鳗草HSF基因家族的筛选与生物信息学分析     

唐学玺  尚帅  臧宇  陈军  薛颂 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,50(9)

鳗草(Zostera marina)作为适应在海洋环境中生长和繁殖的多年生被子植物,是研究海洋高等植物分子进化的理想物种。热激转录因子(HSF)在植物细胞的修复、蛋白的转录修饰以及信号转导中具有重要的作用。为全面了解鳗草基因组中HSF基因家族信息,本文采用生物信息学手段,在鳗草基因组中鉴定了11个ZmHSFs基因,基因长度差异较大,但均不含有内含子。系统发育结果显示11个基因分为HSFA和HSFB两大分支。顺式作用元件分析表明ZmHSFs基因很可能同时受到温度和光照等多种非生物因素的调节。此外,鳗草HSF基因家族数目明显小于其他高等植物,二次入海过程可能导致部分ZmHSFs基因丢失。转录组数据表明HSF基因在3种不同器官中均有表达,且存在一定的器官表达差异。  相似文献   

海洋细菌SAR86研究进展     

王丹  吴冬梅  刘嘉佩  王健鑫 《海洋科学》2018,42(9):135-142

变形菌门是海洋环境中最主要的微生物类群,其中属于γ-变形菌门的海洋细菌SAR86成为近来研究的热点之一。本文从海洋细菌SAR86的系统发育多样性、生态分布、基因组学以及在海洋生物地球化学循环中的作用等四个方面对相关研究进行回顾与展望。  相似文献   

文昌鱼线粒体基因组特征分析及分子标记探讨     

申欣  田美  孟学平  程汉良 《海洋科学》2011,35(7):7-13

线粒体基因组已被广泛应用于后生动物分子系统发育和群体遗传的研究。文昌鱼（Amphioxus）作为研究脊椎动物起源和进化的模式动物,在脊椎动物起源和进化研究中占据极为重要的位置。作者综合分析文昌鱼2科7个种的51条线粒体基因组全序列,全面揭示了文昌鱼线粒体基因组的基本特征。文昌鱼线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因...  相似文献   

长牡蛎基因组微卫星引物的开发和特性描述   总被引：1，自引：0，他引：1  

韩斐斐  亓海刚  李莉  张国范  闫喜武  李慧娟  杨霏  王琳楠 《海洋通报》2011,30(5):566-571

长牡蛎于20世纪80年代从日本引进中国.在我国,长牡蛎已经成为重要的贝类养殖产业之一.本实验从全基因组上筛查微卫星序列,在微卫星筛查的范围、数目和类型上是传统的富集文库法开发微卫星所无法比拟的.利用基因组微卫星序列总共设计了104对引物,54对引物能扩增出目的片段,其中有34对引物显示多态性扩增,占32.7％,20对引...  相似文献   

小麦基因组比人类更复杂     

《海洋世界》2010,(10):7-7

基因组的复杂性与生物个体大小可没什么直接联系，比如小麦的基因组就比人类的要复杂得多。 每个人都做梦。但大多数人醒来后不久就想不起来梦的内容了，最多只留下一点印象。那些醒后还清晰记得梦的内容的，一般被认为是睡眠质量不高，或者是多梦。有些医生按照传统观念，也承认多梦是大脑不曾休息或休息不好的表现。  相似文献   

7个海星动物线粒体基因组比较及基因变异位点分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

田美  申欣  孟学平  程汉良 《台湾海峡》2012,31(2):189-194

与单基因相比,线粒体基因组是一个完整的体系,具有信息量丰富等优点,在过去的十几年间被广泛地应用于后生动物关键类群的分子系统发育和群体遗传学的研究.本论文综合分析了海星纲7个物种(多棘海盘车、赭色豆海星、多棘槭海星、砂海星、长棘海星、棘冠海星和海燕)线粒体基因组全序列,全面揭示了海星纲线粒体基因组的基本特征.海星线粒体基因组均编码后生动物线粒体基因组标准的37个基因.7个海星线粒体基因组的基因排列完全一致;与海胆纲及海参纲楯手目线粒体基因组的基因排列相比,海星线粒体基因组的基因排列存在4.6 kb长片段的倒位.长棘海星属13个线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)比值都低于1.000 0(为0.006 0～0.221 9),显示出较强的负(纯化)选择.对海星纲线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,nad5、nad4基因可作为备选的分子标记,应用于海星纲群体遗传学的研究中.同时,在长棘海星属线粒体基因组变异位点分析中,nad5、nad4基因仍然可作为备选的分子标记,用于分析长棘海星不同群体及物种之间的生物多样性,为合理利用其生物资源及其生物多样性的保护提供基础资料.  相似文献   

