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1.
《广东海洋大学学报》2015,(4)
采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptors-α,PPARα)基因的c DNA序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征。结果表明:卵形鲳鲹PPARα基因(Gen Bank登录号KP893147)c DNA全长1 930 bp,开放阅读框(ORF)为1 425 bp,共编码474个氨基酸,其编码的蛋白质为不稳定蛋白,无信号肽和跨膜结构,二级结构由α螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成,且α螺旋占较大比例;预测显示,该蛋白有PPARs基因家族典型的DNA结合区(DBD)和配体结合区(LBD);序列对比表明,卵形鲳鲹PPARα基因与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、花鲈(Lateolabrax japonicas)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、金头鲷(Sparus aurata)、军曹鱼(Rachycentron canadum)等有较高的同源性(81%~89%);蛋白系统进化树分析显示,在人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)、鸭(Gallus gallus)、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中,卵形鲳鲹的PPARα蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切(94%),与人(68%)、鼠(68%)、鸭(67%)等的同源性较低。荧光定量分析显示,卵形鲳鲹PPARαm RNA在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高,其次是皮肤、肌肉,在心脏、肝脏中表达量较低。 相似文献
2.
《中国海洋湖沼学报》编辑部 《海洋科学》2011,35(8):119-121
任世英,刘飞,李相前,等:以海洋聚磷菌(Halomonas)YSR-3的总DNA为模板,用PCR法扩增D-海因酶基因,将扩增片段克隆到pGM—T载体,转化大肠杆菌(Escherichiacoli)TOP10菌株,经蓝白斑筛选、菌落PCR得到阳性克隆, 相似文献
3.
利用选择性筛选培养基从所构建的深海沉积物宏基因组文库中筛选得到一株产蛋白酶的克隆(CAPR0002),对其进行了酶学性质分析.结果表明该酶的最适作用温度为65cc,最适作用pH值为9.0.该蛋白酶具有较好的热稳定性,在40cC以下的温度中可长期保持稳定,在50℃中处理6h后仍能保持60%的活力,在60℃下保温30rain后仍能保持约60%的活力.Ca^2+、Mg^2+、sr^2+、co^2+对该蛋白酶有明显的促进作用,而且ca^2+的存在可明显提高该蛋白酶的热稳定性,ca^2+、sr^2+、c0^2+这3种离子均在3.0mmol/dm^3。浓度时具有最高的促进作用,当浓度高于3.0mmol/dm’时,这3种离子对酶活力的促进作用减弱.Hg^2+、Fe^2+、cu¨对酶有明显的抑制作用.CAPR02蛋白酶在pH值为7。5~9.5时活力较高,pH值为7。5时可保持约80%的活力,pH值为9.5时保持60%的活力,而在pH值高于9.5的条件下酶活力下降较快,pH值为10.0时活力降为约15%,表明CAPR02属于碱性蛋白酶.丝氨酸蛋白酶抑制剂PMSF、E一64和AEBSF对CAPR02蛋白酶均无抑制作用,显示该酶不属于丝氨酸蛋白酶,而EDTA对酶有明显的抑制作用,表明该酶属于金属蛋白酶. 相似文献
4.
A psychrophilic bacterium strain 547 producing cold-adaptive alkaline protease was isolated from the deep sea sediment of Prydz Bay, Antarctica. The organism was identified as a Planomicrobium species by 16S rRNA analysis. The optimal and highest growth temperatures for strain 547 were 15℃ and 30℃, respectively. The extracellular protease was purified by ammonium sulfate precipitation and DEAE cellulose-52 chromatography. The optimal temperature and pH for the activity of the purified enzyme were 35 ℃ and pH 9.0, respectively. The enzyme retained approximately 40% of its activity after 2 h of incubation at 50℃. The enzymatic activity was inhibited by 1 mmol/L phenylmethyl sulfonylfluoride (PMSF) and hydrochloride 4-(2-aminoethyl)-benzenesulfonyl fluoride (AEBSF), indicating that it was a serine protease. The presence of Ca2+ and Mn2+ increased the activity of the enzyme. The protease gene with a size of 1 269 bp was cloned from Planomicrobium sp. 547 using primers designed based on the conserved sequences of proteases in GenBank. The Planomicrobium sp. 547 protease contained a domain belonging to the peptidase S8 family, which has a length of 309 amino acid (AA) residues. The alignment and phylogenetic analysis of the AA sequence indicated that the protease belonged to the subtilisin family. 相似文献
5.
