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1.
为了研究南海大斑石鲈(Pomadasys maculatus)不同地理群体的遗传多样性情况,作者测定了东兴、乌石、潭门、闸坡4个群体共计61尾大斑石鲈控制区的993 bp序列。检测出变异位点35个,单倍型47种,平均单倍型多样性指数为0.9884,核苷酸多样性指数为0.0076,总体表现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,其中潭门群体核苷酸多样性相对较高(0.00879)。中性检验结果显示Fu’s Fs值均为显著负值–5.34(P=0.03),核苷酸不配对分布没有显著偏离群体扩张模型呈现出单峰(SSD值和Rg指数较小),表明大斑石鲈在历史上经历过种群扩张,推测扩张时间约4.74万~1.18万年间。群体间(0.0065~0.0089)与群体内遗传距离(0.0066~0.0089)处于同一水平,总遗传分化指数Fst为–0.0057(P0.05),群体间基因流Nm=33.76。不同组群划分方式的分子方差分析均表明群体内遗传差异显著大于群体间,遗传变异主要来源于群体内部。南海海域大斑石鲈群体遗传多样性匮乏,群体间不存在显著的遗传分化,可划归一个管理保护单元,潭门群体建议优先给予保护。 相似文献
2.
测定了福建近海鮐鱼(Scomber japonicus)2个群体共62尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东、闽南群体的遗传结构和遗传多样性.获得长度为864 bp的控制区全序列,在所分析的62个样本中,共检测到35个变异位点,定义了36个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.960,核苷酸多样性(π)为0.009 85,核苷酸差异数(K)为8.508,提示鮐鱼是一个遗传多样性水平较高的稳定的大种群.构建的单倍型邻接关系树和单倍型网络图均没有表现出明显的地理分布特征.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内个体间,2个群体间具有相似的遗传结构.群体间和群体内的Kimura双参数遗传距离均为0.01.Tajima’s D中性检验及核苷酸不配对分析暗示鮐鱼是一个平衡的大种群,mtDNA控制区符合中性理论进化.结果显示,福建近海鮐鱼遗传多样性较高,闽东、闽南群体间不存在显著的遗传分化.扩散能力、种群大小、栖息地环境和台湾海峡环流促进了鮐鱼2个群体间频繁的基因交流,可能是闽东群体和闽南群体具有相似遗传结构的重要原因. 相似文献
3.
荣成湾孔鳐群体线粒体DNA cytb部分序列的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对2009 年和2011 年采自荣成湾的孔鳐(Raja porosa)群体共54 尾鱼的线粒体DNA 细胞色素b基因(cytb)部分序列进行测定, 以分析其遗传多样性和群体遗传结构。结果显示, 在所获得的782 bp 序列中, 共检测到11 个单倍型、15 个多态位点, 其单倍型多样性指数(H)为0.498±0.081, 核苷酸多样性指数(π)为0.0018±0.0005, 遗传多样性水平较低。其中, 2009 年样品检测到3 种单倍型、4 个单一变异位点, 其H 和π 值分别为0.378±0.181 和0.0010±0.0006; 2011 年样品检测到9 种单倍型、6 个单一变异位点和6 个简约信息位点, 其H 和π 值分别为0.352±0.086 和0.0020±0.0006。分子方差分析(AMOVA)分析显示它们的遗传变异主要集中在同年度个体间(98.22%), 而不同年度个体间的遗传变异远远小于同年度内个体间的变异。Kimura’s 2-parameter 模型分析得到的2009, 2011 年度孔鳐间的遗传距离为0.0013, 遗传分化系数为0.01778, 也表明2009 年和2011 年孔鳐的遗传分化程度低, 没有明显的遗传变异。中性检验表明, 荣成湾孔鳐群体可能发生过种群扩张。 相似文献
4.
