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16SrDNA克隆文库解析仿刺参(Apostichopus japonicus)苗种培育池中生物絮团的细菌群落结构 总被引：1，自引：0，他引：1
通过采集东营和蓬莱地区采用生物絮团技术的仿刺参(Apostichopus japonicus)苗种培育池(DYt和PLt)及其对照池(DYc和PLc)海水样品,构建细菌16S r DNA克隆文库,对其中细菌群落的多样性和群落组成结构进行了分析。结果表明,四个文库Coverage值在34.7%—54.8%之间,文库丰富度指数(Chao)66.2—314.1,Shannon多样性指数从3.01—4.07变动,Pielou均匀度指数0.68—0.85,样品的细菌群落均具有很高的多样性,蓬莱仿刺参苗种培育池细菌多样性均高于东营;生物絮团文库中细菌包括拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形细菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等八个菌门和未知类群,黄杆菌群(Flavobacteria)、α-变形菌群(Alphaproteobacteria)和芽孢杆菌群(Bacilli)为主要优势菌群;DYt和PLt处理组文库细菌多样性减少并出现特征菌群,生物絮团调控技术改变了仿刺参苗种培育环境的微生物群落结构。生物絮团的细菌群落结构研究,为揭示生物絮团的作用机制并进一步有效利用提供研究基础和依据。 相似文献
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提要 通过采集东营和蓬莱地区采用生物絮团技术的刺参(Apostichopus japonicas)苗种培育池(DYt和PLt)及其对照池(DYc和PLc)海水样品,构建细菌16S rDNA 克隆文库,对其中细菌群落的多样性和群落组成结构进行了分析。结果表明,四个文库Coverage值在34.7%～54.8%之间,文库丰富度指数(Chao)66.2～314.1,shannon多样性指数从3.01～4.07变动,Pielou均匀度指数0.68～0.85,样品的细菌群落均具有很高的多样性,蓬莱刺参苗种培育池细菌多样性均高于东营;生物絮团文库中细菌包括拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形细菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等八个菌门和未知类群,黄杆菌群(Flavobacteria)、α-变形菌群(Alphaproteobacteria)芽孢杆菌纲(Bacilli)为主要优势菌群;DYt和PLt处理组文库细菌多样性减少并出现特征菌群,生物絮团调控技术改变了刺参苗种培育环境的微生物群落结构。生物絮团的细菌群落结构研究,为揭示生物絮团的作用机制并进一步有效利用提供研究基础和依据。 相似文献
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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2016,(1)
为研究黄河口潮滩细菌群落结构特征及其影响因素,本文于2012年5月在黄河口口门的潮间带区域,以变性梯度凝胶电泳(DGGE)为主要手段,分析了沉积物的生物学信息和主要理化参数(颗粒中值粒径、总氮、总磷、有机碳和叶绿素a)。结果显示,研究区域大致呈现出低有机碳、高营养盐的环境特征;DGGE图谱分析共获得38个不同位置的条带;多样性指数在表层沉积物中变化范围为2.38~2.64,垂直方向上从表到底逐渐降低(2.45~2.78)。NMDS分析显示,环境特征相近的细菌群落,其组成相似性较高。CCA分析中总氮、总磷、有机碳和叶绿素a对细菌群落组成影响显著。测序结果表明,该区域优势菌群隶属变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria),以及一些未分类的生物类群。 相似文献
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东太平洋深海沉积物中DNA的提取及细菌多样性初步分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以东太平洋海隆附近深海柱状沉积物为材料，通过化学裂解和酶消化相结合的方法提取了沉积物微生物的总基因组DNA，并进行了纯化。结果表明所得到的DNA分子片段大小在21kb左右，纯化后的DNA可直接用于PCR等分子生物学操作。细菌16SrDNAV3可变区的PCR—DGGE图谱展示出15条以上条带，表明深海沉积物中细菌多样性较高，群落结构比较复杂。对其中9条主要条带进行回收、测序和系统发育分析，结果表明所获得的序列分属放线菌门（Actinobacteria），绿弯菌门（Chloroflexi），γ-变形细菌亚门（Gamma—proteobacteria），α-变形细菌亚门（Alpha—proteobacteria）和嗜酸菌门（Acidobacteria）5个大类群。 相似文献
