因片段的核苷酸序列均为193bp,4种碱基组成非常相似,且其A T的含量也非常相似,分别为45.08%和45.60%。羊鲍和耳鲍COⅠ基因片段的核苷酸序列之间有29bp的差异,其中有8处发生碱基颠换,21处发生碱基转换,差异为15.03%,同源性为84.97%;羊鲍和耳鲍COⅡ基因片段的核苷酸序列均为157bp,羊鲍和耳鲍4种碱基组成差异较大,且其A T的含量也不同,分别为59.24%和55.41%。羊鲍和耳鲍COⅡ基因片段的核苷酸序列之间有19bp的差异,其中3处发生碱基颠换,16处发生碱基转换,达到12.10%的差异,同源性为87.90%。分子变异分析表明羊鲍和耳鲍物种间的变异组成为0.50,变异百分数为100.00,羊鲍和耳鲍物种间的遗传分化显著(FST=1,P<0.001)。 相似文献
6.
目的：探讨回神颗粒对app/ps1双转基因小鼠脑组织全基因表达谱的影响。方法：对阿尔茨海默病模型小鼠应用回神颗粒,用小鼠全基因芯片分析脑组织基因表达谱,并进行通路分析。结果：全基因组芯片分析表明,共有300个基因同时在模型组和回神颗粒治疗组中发生变化。荧光信号比值大于2.0的基因有25个,其中下表达基因5个,上表达基因20个。该变化与细胞内信号传导通路、脂代谢、调控细胞凋亡、调控炎症反应等相关。结论：回神颗粒可以通过调节代谢、凋亡相关基因而有效改善阿尔茨海默病模型小鼠的痴呆程度,发挥抗痴呆的作用。 相似文献
7.
为发掘弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏功能基因、开发环境检测标记基因,本研究采用RNA-Seq技术分别测定了性成熟雌、雄弓背青鳉肝脏转录组,并获得80095044和87043984条clean reads,合并拼接出49912个unigenes(N50=2394bp)。基因表达差异分析显示在雌、雄弓背青鳉肝脏组织中存在571个差异基因(DEGs),其中364个在雄鱼中高表达,207个在雌鱼中高表达。GO和KEGG分析表明差异基因主要参与激素合成、免疫反应、氧化还原反应及卵黄发生等生物学过程。进一步,在转录组中筛选到了多个环境雌激素相关标记基因(vtgs,chgs,er,cyp450等),且这些基因在雌鱼肝脏中的表达水平显著高于雄鱼。研究结果丰富了弓背青鳉的基因资源,为研究基因功能提供了数据,也有助于进一步研究鱼类肝脏在不同性别之间的功能。 相似文献
8.
双壳类适应性进化遗传基础尚未有大量研究。而生活在沿海潮间带和深海环境中的双壳贝类适应性进化的分子机制更鲜有报道。我们首次测序组装了潮间带生活的偏顶蛤Modiolus modiolus的转录组序列。同时与生活在深海热液冷泉喷口的偏顶蛤Bathymodiolus platifrons进行了比较转录组分析，阐明了这两个物种在不同环境中的适应性进化机制。M. modiolus和B. platifrons的转录组组装共产生182，476和156，261个转录本，N50值分别为1，769和1，545。同时注释到27，868和23，588个基因。GO富集分析表明这些基因有相似的富集模式。两物种进化分析鉴定到10，245个直系同源基因，其中26个基因受到强烈正选择（Ka/Ks＞1），12个基因受到中度正选择（0.5M. modiolus的转录组组装拼接序列，同时通过比较转录组学分析阐明了其与近缘物种B. platifrons的适应性进化机制。这为两个物种后续研究提供了序列资源和研究基础。 相似文献
9.
为了解花鲈(Lateolabrax maculatus)的耐碱机制,本研究探讨了碱度长期胁迫对花鲈肾组织转录组的影响。研究设计了3个碳酸盐碱度梯度(0、15和30 mmol/L),基于Illumina Novaseq 6000高通量测序平台进行了花鲈肾组织转录组测序并进行了生物信息学分析。研究表明,con组(0 mmol/L)、AW15组(15 mmol/L)和AW30组(30 mmol/L)分别获得了163 197 546、145 296 406和141 892 236条Clean reads。与con组相比,AW15组和AW30组分别有142和3 103个差异表达基因上调,104和2 235个差异表达基因下调。随机选取9条差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,结果与转录组测序一致,表明本研究中RNA-seq结果具有较高的可靠性。GO富集分析发现,差异基因显著富集在气体运输、GTP酶活性的正调控和水解酶活性的正调控等方面;KEGG通路富集分析表明,差异基因显著富集在细胞周期、DNA复制和癌症中的蛋白多糖等方面。本研究发现了49个持续变化基因(fyn、ceacam和acsl等),这些... 相似文献
10.