《应用海洋学学报》2015,(3)
通过对印度尼西亚蓝碧海峡3个澄黄滨珊瑚(Porites lutea)地理群体(YM、YN、YS)的79个样本核糖体RNA转录单元内间隔区ITS基因(包括ITS1区和ITS2区)片段进行克隆、测序,探讨澄黄滨珊瑚的群体遗传多样性和遗传分化.结果表明:79条序列共获得63个单倍型,3个群体呈现出高的单倍型多样性(Hd=0.991 56)和高的核苷酸多样性(Pi=0.026 81).Tajima'D检验、Fu's Fs检验和岐点分布检验(mismatch analysis)推测种群经历了群体扩张事件.单倍型邻接关系树和单倍型网络图表明澄黄滨珊瑚群体没有明显的地理谱系结构.分子方差分析(AMOVA)表明群体间遗传变异占1.22%,群体内遗传变异占98.78%.群体间固定指数(Fst)的绝对值为0.012 2,表明群体间遗传分化较弱.各群体间的基因流值均大于4,说明澄黄滨珊瑚在当地群体间随机交配,基因交流十分充沛,各珊瑚群体间没有地理隔离,可以互相作为造礁珊瑚修复用的来源补充地. 相似文献
5.
摘要:在对我国南部沿海闽东、闽南、粤西、海南、北部湾5个海域的条纹斑竹鲨群体线粒体控制区多态性研究中,获得长度为1 094~1 096 bp的线粒体控制区完整序列。序列比对发现了6个多态性核苷酸位点,定义了8个单倍型。5个群体的单倍型多样度(h=0.542 5~0.744 8)和核苷酸多样度(π=0.000 571~0.000 980)均处于较低水平,说明条纹斑竹鲨的线粒体DNA进化速率较低。分子方差分析(AMOVA)结果显示群体间的遗传差异较小(Fst=0.216 26,P<0.000 1),变异主要发生在群体内部。10 000步Markov链计算的群体间遗传分化概率及单倍型系统地理学分析结果将5个群体分成两个地理种群(台湾海峡种群、南海北部种群)。综合分析表明条纹斑竹鲨的基因流主要在浅海近岸水域扩散,遗传变异程度受地理结构和距离隔离影响。 相似文献
6.
利用线粒体16SrRNA基因片段分析北部湾拟穴青蟹群体遗传结构及其扩张历史。结果表明,16SrRNA基因片段长度在521—523bp之间,6个拟穴青蟹群体具21种单倍型。群体总体水平的单倍型多样性(h)和核甘酸多样性(π)分别为0.6259和0.001851。群体间遗传距离与地理距离之间无相关性。群体间遗传分化系数(Gst)在0.02008—0.04362之间,基因流(Nm)值在5.48—12.20之间。AMOVA分析表明,群体间遗传变异占0.1%,群体内遗传变异占99.9%。群体间固定指数(Fst)的绝对值在0.00026—0.02977之间,暗示群体间没有产生遗传分化。单倍型邻接树和单倍型中介网络图显示,单倍型没有按采样地形成谱系分支。中性检验和错配分析揭示,北部湾拟穴青蟹群体在历史上经历过群体扩张。群体扩张时间大致在更新世晚期的0.04698—0.01879MY前或0.04520—0.01808MY前。 相似文献
7.
为研究洪泽湖河蚬种群遗传多样性及其遗传结构, 采用线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COI) 作为分子标记, 采用PCR 扩增洪泽湖4 个河蚬群体(顾勒河GLH、临淮LH、蒋坝JB 和高良涧GLJ) 的COI 基因片段并进行了序列测定和分析。结果表明, 614bp 长度的核苷酸片段中, 碱基A+T 的平 均含量为65.0%, 明显高于G+C 的含量(35.0%).共检测到73 个多态位点, 多态位点比例为11.9%, 77 个个体中共获22 个单倍型(GenBank 登录号: KM659000-KM659021), 其中包括3 个共享单倍型, 4 个群体的平均单倍型多样性指数h 为0.889, 平均核苷酸多样性指数π 为0.04499, 平均核苷酸差异 数K 为27.622, 其中蒋坝群体的遗传多样性最高, 顾勒河群体的遗传多样性最低。22 个单倍型间的 Kimura 2-paramter 遗传距离为0.002-0.100, 平均遗传距离为0.0514.NJ 法构建的分子系统树显示 22 个单倍型聚为2 个分支。4 个群体间的遗传距离达0.03729-0.04969, 基于群体间遗传距离构建的 NJ 系统树中, 高良涧群体和顾勒河群体聚为一支, 蒋坝群体和临淮群体聚集为一支。AMOVA 分析 表明, 洪泽湖河蚬四群体间总遗传分化系数Fst 为0.06325(P>0.05), 93.67%遗传变异存在于群体内部, 6.33%变异存在于群体间。中性检验结果和歧点分布图显示, 洪泽湖河蚬种群大小保持稳定, 未经历 明显的种群扩张。 相似文献
8.