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通过提取山东半岛北岸不同类型潮间带海水样品的总DNA,构建16S r DNA文库,利用群落相似性分析(ANOSIM)和非度量多维尺度转换排序(NMDS),探究潮间带类型对浮游细菌群落结构的影响,并对比了与近海浮游细菌群落结构的差异。分析结果显示,浮游细菌的丰度及多样性受到潮间带类型的影响,烟台养马岛泥滩、石滩、辛安河沙滩、黄河三角洲碱蓬区和天鹅湖海草区以变形菌门占优势,而黄河三角洲米草区以拟杆菌门为优势菌,其中,天鹅湖海草区浮游细菌的丰富度和多样性最高。潮间带海水中浮游细菌的组成与近海存在显著差异,潮间带浮游细菌的丰度及多样性均显著高于近海。推测季节因素、植被类型、有机质来源可能是造成潮间带不同生境与近海浮游细菌多样性差异的重要因素。 相似文献
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采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术分析了香鱼(Plecoglossus altivelis)养殖群体的遗传多样性,并筛选性别特异性分子标记。结果表明,15对选扩引物组合共扩增到889个位点,其中多态性位点380个,多态率为42.74%;群体Nei氏遗传多样性指数为0.1454,Shannon氏指数I为0.2174。香鱼养殖群体的遗传多样性较丰富,处于中等偏上水平。仅引物组合E-ATG/M-CTG扩增到1条雄性特异性条带,长度为139bp。以该雄性特异性AFLP条带的DNA序列为模板,设计1对特异的PCR引物并在10尾已知性别的香鱼(雌雄各5尾)中扩增检验,结果显示5尾雄鱼均可扩增到目的条带而5尾雌鱼均无扩增。表明该序列是雄性特异性分子标记,可用于鉴别香鱼的遗传性别,并为香鱼的性别决定机制和性别控制研究奠定基础。 相似文献
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辽河口沉积物中古菌和细菌群落结构分析 总被引：5，自引：1，他引：4
本研究旨在了解辽河口表层沉积物中古菌和细菌的群落结构组成、多样性及其与环境因子之间的相关性。采用构建古菌和细菌16S rRNA基因文库的方法，应用Illumina Miseq测序技术进行序列分析。结果表明:辽河口表层沉积物中细菌多样性高于古菌多样性，近岸细菌和古菌多样性高于远岸，即河相区（0.8~7.04）细菌多样性高于混合区（13.1~20.7）和海相区（24.2~31.5）；主要古菌群落为奇古菌门（Thaumarchaeota，72.73%）和广古菌门（Euryarchaeota，25.05%），其中泉古菌门（Crenarchaeota，0.001%）只在河相区站位被发现；细菌群落组成中变形菌门（Proteobacteria，61.94%）为该河口的优势菌群，其次为拟杆菌门（Bacteroidetes，11.21%）和酸杆菌门（Acidobacteria，5.59%），其他门类如蓝藻门（Cyanobacteria，3.03%）等比例较小。与环境因子的冗余度分析表明:影响表层沉积物中古菌群落分布的主要环境因子依次为氨盐、泥、酸碱度、盐度、电导率和砂，而细菌群落的分布主要受到溶氧、泥、砂、黏土和总磷的影响。由此可见，不同环境条件下微生物的群落结构存在空间异质性，不同微生物对同一环境条件的响应亦不同。 相似文献
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采用16S rDNA文库和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术,对黄海西北部3个近岸站位沉积物中细菌群落多样性及空间分布特征进行了调查和解析。对表层沉积物16S rDNA序列统计表明,各站位细菌群落多样性很高,γ-和δ-变形菌纲分别占克隆序列总数的20%~32%,是沉积物中的绝对优势类群。DGGE图谱分析表明,同一站位中不同深度的细菌群落结构相似性较高,而不同站位间群落结构相差较远。研究表明在黄海西北近岸沉积物中细菌群落多样性较高,优势类群明显,在较小尺度范围内群落结构的垂直变化不明显。 相似文献
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潮间带污泥中厌氧发酵产氢混合菌群组成与 Fe-氢酶基因多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以采自天津海水浴场潮间带的污泥为研究材料,将污泥热休克处理后富集混合菌群进行厌氧发酵产氢,测定混合菌群在发酵过程中累积产氢量和相关产氢指标(吸光度、酸碱度和氧化还原电位)的变化。结果表明,热休克处理后富集的产氢混合菌群产氢量为0.41mol H2/mol葡萄糖。产氢结束后,利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析混合菌群组成和Fe-氢酶基因的多样性。混合菌群基因组DNA的16S rRNAV3区扩增产物经过DGGE电泳分离,结果得到6条丰度比较高的条带,测序结果表明优势菌为Clostridium sp.。利用梭菌氢酶基因保守性引物克隆混合产氢菌群中梭菌Fe-氢酶基因,扩增产物经DGGE电泳分离,电泳结果表明混合菌群中Fe-氢酶基因分为3个分类单元,NCBI-BLAST比对结果与Clostridium roseum和Clostridium perfringens的Fe-氢酶基因相似度分别为79%和98%。分析产氢混合菌群组成和Fe-氢酶基因多样性,可以为扩大产氢微生物种质资源奠定基础。 相似文献