长囊水云叶绿体基因组密码子使用特征分析          下载免费PDF全文

刘福利  王飞久  邵展茹 《海洋科学进展》2012,30(4)

长囊水云(Ectocarpus siliculosus)是一种重要的海洋褐藻,是褐藻研究的模式生物.以其叶绿体全基因组序列为基础,对密码子使用特征进行分析.结果显示,叶绿体基因组的GC尤其是GC3值较低,分别为31.8％和17.32％,偏向使用以A或T碱基结尾的密码子;全基因组具有较小的有效密码子数(ENC)值和较高的密码子适应指数(CAI)值,表明其具有较高的同义密码子使用偏性;密码子使用特征受到基因表达水平上的自然选择以及基因碱基组成中性突变的双重影响,其中选择的作用对高表达基因密码子使用偏性的影响比较突出,而突变是低表达基因密码子使用偏性的主要影响因素.另外,首次确定UUU,GUU,UCA等12个密码子为长囊水云叶绿体基因组的最优密码子.  相似文献   

8种石首鱼类线粒体基因组特征及分子系统进化分析     

孙利元  杨天燕  孟玮  杨宝清  张涛 《海洋科学》2017,41(3):48-54

为探讨石首鱼科(Sciaenidae)鱼类分子系统进化关系,采用生物信息学方法分析了黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)、棘头梅童鱼(C.lucidus)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、小黄鱼(L.polyactis)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、白姑鱼(Pennahia argentata)、黄姑鱼(Nibea albiflora)和皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)共8种石首鱼类线粒体基因组全序列的基本特征。结果显示,除皮氏叫姑鱼外,其余7种石首鱼类编码的37个基因排列顺序与脊椎动物线粒体基因组相同。基因组碱基分布存在不均衡现象,A+T含量高于G+C含量。线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,ND4和ND5基因可作为COI基因的辅助分子标记,应用于石首鱼类群体遗传学的研究中。黄鱼亚科5种鱼类13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值远低于1,显示出较强的纯化选择。皮氏叫姑鱼与其他石首鱼间的遗传距离均较大且亲缘关系较远,暗示叫姑鱼属或为石首鱼类中较为原始的类群。基于线粒体基因组全序列构建NJ系统树支持黄鱼亚科和白姑鱼亚科亲缘关系较近的形态学结论。而基于去除控制区后序列和13个蛋白质编码基因序列构建的系统树则表明两亚科鱼类间的差别在非编码区更为明显。  相似文献   

Construction of a Muscle cDNA Library of Chinese Shrimp Fenneropenaeus chinensis and Sequence Analysis of the Troponin I Gene     

LI Jitao  CHEN Ping  LI Jian  LIU Ping  HE Yuying  WANG Qingyin 《青岛海洋大学学报(英文版)》2010,(1):81-86

  相似文献   

4株海洋红球菌产类胡萝卜素分析及其全基因组测序          下载免费PDF全文

张帝  张宁  陈吉刚  杨季芳 《海洋学研究》2016,34(4):78-83

以源于东太平洋海水的4株红球菌分离菌Rhodococcussp. EPR-134、Rhodococcus sp. EPR-147、Rhodococcus sp. EPR-157和Rhodococcus sp. EPR-279为研究对象,开展了菌株的色素提取和色素全波长扫描,并基于全基因组测序分析了4株细菌类胡萝卜素代谢通路中的相关基因。色素全波长扫描结果显示,菌株EPR-134不具备类胡萝卜素产生能力,而其它3株红球菌能够产生类胡萝卜素,且所产类胡萝卜素组分不同。基因组分析表明,4个细菌基因组中存在较为完整的促使类胡萝卜素形成的基因簇。对菌株参与番茄红素形成的3个关键基因crt E、crt B和crt I的氨基酸序列同源性两两比对分析表明,菌株EPR-134 3个基因氨基酸序列与其它3个菌株相应基因氨基酸序列同源性最低,这可能是导致该菌株不产类胡萝卜素的关键原因。该研究结果为产类胡萝卜素红球菌的遗传改造,以及为产类胡萝卜素工程菌的构建奠定了前期基础。  相似文献