为了解长江口及其邻近海域鮸鱼(Miichthys miiuy)的群体遗传多样性,采用线粒体COⅠ基因测序,对长江口(崇明)及邻近海域(舟山)2个鮸鱼群体的遗传变异进行了分析。结果表明,599 bp的COⅠ序列中包含22个变异位点,其中简约信息位点7个。60个个体中,共定义了20个单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)为0.676 8±0.069,核苷酸多样性指数(Pi)为0.002 29±0.000 37,表现为高单倍型多样性和低核苷酸多样性。分子方差分析(AMOVA)表明99.12%的遗传变异出现在种群内,仅有0.88%出现在种群间。群体间的遗传分化系数为FST=0.008 83(P0.05),2个群体间无显著遗传分化。NJ系统树显示,2个地理来源的单倍型没有明显的地理群聚和谱系结构。中性检验和碱基岐点分布(Mismatch distribution)分析结果表明鮸鱼群体可能发生过种群扩张事件。研究结果可为鮸鱼渔业资源的合理开发和利用提供必要的参考。 相似文献
9.
秋刀鱼主要分布在西北太平洋亚热带到温带水域中,是一种资源量较高的上层洄游性鱼类。为了对秋刀鱼的遗传结构进行研究,2016年6月-11月,在38°38′-44°31′N,146°36′-162°26′E海域随机取145条秋刀鱼,取其肌肉与DNA、PCR以及测序后获得421 bp基于线粒体细胞色素b (Cytb)基因的DNA序列。分析结果显示,145条序列中共发现了15个单倍型,单倍型多样性指数h=0.258±0.049,核苷酸多样性π=0.000 87±0.007 56。计算得出Tajima′s D与Fu′s Fs均呈负值并且绘制的核苷酸不配对曲线呈现单峰,可得出秋刀鱼群体经历了种群扩张。Nm值表明4个采样点的秋刀鱼群体之间存在频繁的基因交流,AMOVA分析结果显示97.22%的遗传变异来自群体内,结合遗传分化系数Fst得出群体遗传分化水平较低。单倍型网络图呈现星状拓扑结构、系统发育树分枝不明显均显示地域性差异不显著。研究发现秋刀鱼群体遗传多样性较低,需对其进行合理保护。 相似文献
10.
基于线粒体细胞色素b基因的光倒刺鲃遗传多样性与遗传结构研究 总被引：1，自引：0，他引：1
光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)是华南地区重要的经济鱼类,现已成为重要的养殖鱼类之一。为了解光倒刺鲃的遗传多样性及遗传结构特征,作者对8个水系共191尾样本的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列进行了测定与分析。在所有序列中,共有51个变异位点,共检测出16个单倍型,单倍型多样性为0.761,核苷酸多样性为0.012。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,所有种群合聚为两大支,其中资江、钱塘江、郁江和柳江的全部样本以及北江、赣江和九龙江的部分样本组成了Ⅰ支,而东江水系的全部样本及北江、赣江和九龙江水系的部分样本则组成了Ⅱ支。单倍型网络图显示,东江的全部单倍型与北江及赣江的部分单倍型有着较近的亲缘关系,而与其他单倍型发生了较大的遗传分化;而九龙江种群内部不同的单倍型间亦有着较大的遗传差异;北江的部分单倍型、柳江及郁江种群的全部单倍型与资江、钱塘江的全部单倍型、赣江和九龙江的部分单倍型之间的亲缘关系亦较为密切。我们推测光倒刺鲃存在两个扩散中心:西江、北江水系扩散中心及东江水系扩散中心。其扩散路径为:西江及北江水系的种群往北向长江水系扩散,长江种群然后往钱塘江及九龙江等水系扩散;东江水系的种群扩散路径可分为3支,一支往北向长江水系扩散,一支往西向北江水系扩散,一支往东向九龙江等水系扩散。AMOVA分析表明,光倒刺鲃地理区之间变异占1.61%,地理区内种群间约占56.47%,种群内的变异占45.14%。错配分析及中性检验显示,全部种群、各个种群在历史上均没有发生过明显的扩张。本研究结果可为光倒刺鲃种质资源保护和利用提供科学依据。 相似文献
11.