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渤海3个河口区底栖硅藻群落的时空变化特征 总被引：1，自引：0，他引：1
底栖硅藻是河口泥滩系统中的重要初级生产者，其群落结构的时空变化可显著影响到河口底栖动物生产力。本研究选取渤海区域的大辽河口、汉沽河口和黄河口为研究对象，分析了泥滩中底栖硅藻群落结构的季节变化特征(2014?2016年)与空间差异，并探讨了环境因素的影响作用。结果表明，3个河口区底栖硅藻多样性和生物量高峰均出现在秋季，优势种存在显著季节演替特征；在空间上，大辽河口和汉沽河口的底栖硅藻生物量显著高于黄河口。底栖硅藻群落结构与多种环境因子的相关性分析表明，温度和营养盐浓度变化对底栖硅藻群落的季节性特征影响显著；河口沉积物的粒径、潮差与径流量可能是造成底栖硅藻群落空间差异的重要因素，黄河口较低的底栖硅藻生物量显著受限于较粗的沉积物粒径和显著的磷限制。 相似文献
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东海南部海域头足类群落结构特征及其与环境关系 总被引：7，自引：0，他引：7
根据2008年春(5月)、夏(8月)、秋(11月)、冬(2009年2月)四季东海区桁杆拖虾网调查期间所采集的头足类资料,分析了东海南部海域头足类种类组成及优势种,采用生态多样性指数分析了群落物种多样性,并运用典范对应分析法研究了头足类群落变化与主要环境因子的关系。结果表明:东海南部海域共捕获头足类22种,隶属于3目6科8属,优势种主要有神户乌贼(Sepia kobiensis)、双喙耳乌贼(Sepiola birostrata)、短蛸(Octopus ocellutus)和杜氏枪乌贼(Loligo duvaucelii)等;种类丰富度指数D变化范围为0—1.30,多样性指数H′变化范围为0—1.69,均匀度指数J变化范围为0.02—1.00,t检验表明,各群落多样性指数四季之间的差异均不显著(P0.05);根据典范对应分析认为,底层水温为影响调查海域头足类种类组成的主要环境因子。 相似文献
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为研究池塘内循环流水养殖(In-pond Raceway, IPR)模式下太湖鲂鲌(翘嘴鲌(♀)×三角鲂(♂))肠道微生物群落结构的变化,以传统池塘养殖作为对照组,采用16SrRNA高通量测序方法分析了IPR养殖模式下太湖鲂鲌肠道的菌群结构及环境水体微生物多样性的变化。试验结果表明, IPR模式下太湖鲂鲌肠道微生物群落发生了明显的变化,在门分类水平,梭杆菌门(Fusobacteria)成为绝对优势菌,所占丰度为92.47%;对照组的优势菌由梭杆菌门、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)组成,三者所占的丰度分别为34.45%、33.30%和21.30%。在养殖水环境中,两种养殖模式的微生物群落数均大于肠道样本,且二者优势菌不同;IPR水环境的优势菌为蓝细菌(Cyanobacteria,36.53%),其次为放线菌门(Actinobacteria,24.67%);对照组水体中的优势菌为放线菌门和变形菌门,分别占细菌总数的38.99%和28.15%。多样性指数结果表明,水环境中的微生物群落Shannon多样性指数、Chao1指数高于肠道样本,IPR养殖对象肠道微生物群落多样性最低。本研究结果揭示,池塘内循环流水高密度养殖模式下,太湖鲂鲌的肠道微生物结构发生了一定的改变,微生物群落多样性降低,应注意该模式下养殖对象的肠道健康,加强养殖管理。 相似文献
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星斑川鲽(Platichthys stellatus)养殖群体的RAPD分析 总被引：4，自引：2，他引：4
利用RAPD技术对星斑川鲽养殖群体的遗传多样性进行了研究。将实验用星斑川鲽养殖群体的活鱼苗解剖,取其肌肉,高盐法抽提获得总DNA,质量鉴定和浓度测定后用随机引物进行PCR扩增,从20个随机引物中筛选出18个用于群体遗传学分析,共扩增出133条带,谱带大小为100~2 000 bp,大多数谱带分布在250~1 000bp。多态谱带数为83,每个引物扩增谱带数为1~14条,平均为7条。多态谱带比例为62.41%,Shannon的信息指数和Nei的多样性指数分别为0.21和0.316 6。 相似文献
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我国典型潮间带底栖硅藻群落空间分布特征 总被引：2，自引：0，他引：2