研究并建立采自胶州湾的11株大小存在差异的新月细柱藻单克隆培养体系。对其核编码的SSU rDNA基因和叶绿体编码的rbcL基因进行了克隆和测序。序列分析表明，11株C．closterium的SSU rDNA基因和rbcL基因存在很大的序列变异。依据rhcL基因核苷酸序列推导的氨基酸残基变异则明显小于核苷酸变异。分别通过两基因核苷酸序列构建的邻接（Neighbor joining，NJ）系统发育树将11株C．closterium分成相同的6个分支（clade）。通过SSU rDNA基因构建的NJ树将所有的细柱藻聚为一支。SSU rDNA基因NJ树将细柱藻分为2个明显的支系（lineage）：支系Ⅰ由12株C．closterium组成，包括本实验分离到的全部11株C．closterium，该支系中部分节点没有得到较高的支持率（〈50％）；支系Ⅱ包括2株C．closterium和1株C．fusiformis。在rbcL基因NJ树中细柱藻也形成2个支系，11株C．closterium组成1个支系，系统树中每个节点均得到很高的支持率（〉70％）。统计分析表明，支系Ⅰ中株系间的平均遗传距离高于其它微藻种的种内变异程度，差异极显著（P〈0．01）。上述分析结果证实C．closterium实际上是1个种复合体（species complex），可以被细分为若干个种。 相似文献
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对条斑紫菜(Porphyra yezoensis)进行Solexa 高通量测序, 获得低覆盖度全基因组草图。该基因组草图大小约220 Mbp, GC 质量分数53.08%; 包含26 629 个预测基因, 其中16 409 个基因具有内含子,平均每个基因含2.22 个内含子; 基因结构分析表明具有内含子的基因平均长度为2 214 bp, 内含子平均大小319 bp; 代谢通路分析表明嘌呤代谢是含有蛋白数量最多的代谢途径。本研究所得条斑紫菜低覆盖度全基因组草图快速获取了基因组大小和蛋白编码基因结构等基本信息, 证明了使用Solexa 高通量测序技术对条斑紫菜进行全基因组测序的可行性。 相似文献
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鳗草(Zostera marina)作为适应在海洋环境中生长和繁殖的多年生被子植物,是研究海洋高等植物分子进化的理想物种。热激转录因子(HSF)在植物细胞的修复、蛋白的转录修饰以及信号转导中具有重要的作用。为全面了解鳗草基因组中HSF基因家族信息,本文采用生物信息学手段,在鳗草基因组中鉴定了11个ZmHSFs基因,基因长度差异较大,但均不含有内含子。系统发育结果显示11个基因分为HSFA和HSFB两大分支。顺式作用元件分析表明ZmHSFs基因很可能同时受到温度和光照等多种非生物因素的调节。此外,鳗草HSF基因家族数目明显小于其他高等植物,二次入海过程可能导致部分ZmHSFs基因丢失。转录组数据表明HSF基因在3种不同器官中均有表达,且存在一定的器官表达差异。 相似文献
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本研究克隆了三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)胞内氯离子通道蛋白基因,命名为Pt CLIC。该基因c DNA全长2000bp,5’和3’非编码区(UTR)长分别为76bp和1162bp,开放阅读框长762bp,推测编码253个氨基酸,预测分子量为29.2k Da,理论等电点为5.93。生物信息学分析表明,Pt CLIC基因中未发现跨膜结构域,属于不稳定蛋白;同源性分析表明,Pt CLIC基因编码的氨基酸序列与蚤状溞(Daphnia pulex)CLIC基因的同源性高达83%;系统进化分析表明,三疣梭子蟹与拟穴青蟹首先聚为一支;实时荧光定量RT-PCR分析表明,Pt CLIC基因在选取的所有组织中均有表达,在肝胰腺中的相对表达量最高,且显著高于其它组织(P0.05)。低盐度胁迫显著改变了Pt CLIC基因在三疣梭子蟹鳃和肝胰腺中的表达模式,整体呈先上调后下调的趋势,并发现该基因在低盐耐受和低盐敏感家系中的表达规律差异显著。研究结果表明Pt CLIC基因在三疣梭子蟹渗透压调节中发挥重要作用,可辅助三疣梭子蟹耐低盐品系的选育。 相似文献
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草鱼出血病是由草鱼呼肠孤病毒(GCRV)引起的草鱼养殖业一种严重的病毒性出血病,给草鱼养殖产业造成重大损失。该病毒是一种双链分节段RNA病毒,根据GCRV多个病毒分离株基因序列分析及临床发病特点,共有三种基因型GCRV,其中基因Ⅰ型和Ⅱ型较为流行。通过细胞分离培养基因Ⅰ型(GCRV-ZV8909)和Ⅱ型(GCRV-HZ13) GCRV,研制出草鱼出血病二价细胞灭活疫苗,通过绝对定量的方法,测定基因Ⅰ型和Ⅱ型的病毒含量分别为2.0×109及1.5×106 copies/mL。用生理盐水将其分别进行50倍稀释和100倍稀释,包括原液及生理盐水对照共4组,分别腹腔注射免疫(20±5)g健康草鱼,剂量均为0.2mL/尾,每组40尾,各组于免疫后3、5、7、14、21、28、42、56、70、84 d分别取3尾采集血液制备血清。