麻痹性贝毒能够在贝类体内累积,威胁海产品消费者健康。在以往调查中,多次在毛蚶(Scapharca subcrenata)体内发现高含量的麻痹性贝毒,但对于毛蚶体内麻痹性贝毒的转化过程及其食品安全风险还缺乏认识。通过室内模拟实验,选择太平洋亚历山大藻(Alexandrium pacificum)和链状裸甲藻(Gymnodinium catenatum)作为产毒藻种,研究了两种有毒藻种所产麻痹性贝毒在毛蚶体内的转化过程。结果表明,毛蚶体内主要出现了三种麻痹性贝毒转化过程,一是R1位羟基的还原反应,二是N-磺酰氨甲酰基类毒素R4位磺酸基团的水解反应,三是含羟基苯甲酸(hydroxybenzoate)基团的链状裸甲藻毒素在R4位的水解反应。毛蚶体内麻痹性贝毒的生物转化过程复杂,对毛蚶毒性的影响具有一定的不确定性,未来仍需要进一步深化毛蚶体内毒素累积、代谢、转化过程的研究,同时加强对毛蚶体内毒素含量的全面监测,防范毛蚶可能导致的麻痹性贝毒中毒风险。 相似文献
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美人鱼发光杆菌杀鱼亚种感染卵形鲳鲹的病理学观察 总被引：1，自引：0，他引：1
病原菌美人鱼发光杆菌杀鱼亚种(Photobacterium damselae subsp. piscicida)分离自发病的卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus), 本实验利用腹腔注射和浸泡的感染途径, 观察卵形鲳鲹发光杆菌病的病理变化。感染发病鱼呈现急性和慢性临床症状, 主要急性症状为鳃盖周围轻微出血, 腹腔积水和内脏器官多灶性坏死; 主要慢性症状为脾脏、肾脏和心脏内能观察到直径为0.5~1.0 mm 的白色粟米样结节; 利用光学显微镜和透射电镜观察的组织病理显示: 急性病理症状主要表现为鳃、肝和肾发生变性及凝固性坏死, 肾管微绒毛紊乱, 线粒体的嵴脱落, 脾淋巴细胞增生, 核染色质边集, 心肌细胞发生多灶性坏死,线粒体增生, 肠道的病变较轻微。慢性病理症状主要表现为鳃丝上皮细胞坏死, 脾淋巴细胞线粒体、高尔基体和内质网溶解, 肾小管上皮细胞的微绒毛脱落, 心肌纤维Z 带排列紊乱, 线粒体变性, 肝脏、肾脏、脾脏、心脏和肠道出现典型的肉芽肿病变。相比之下, 脾脏、肾脏和心脏的病变是所有器官中最严重的。 相似文献
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本文主要探究了东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)与三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)之间的他感作用。在实验室模拟条件下,分别研究了添加比例为10%、40%、60%、90%、100%的三角褐指藻无藻细胞滤液的培养基对东海原甲藻生长的影响,以及相同比例的东海原甲藻无藻细胞滤液培养基对三角褐指藻生长的影响。结果表明,低浓度三角褐指藻滤液对东海原甲藻(P.donghaiense)的生长表现为促进作用,高浓度则抑制其生长,因此,不同浓度的三角褐指藻藻液对东海原甲藻生长表现出两种相反的他感作用效果;而东海原甲藻滤液对三角褐指藻(P.tricornutum)的生长没有显著影响,说明东海原甲藻并未对三角褐指藻表现出他感作用。 相似文献
