大弹涂鱼自然种群遗传多样性的RAPD分析   总被引：13，自引：1，他引：12  

金春华  钟爱华  黄福勇  张春丹  李明云 《海洋科学》2004,28(12):26-30

2002年9月以采自浙江宁海三门湾海区的大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris L．)为材料,对大弹涂鱼自然种群的遗传多样性进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,20个引物共扩增出100个DNA片段,多态位点比例(P)为21％,任意两个个体间遗传相似度(F)最大为0．9938,最小为0．9239,平均为0．9645。任意两个个体间的遗传距离(D)最大为0．0761,最小为0．0062,绝大多数为0．02000～0．0500;大弹涂鱼自然种群的平均杂合度(He)为0．2018,D平均值为0．0355;Shannon多样性指数(Ho)和Shannon多样性值(H)分别为5．918和0．0592。研究结果表明大弹涂鱼的遗传多样性水平比较低,应加强大弹涂鱼种质资源的保护。  相似文献   

DNA序列新特征的提取方法及其在重组位点识别中的应用     

程丽荣  赵熙强 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2023,(6):59-64

为提升重组位点识别的预测性能,本文提出了一种新的特征提取方法来识别重组位点。分别利用Word2Vec模型编码的3-gram向量和DNA特性获得两组表示DNA序列的新特征,与已有的特征(FastText模型获取)进行组合来表示DNA序列,使用支持向量机为分类算法,在基准数据集上进行5倍交叉验证。研究表明,本文提出的方法在识别重组位点方面获得了93.88%的敏感性、95.08%的特异性、94.54%的准确率和0.890 2的马修斯相关系数,以上指标均优于现有的方法,本文所提出的方法为解决生物学的序列信息提取问题提供了一种新思路。  相似文献   

鄱阳湖流域蚌类环境DNA宏条形码引物的筛选验证   总被引：1，自引：0，他引：1  

陈金萍  周春花  欧阳珊  黄晓晨  吴小平 《湖泊科学》2021,33(4):1254-1264

环境DNA技术是一种非侵入、高灵敏、高效率且对环境无破坏性,对生物体无损伤的调查工具.为了筛选适合于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物,本研究通过对鄱阳湖流域24种常见蚌的基因组DNA进行普通扩增和高通量测序筛选了11对引物(设计了9对通用引物及从相关文献中引用了2对引物),结果显示引物cyt b和16S rRNA具有良好的扩增效果和高辨别度.进一步用环境样本(n=6)并结合传统采样技术对这2对引物进行验证,结果表明:使用引物16S rRNA共注释到蚌科物种6属8种,蚌科物种序列占总序列数的26.69%;而使用引物cyt b共注释到蚌科物种4属6种,蚌科物种序列占总序列数的6.60%.引物16S rRNA更适合用于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物.在生物多样性监测中环境DNA技术可以作为传统方法的有效补充,且同时使用多对引物,可增加可信度和检测率.  相似文献   

滇池铜绿微囊藻(M. aeruginosa Kutz)的分离培养与总DNA提取的改进   总被引：6，自引：0，他引：6  

陆源  文建凡  吕天雯 《湖泊科学》2001,13(3):285-288

利用稀释法结合平板分离培养法将采用滇池水华中的铜绿微囊灌进行了成功的分离纯化,对比纯化培养前后,发现纯化后该藻的生长速度明显加快,密度大为提高,约为纯化前的5倍,由乙醇乙醚混合液对该灌作预处理后,破坏了其胶质被,再经常规方法提取总DNA,其得率提高3－4倍。  相似文献   

军曹鱼的分子遗传特性研究   总被引：9，自引：1，他引：8  

刘楚吾  刘丽  王中铎  黎雨轩 《热带海洋学报》2005,24(1):77-85

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)和线粒体DNA(mtDNA)的限制性片段长度多态性(RFLP)分析方法对广东湛江近海军曹鱼Rachycentron canadum的分子遗传学特征进行了研究。RAPD研究结果显示17个引物共检测到119个位点,其中多态位点比例P为80．85％,遗传相似系数S为0．7400,遗传距离D为0．2600,Nei基因多样性指数H为0．3009,Shannon信息指数I为0．4498。结果表明,军曹鱼的遗传多样性比较丰富。用19种识别5、6碱基的限制性内切酶对军曹鱼的mtDNA RFLP进行了分析研究,构建其mtDNA物理图谱;用引物5’-GTG ATC TGA AAA ACC ACC GTT G-3’和5’-AAT AGG AAG TAT CAT TGC GGT TTG ATG-3’扩增线粒体细胞色素b区段,得到稳定的850bp大小的特异性条带,用18种识别4-6碱基的限制性内切酶对扩增片段的限制性长度多态性进行分析,并测定其序列。  相似文献   