分别利用经原核表达并纯化制备两种基因型GCRV的VP7蛋白以及实验室保存的草鱼IgM单抗,建立了三抗体夹心酶联免疫方法(TAS-ELISA)分析评价疫苗体液免疫效果。结果表明,草鱼经腹腔注射不同剂量的细胞灭活疫苗后,与对照组相比,各免疫组血清抗体均有不同程度的提高,且原液组与50倍稀释组基本持平,但都高于100倍稀释组,各免疫组在免疫后5d即可检测到两种基因型GCRV抗体,且抗体水平持续到84d,但两种基因型抗体水平达到高峰的时间不一致,抗基因Ⅰ型GCRV抗体达到高峰是在28d,抗基因Ⅱ型GCRV抗体是在14d达到高峰。两种基因型抗体水平达到高峰时的血清效价分别为1︰800、1︰600。免疫保护率实验结果表明,原液组保护率最高,为67%,50倍稀释组为60%,100倍稀释组只有33%。 相似文献
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克隆中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）胰蛋白酶基因,参考多种生物的胰蛋白酶基因序列设计出1对简并PCR引物.利用PCR技术从中国对虾基因组DNA中扩增出1条DNA带,经PCR产物回收、纯化,连接到载体质粒,转化细菌,蓝百斑筛选等操作获得了1个阳性克隆.序列分析表明,该序列包含1个内含子和2个不完整的外显子,与已报道的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）胰蛋白酶基因Ⅲ有较高的相似度（identity=79.2%）.综合多种分析,可以推定该序列为对虾的胰蛋白酶基因序列.系统进化分析表明该基因属于胰蛋白酶第三家族. 相似文献
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采用RT-PCR和RACE技术分离、克隆得到曼氏无针乌贼肝脏ALSM(Astacin-like squid metalloprotease)基因。序列分析表明,ALSM cDNA序列全长1418bp,其包括53bp的5’端非翻译区,1290bp阅读框以及含有poly(A)信号AATAAA的75bp3’端非翻译区,阅读框编码429个氨基酸残基。推导蛋白的相对分子质量为48916.31Da,等电点为7.978。ALSM氨基酸序列的同源性分析显示,不同进化地位动物的ALSM氨基酸序列都具有较高的同源性。系统发生树分析发现,曼氏无针乌贼ALSM首先与金乌贼、莱氏拟乌贼、长枪乌贼及太平洋褶柔鱼的ALSM-Ⅰ亚型聚类,再与其ALSM-Ⅱ及ALSM-Ⅲ亚型聚类。生物信息学分析表明,ALSM编码的蛋白为一种亲水性的分泌蛋白。这些结果对进一步研究ALSM的结构与功能以及从基因调控角度探索曼氏无针乌贼在养殖条件下生物学特性变化机理具有重要意义。 相似文献
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磷酸甘露糖异构酶基因(phosphomannose isomerase,PMI)编码磷酸甘露糖异构酶(PMI),可逆催化甘露糖-6-磷酸和果糖-6-磷酸之间的相互转化,在GDP-D-甘露糖的合成中起重要的作用,后者是生物体合成糖蛋白和糖脂必需的前体物质。本文根据在Genbank中已经登录的部分藻类PMI基因序列,与部分细菌、真菌、植物和动物的PMI基因序列做比较,研究其进化趋势和规律及其基因结构,为以后在大型藻类中研究该基因奠定基础。系统进化分析表明,藻类的PMI基因有2个进化方向,绿藻类的PMI基因与高等植物的进化趋势一致;而杂色藻类(硅藻和褐藻)则单独形成一个进化分支。多序列比对表明,磷酸甘露糖异构酶蛋白有3个保守区,其中有4个氨基酸残基位点是金属离子结合位点,分别为2个Glu和2个His。对部分藻类的PMI基因进行结构分析表明:在比较低等的藻类中,PMI基因没有内含子插入,而较高等的藻类中则有不同数目和长度的内含子插入。对部分藻类PMI基因的生物信息学分析结果显示,PMI基因编码的蛋白为酸性蛋白,分子量在40到60kDa之间;二级结构中均以α-螺旋和无规则卷曲为主;三级结构与二级结构相吻合。 相似文献
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以源于东太平洋海水的4株红球菌分离菌Rhodococcussp. EPR-134、Rhodococcus sp. EPR-147、Rhodococcus sp. EPR-157和Rhodococcus sp. EPR-279为研究对象,开展了菌株的色素提取和色素全波长扫描,并基于全基因组测序分析了4株细菌类胡萝卜素代谢通路中的相关基因。色素全波长扫描结果显示,菌株EPR-134不具备类胡萝卜素产生能力,而其它3株红球菌能够产生类胡萝卜素,且所产类胡萝卜素组分不同。基因组分析表明,4个细菌基因组中存在较为完整的促使类胡萝卜素形成的基因簇。对菌株参与番茄红素形成的3个关键基因crt E、crt B和crt I的氨基酸序列同源性两两比对分析表明,菌株EPR-134 3个基因氨基酸序列与其它3个菌株相应基因氨基酸序列同源性最低,这可能是导致该菌株不产类胡萝卜素的关键原因。该研究结果为产类胡萝卜素红球菌的遗传改造,以及为产类胡萝卜素工程菌的构建奠定了前期基础。 相似文献