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为鲆鲽鱼耐低温标记辅助育种研究和应用提供候选基因,并了解耐寒相关基因在低温下的表达图示,作者通过同源克隆以及5?/3?RACE的方法扩增得到了牙鲆(Paralichthys olivaceus)CIRP和HMGB1基因。组织表达谱分析显示,这两个基因在脑、鳃、心脏、肌肉、肝脏、肠等组织均有表达,但HMGB1基因在鳃中表达较弱。低温胁迫后,两基因随着胁迫时间的延长其表达量在肌肉中都出现先上升后下降的趋势:在0~12 h逐渐上升并达到最大值,然后下降恢复至最初水平。但在肝脏和脑组织中的变化趋势却不同,低温胁迫后0~2 h HMGB1基因在脑中的表达量上升至最高,然后下降至最初水平,在肝脏中变化不大。而CIRP基因在低温胁迫后0~2 h在肝脏中表达量处于上升趋势,然后下降至初始水平,在脑中变化不大。由此推测,这两个基因在低温条件下都参与了机体对外界的抵抗,特别是在抵抗外界寒冷的主要组织—肌肉中发挥作用,可能共同参与了机体的免疫反应,对低温胁迫环境下的鱼体进行保护,可以作为鱼类耐低温标记筛选的候选基因。 相似文献
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美国红鱼(Sciaenops ocellatus)、鲈鱼(Lateolabrax maculatus)、斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)耐流性试验研究 总被引：1，自引：0，他引：1 
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下载免费PDF全文 采用续航游泳时间评测指标作为评测鱼类游泳能力的方法,对一龄美国红鱼、鲈鱼、斜带髭鲷的续航时间,美国红鱼的临界(游泳)速度以及水温对美国红鱼续航时间影响进行了初步研究。结果表明,三种鱼中,美国红鱼耐流能力最强,其次为鲈鱼和斜带髭鲷。美国红鱼、鲈鱼、斜带髭鲷三种鱼的续航时间(或续航能力)与水流流速呈乘幂递减关系。水温对美国红鱼的游泳能力有显著的影响,试验结果表明,本文研究的美国红鱼,在水温20℃、流速84cm/s下的持续续航时间最长,可认为是该规格美国红鱼最适游泳水温范围。 相似文献
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微管是细胞骨架的主要成分,其结构及动力学机制对提高生物体耐受性具有重要作用。微管网络如何通过结构的动态变化调控适应环境变化已成为胁迫生物学领域的研究热点之一。条斑紫菜(Pyropiayezoensis)能够适应潮间带复杂多变的环境,是研究潮间带大型海藻抗逆机制的良好材料。目前对紫菜微管相关基因家族构成及其生物学功能的研究较少。本研究利用生物信息学方法,在条斑紫菜基因组中共鉴定出4个Tubulin基因(Pyα-tubulin 1、Pyα-tubulin 2、Pyβ-tubulin和Pyγ-tubulin)和11个Kinesin基因(PyKinesin1—PyKinesin11),并对其理化性质、基因结构、蛋白特征、染色体定位、系统进化和失水胁迫下的表达模式进行了系统分析。结果显示:条斑紫菜中有3种微管蛋白(Tubulin)亚型;该家族成员散布于1号和2号染色体上, Pyα-tubulin 1和Pyα-tubulin 2为串联重复基因;PyTubulin家族成员在基因结构和蛋白特征方面均较为保守,且在转录水平对失水胁迫不敏感。条斑紫菜中有5种驱动蛋白(Kinesin)亚型,亚家族种类和基因数量均少于高等植物;该家族基因散布于1号、2号和3号染色体上,无串联重复基因; PyKinesin家族成员在基因结构和蛋白特征方面存在一定差异,PyKinesin1在中高度失水胁迫下表达量显著上调。本研究为进一步理解Tubulin和Kinesin基因家族的进化和功能、解析微管在条斑紫菜响应失水胁迫中的作用奠定了基础。 相似文献