底栖硅藻是河口、泥质海滩生态系统的重要生物类群,其数量与分布变化直接或间接地影响到多种海洋生物的饵料供给、海鸟的生存与迁徙。通过对我国从南到北14个典型潮间带表层沉积物中底栖硅藻的分析,共鉴定出硅藻153种,其物种多样性（Shannon-Weaver 指数范围:1.61~4.39）与生物量（范围:0.09×103 ~ 10×103个/g,干质量）在空间上存在显著差异;聚类分析与相似性分析检验（r=0.738,P=0.1%< 0.01）表明,14个调查区域的硅藻群落在空间上可分为4个大的组合,分别对应着渤、黄、东、南海4个区域,吻合了我国近海浮游植物的地理分布特征。与环境因素的相关性分析表明,底栖硅藻群落的物种多样性与生物量受沉积物类型与盐度的影响显著,泥质区域更有利于硅藻的保存,而生物多样性在泥砂质低盐区域相对较高。此外,底栖硅藻生物量与表层沉积物中TOC含量表现出显著正相关性;δ13C数值的空间变化范围为-25‰~-20‰,指示了有机质陆海混合的特征,其中,涧河河口、黄河口、大沽河口、苏北浅滩区域,δ13C数值明显偏正,表明底栖硅藻可能是这些区域沉积物中有机碳的重要贡献者。 相似文献
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基于线粒体COI 基因的毛蚶群体遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR技术,扩增了大连、乳山、烟台、舟山4个毛蚶(Scapharca subcrenata)地理群体共38个个体的线粒体COI基因部分序列,并分析了4个毛蚶群体的遗传多样性和系统发育关系。研究结果显示:38个毛蚶COI部分序列经处理得到长度均为625bp的基因片段,共分为30种单倍型;基于COI部分序列的分析结果,毛蚶4个地理群体总的变异位点为301个,多样性指数Pi为0.15048,平均核苷酸差异数为92.242,单倍型多样性指数S为241。聚类分析显示毛蚶大连群体、乳山群体和烟台群体具有高度的遗传多样性,3个群体交叉聚在一起,没有明显的群体分化;舟山群体单独聚为一支,与其他3个群体分化明显。研究表明,线粒体COI基因不能单独做为毛蚶大连、乳山和烟台群体的遗传标记,但可以作为毛蚶舟山群体的有效群体遗传标记,为线粒体COI基因在群体遗传学的应用提供了基础资料。 相似文献
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应用AFLP标记技术对我国北方近海短蛸的遗传多样性进行分析。采用6对AFLP引物组合对4个群体(大连、烟台、青岛、连云港)120个个体进行扩增,其中每对引物扩增位点数在42—66之间,共得到303个扩增位点。4个群体内的多态位点比例为62.03%—67.93%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2353—0.2617,Shannon多样性指数(I)为0.3497—0.3863,群体间的遗传距离为0.0497—0.085;大连群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体Nei’s基因多样性指数均高于其它三个群体。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,大连群体与烟台群体聚到一起,青岛群体与连云港群体聚到一起,显示群体间具有典型的地理特征,但群体间存在遗传渗透。分子变异分析(AMOVA)结果表明,短蛸群体88.28%的变异来源于群体内,群体间的变异占11.72%,显示短蛸的遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已经有了一定程度的遗传分化。 相似文献
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为探究华南沿海海草床大型底栖动物群落特征、地区差异及其与海草群落间的关系,2020年在华南沿海12个海草床区域开展了大型底栖动物调查。共布设33个调查断面99个站位,在主要群落参数的基础上,运用相关性分析和聚类分析、nMDS排序、相似性百分比分析等群落生态学统计方法分析了底栖动物群落特征及其与海草群落的关系。共鉴定出大型底栖动物9大门类199种,其中,软体动物种类最多,占总种类数的39.7%。各区域底栖动物的平均栖息密度为155.7 ind/m2,青葛—龙湾（琼海）的平均栖息密度最低,珍珠湾（防城港）的平均栖息密度最高;平均生物量为118.36 g/m2,最低值出现在义丰溪（汕头）,最高值出现在珍珠湾。各区域底栖动物的优势种以潮间带泥沙滩常见腹足类、双壳类和多毛类为主;底栖动物的种类多样性指数（H′）平均值为1.12,最低值出现在唐家湾（珠海）,最高值出现在铁山港（北海）;各调查区域底栖动物主要群落参数大致呈现“北部湾>海南沿岸>珠江口及粤东”的规律。华南沿海海草床分布区大型底栖动物群落的区域性特征较为明显,地理位置相近的海草床底栖动物群落特征相似性程度较高。海草密度越大,总生物量越高,越有利于底栖动物的种类多样性指数维持在更高水平。以大、中型海草为主的海草床,相较于面积小,以小型海草为主的海草床,其区域内的大型底栖动物群落结构更为复杂。 相似文献