聚球藻病毒研究进展     

蔡海元  焦念志 《地球科学进展》2010,25(10):1031-1039

聚球藻是海洋浮游植物群落的优势组分,是全球碳循环的主要参与者和初级生产力的主要贡献者.聚球藻病毒对聚球藻有较高的致死率,聚球藻病毒对聚球藻的裂解对碳的生物地球化学循环有十分重要的作用.对聚球藻病毒的宿主、分类和生活方式作了简介,综述了聚球藻病毒研究方法、生态分布特征、遗传多样性与宿主的关系及其进展,评述了不同基因标记物在聚球藻病毒分子生态学应用上的优缺点,最后提出了聚球藻病毒的研究展望.旨在为海洋病毒生态学,海洋碳循环的研究提供参考.  相似文献   

基于形态学与核糖体DNA及其cDNA高通量测序的海洋沉积物中纤毛虫多样性比较     

黄平平  赵峰  徐奎栋 《海洋与湖沼》2017,48(2):285-296

高通量测序技术广泛应用于环境真核微生物多样性的研究,可检获较之传统形态学方法更高的多样性。然而,检获的高分子多样性与基于形态的物种多样性在构成上的差异仍然不明。本研究首次对比分析了基于形态学的南黄海沉积物中的纤毛虫物种多样性与基于核糖体18S DNA和c DNA高通量测序的多样性异同。结果表明:形态鉴定获得8纲、20目、30科、36属共97种纤毛虫;DNA测序检获10纲、28目、55科、76属共174个OTUs;而通过c DNA测序获取的纤毛虫多样性最高,获10纲、31目、68科、99属共284个OTUs。研究发现,形态学方法检获的纤毛虫均为底栖生纤毛虫;两种分子手段检获的多样性更高,群落结构更为近似,覆盖了形态鉴定所获的绝大部分类群。但DNA测序还检获了序列比例高达90%的浮游类群,可能源于包囊或死亡沉降的物种;而c DNA测序检获了约7%的浮游纤毛虫序列。较之DNA测序,c DNA法检获的底栖纤毛虫在群落结构上与形态学结果更为接近。本研究表明,分子手段有助于更全面地揭示沉积物中的纤毛虫多样性,DNA测序可同时揭示休眠包囊、胞外DNA及过去群落的信息,而c DNA测序在研究活动纤毛虫多样性上更有优势。  相似文献   

Differentiation of coral trout (Plectropomus leopardus) based on an analysis of morphology and complete mitochondrial DNA: Are cryptic species present?     

CAI Xiaopeng  QU Meng  DING Shaoxiong  WANG Hangjun  WANG Hongjie  HU Luyi  SU Yongquan 《海洋学报(英文版)》2013,32(6):40-46

Two morphotypes of Plectropomus leopardus have been identified; morphometric and meristic analyses show that there is no diagnostic difference between them. A difference in color pattern was the most appropriate phenotypic character with which to distinguish between the two morphotypes. Complete mitochondrial DNA sequencing, however, indicated a clear difference between the two morphotypes. Barcoding analysis revealed no significant difference (P>0.05) in CO1 or ND2 divergence among intramorphotypic individuals, even between geographically separated populations, whereas the intermorphotypic CO1 and ND2 divergences were large enough (averaging 0.95% for CO1 and 1.37% for ND2) to clearly discriminate between the two morphotypes. The color pattern difference, geographical distribution, together with the mtDNA and barcode sequencing data, suggest that the two morphotypes should be of two subspecies or even two species.  相似文献   

中华哲水蚤(Calanus sinicus)个体核酸含量及其对生长状况的指示作用     

宁娟  李超伦  孙松 《海洋与湖沼》2013,44(3):734-740

采用荧光染色法对黄、东海春、秋季中华哲水蚤(Calanus sinicus)个体核酸含量进行了研究,初步探讨了RNA∶DNA比对中华哲水蚤生长状况的指示作用。结果表明,中华哲水蚤在饥饿培养24h后RNA∶DNA比值显著降低;雄性个体RNA含量和RNA∶DNA比值显著低于雌体和C5期幼体;春、秋季(2009年5月和2010年11月)个体RNA含量和RNA∶DNA比值存在显著的空间变化,两者最高值均出现在近岸;两个月份DNA含量相对稳定,在2.5—3.5μg/ind之间;个体RNA含量和RNA:DNA比值与叶绿素之间显著正相关,说明饵料是中华哲水蚤的生长过程中重要的影响因素。  相似文献   

DNA barcoding of Antarctic marine zooplankton for species identification and recognition     

CHENG Fangping  WANG Minxiao  SUN Song  LI Chaolun  ZHANG Yongshan 《极地研究(英文版)》2013,(2):119-127

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