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研究甘草(Glycyrrhiza uralensis)和连翘(Forsythia suspensa)对牙鲆(Paralichthys olivaceus)肝细胞色素P4503A(CYP3A)活性的影响。将牙鲆随机分为3组,即对照组、甘草组和连翘组,对照组每日口灌0.9%的生理盐水,试验组每日1次口灌甘草30 mg/kg和连翘100 mg/kg,连续口灌6 d,第7天时,采用直接测定法和间接测定法(探针药物)进行CYP3A酶活性的测定。结果显示:在肝微粒体水平上,甘草和连翘均可明显提高红霉素-N-脱甲基酶活性,分别提高了1.79倍、4.87倍。与对照组相比,甘草组和连翘组氨苯砜的半衰期分别降低了4.51%(P0.05)和36.8%(P0.01);药时曲线下面积分别减小了8.28%(P0.05)和32.3%(P0.01);总清除率分别增加了5.63%(P0.05)和99.3%(P0.01)。说明连翘对牙鲆CYP3A的活性具有极显著诱导作用,甘草诱导作用不显著。提示其他药物与连翘合用时,其有效性和安全性可能会受到影响。 相似文献
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大菱鲆周期蛋白依赖激酶基因cdk1、cdk6克隆及表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过同源克隆以及5′/3′RACE的方法扩增得到大菱鲆(Scophthalmus maximus)细胞周期蛋白依赖激酶基因cdk1和cdk6的全长c DNA序列,在m RNA水平上分析了它们组织表达特征,并对比分析了静水压处理对其胚胎期表达的影响。结果显示,cdk1基因全长c DNA序列为1281 bp(Gen Bank登录号:KP339306),编码区为912 bp;cdk6基因c DNA全长1400 bp(Gen Bank登录号:KT186374),编码区长度为978 bp。组织RT-PCR分析表明,cdk1基因表达具有广泛性,在性腺、肾脏等生长发育较快的组织中表达量较高;cdk6基因也在多个组织中表达,在性腺中表达量最高。通过Real time RT-PCR检测基因在胚胎中的表达水平发现,静水压处理组cdk1、cdk6在胚胎发育中,总体变化趋势与对照组类似。大菱鲆胚胎对照组中cdk1在原肠期以前相对神经胚期及以后时期表达量较高,静水压处理组基因表达变化与对照组趋势相同;对照组中cdk6在原肠期出现表达高峰,但静水压处理组在原肠期表达量相对较低。静水压处理对cdk1和cdk6的表达量的影响不同,这可能与基因还有除调控细胞周期的其他功能有关。为解析这两个基因在大菱鲆胚胎发育中的作用及其机制提供了参考。 相似文献
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为探究肿瘤易感基因101(简称TSG101)对斑节对虾(Penaeusmonodon)的免疫应答作用,了解在细菌刺激下斑节对虾的机体发生的变化机制,本研究以哈维弧菌(Vibrioharveyi)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)为实验组,以磷酸缓冲液(PBS)为对照组,通过荧光定量分析展开对斑节对虾对菌刺激的免疫应答作用。结果显示,斑节对虾的TSG101在各组织中均有表达,在肝胰腺中的表达量最高。在金黄色葡萄球菌刺激下,斑节对虾的TSG101在肝胰腺中的表达量与对照组相比呈极显著上调(P0.01),第12小时的TSG101 mRNA的表达量达到最大(为对照组的21.60倍);在鳃中的表达量与对照组相比呈极显著上调(P0.01),第6小时斑节对虾TSG101的表达量达到最大值(为对照组的3.64倍)。在注射哈维弧菌第9小时,肝胰腺中的PmTSG101 mRNA表达量极显著上调(P0.01)且达到最大(为对照组的2.50倍)。实验结果初步表明,斑节TSG101参与斑节对虾的先天免疫反应,在金黄色葡萄球菌和哈维弧菌的刺激的情况下,该基因RNA水平的表达情况发生明显变化。 相似文献