本研究旨在从DNA分子水平上研究中国鲎(Tachypleus tridentatus)种群遗传多样性及种群结构等相关信息,以期为保护其野生群体种质资源提供科学依据。本研究通过生物素—磁珠富集法筛选微卫星标记,构建中国鲎基因组微卫星文库。基因组DNA经Fast Digest Tru1I酶切后,选取400 bp~1000 bp片段,用生物素标记的(GT)15、(CT)15混合探针与其杂交,杂交复合物与链霉亲和素磁珠结合,捕获含有重复序列的微卫星片段,纯化后连接PMD19-T载体克隆,构建基因组微卫星文库。从334个阳性克隆中随机选取196个片段大于400 bp的阳性克隆进行测序,共获得127个微卫星序列,其中完美型占69.3%、非完美型占11.0%、复合型占19.7%。除探针使用的GT和CT的重复序列外,还筛选到多碱基GCT、TGG、AAAC、ACAA、GATTT、TTTTA的重复序列。根据微卫星序列设计选择合成40对引物,结果显示其中3对具有较高多态性,可作为进一步评价中国鲎野生种质资源等遗传信息的有效遗传标记。 相似文献
6.
针对蓝藻水华频发影响水体质量和生态环境的问题,该文以太湖为例,探讨了元胞自动机和克隆选择算法在蓝藻水华预测方面的可行性。使用遥感经验算法计算水体叶绿素a浓度;将叶绿素a浓度分布数据作为预测模型的输入数据,将基于平衡方程的预报模型与元胞自动机进行耦合,对蓝藻水华时空变化过程进行了动态模拟;在预测方面实现了蓝藻水华空间分布情况的可视化,并采用克隆选择算法优化了预测模型中的重要参数。研究结果表明:利用克隆选择算法优化的元胞自动机模型能够在蓝藻水华预测中直观地显示蓝藻水华的时空变化特征;能够在短时间内重复性地预演蓝藻水华的变化过程,为决策者提供有用的参考。 相似文献
7.
大黄鱼肌肉组织cDNA全长文库的构建及EST分析 总被引:1,自引:0,他引:1
以大黄鱼肌肉组织为材料,利用Creator Smart cDNA Library Construction Kit构建了大黄鱼肌肉组织的全长cDNA文库.文库质量分析表明:cDNA文库容量不低于1.68×106cfu/mm3,重组率达96%,插入片断的平均长度大于1 000bp.随机挑取512个cDNA克隆进行5’端测序,其中430条ESTs的长度大于100bp;并初步拼接得到了230个单基因簇(unigene),其中包括58个重叠群(contigs),172个单拷贝ESTs(singletons),冗余度为46.51%.经检索,35个ESTs在BLASTx上无明显的同源性(E值≤1.00×10-10),为新基因.195个ESTs与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的20.00%.蛋白质合成、细胞骨架和信号传导次之,比例分别为13.48%、12.17%、10.00%,其中包括高迁移率族蛋白B1、瘦素受体、β1-热激蛋白等.这些EST数据为进一步筛选和克隆大黄鱼肌肉特异性表达基因提供了平台. 相似文献
8.
东海原甲藻cDNA文库构建及尝试性EST分析 总被引:2,自引:0,他引:2
东海原甲藻(Prorocentrumdonghaiense)是中国沿海频繁发生的大规模赤潮的原因种之一,大规模分离鉴定东海原甲藻功能基因是理解东海原甲藻赤潮形成过程和机理的重要基础。取对数生长期藻体,经微量总RNA抽提、cDNA合成、cDNA扩增和克隆等步骤,构建了东海原甲藻cDNA文库并进行了尝试性表达序列标签分析。从含有约5000个转化子的文库中随机取150个测序,获得126条EST序列。经网上BlastN及BlastX分析,共发现11个是已知功能的基因的标签。这些基因与东海原甲藻生长发育、物质转换和能量代谢相关。 相似文献
9.
检测cDNA文库克隆中插入片段大小的简易方法 总被引:6,自引:0,他引:6
在cDNA文库克隆的大规模测序之前 ,一般需对克隆中插入片段的大小进行检测。传统的检测方法是首先用煮沸法[1,2]或碱裂解法[1,3]提取质粒DNA ,然后用限制性内切酶进行酶切分析。在对大量的克隆进行检测时 ,这种方法则显得十分烦琐、费时。Zon等[4]于1989年提出了一种基于PCR技术的直接用于克隆检测的方法。与传统的酶切检测法相比 ,此种方法相对简单、快速得多。但是它仍然需要提取质粒DNA ,而且实验成本较高。新近 ,Tarig[5]等对Zon等的方法进行了进一步的改进。改进后的方法不需要提取质粒D… 相似文献
10.